C2115 Praktický úvod do superpočítání -1-organizace
C2115
Praktický úvod do
superpočítání
Petr Kulhánek
kulhanek@chemi.muni.cz
Národní centrum pro výzkum biomolekul, Přírodovědecká fakulta,
Masarykova univerzita, Kamenice 5, CZ-62500 Brno
0. lekce (organizace)
Revize 3
C2115 Praktický úvod do superpočítání -2-organizace
Obsah
➢ Organizace výuky
harmonogram, bloková výuka, zakončení předmětu
➢ Klastr WOLF
struktura, pravidla používání, správci, učebna 1.18
➢ Prerekvizity
účty
C2115 Praktický úvod do superpočítání -3-organizace
Organizace výuky
C2115 Praktický úvod do superpočítání -4-organizace
Harmonogram semestru
Výuka: 13. září 2021 - 17. prosince 2021
Zkouškové období: 3. ledna 2022 - 11. února 2022
Celkový počet odpřednášených hodin: 14 x 2 hodiny = 28 hodin
Zakončení: kolokvium (2 kredity)
Celková hodinová zátěž předmětu:
1 ECTS kredit -> 26 hodin studijní zátěže; 2 kredity -> 2x 26 hodin = 52 hodin studijní zátěže
Samostudium, domácí úlohy,
příprava na zkoušku:
24 hodin
Prezenční forma výuky Distanční forma výuky
Prezenční výuka:
28 hodin
Vše v jednom ☺
52 hodin studijní zátěže
C2115 Praktický úvod do superpočítání -5-organizace
Bloková výuka - 24.-28.1. 2022
Pondělí – Čtvrtek: výuka
začátek v 9:00, konec cca v 16:00
oběd a přestávky dle probírané látky
Pátek: výuka
začátek v 9:00, konec v 10:00
závěrečný test: začátek v 10:00
Vše v jednom ☺
52 hodin studijní zátěže
Případné absence řešit dopředu!
cca 10 hodin každý den ☺
C2115 Praktický úvod do superpočítání -6-organizace
Zakončení předmětu
Zakončení:
- finální test (1 hodina, 50 otázek) 50 bodů
- souhrnný protokol z dílčích cvičení
=======================================================
Celkem: 50 bodů
Uspěl: >= 30 bodů
Protokol budete vytvářet průběžně. Vyhotovený protokol odevzdáte do odevzdávárny
"Protokoly" nejpozději do 28.1. 13:00.
Test:
• více možností (žádná až všechny odpovědi mohou být správné)
• hodnotí se odpovědi
• správně zvolená odpověď +1 bod
• nesprávně zvolená odpověď -0,25 bodu
C2115 Praktický úvod do superpočítání -7-organizace
Protokol - náležitosti
➢ uveďte celé vaše jméno a datum vypracování
➢ protokol bude obsažen v jednom souboru
➢ číslujte strany
➢ uvádějte zadání úkolu (může být zestručněno) včetně jeho čísla (viz níže) a poté vaše
řešení; uvádějte pouze relevantní informace tak, aby bylo možné vámi prezentovaný
výsledek reprodukovat
➢ grafy budou správně popsány, tj. bude uvedena legenda os, popis datových řad, v
případě proložení křivkou budou naměřené či vypočítané datové body zvýrazněny
křížkem; doporučuji grafy skriptovat v gnuplotu
➢ pokud má veličina jednotku, tak ji vždy uveďte; mezi hodnotou a jednotkou se uvádí
mezera, kromě úhlových jednotek (stupeň, minuta, sekunda), kde se mezera neuvádí
➢ pokud výsledkem cvičení není kvantitativní výsledek, tak stručně popište, co jste
provedli
➢ protokol odevzdejte ve formátu pdf
L.C.U
číslo lekce
číslo cvičení číslo úkolu
Číslování úkolů:
C2115 Praktický úvod do superpočítání -8-organizace
Týmová práce
Teamwork is essential. It allows you to
blame someone else.
Týmová práce je povolena, ale …
C2115 Praktický úvod do superpočítání -9-organizace
Klastr WOLF
C2115 Praktický úvod do superpočítání -10-organizace
Učebna 1.18
➢Učebna s 23 PC
➢Uspořádaní do
výpočetního klastru
Učebna je volně přístupná studentům, kteří pracují na projektech v NCBR, a dále
studentům, kterým v daném semestru v učebně probíhá výuka.
Bezpečnost práce!
https://wolf.ncbr.muni.cz
Základní informace:
C2115 Praktický úvod do superpočítání -11-organizace
Univerzitní semafor
Počítačová učebna 1.18 je přístupná pro studenty.
Počítačová učebna 1.18 je pro
studenty nepřístupná.
Povolen je pouze vzdálený přístup (ssh, scp, VNC, X11 export, apod.).
https://www.muni.cz/koronavirus/univerzitni-semafor
C2115 Praktický úvod do superpočítání -12-organizace
Struktura klastru WOLF
wolf wolf03 wolf23wolf02
pracovní stanice
vyučujícího
univerzitní síť
pracovní stanice studentů (výpočetní uzly)server/čelní uzel
Operační systém: Ubuntu 20.04 (Focal) LTS
(http://www.ubuntu.com/)
0.18 1.18
wolf32wolf31
0.18
wolf01
switch
výpočetní uzly Místnosti:
0.18 Serverovna C04/UKB
1.18 Počítačová učebna C04/UKB
Všechny uzly jsou přístupné přímo z veřejné sítě.
Doména: ncbr.muni.cz
zakázáno se
přihlašovat
wolf33
C2115 Praktický úvod do superpočítání -13-organizace
Server a výpočetní uzly
Hlavní server klastru WOLF
Výpočetní uzly klastru WOLF
CPU+GPU uzel
C2115 Praktický úvod do superpočítání -14-organizace
Pravidla používání
Klastr WOLF je určen výhradně pro účely výuky či pro vědeckou práci v rámci
Národního centra pro výzkum biomolekul.
Závazná jsou pravidla užívání počítačové sítě Masarykovy univerzity:
https://is.muni.cz/auth/do/mu/Uredni_deska/Predpisy_MU/Masarykova_univerzita/Smernice_MU/SM10-17/
Klastr WOLF je vysloveně zakázáno používat pro:
➢ stahování nelegálního obsahu (autorsky chráněná díla apod.)
➢ rozesílání virů, spamů, nevyžádané pošty a podobných materiálů
➢ prolomení ochrany jiných počítačů
➢ čtení, mazaní či změnu nechráněného obsahu souborů jiných uživatelů
Přihlašovací jméno a heslo tvoří identitu uživatele a proto ji zásadně
nesdělujeme třetím osobám, neukládáme či zasíláme (např. e-mailem) v
nešifrované formě!
C2115 Praktický úvod do superpočítání -15-organizace
Pravidla používání ....
Na klastru WOLF je dále vysloveně zakázáno:
➢ spouštět úlohy na čelním uzlu (wolf.ncbr.muni.cz)
➢ spouštět úlohy kdekoliv v domovském adresáři (obzvláště datově
náročné úlohy)
➢ spouštět úlohy na pracovních stanicích v průběhu výuky (pokud není
povoleno vyučujícím)
Časově delší úlohy je nutné spouštět pomocí dávkového systému.
Bližší informace v C2115 Praktický úvod do superpočítaní.
C2115 Praktický úvod do superpočítání -16-organizace
Správci klastru
Než kontaktujete správce, konzultujte svůj problém s vaším kolegou, vyučujícím nebo
školitelem. Pokud problém nevyřešíte, oznamte problém správcům e-mailem na
support@lcc.ncbr.muni.cz
Ve zprávě uveďte
➢ Popis problému, název příkazu
➢ Jméno uživatele, stroje
➢ Kopie chybového výstupu (celý od zadání příkazu)
C2115 Praktický úvod do superpočítání -17-organizace
Prerekvizity
C2115 Praktický úvod do superpočítání -18-organizace
Prerekvizity - účty
➢ Kdo nemá účet v MetaCentru – ihned podá přihlášku!
➢ Účet na klastru WOLF
https://wolf.ncbr.muni.cz
▪ založení účtu
▪ reset hesla, prodlužování platnosti účtu
▪ obsazení učebny
▪ dokumentace
➢ Účet ve virtuální organizaci MetaCentrum
http://metavo.metacentrum.cz
▪ přihláška
▪ správa účtu
▪ reset hesla, prodlužování platnosti účtu
▪ přehled výpočetních zdrojů a datových úložišť
▪ dokumentace