Vizualizace proteinů a ligandů 2 MolStar ▪ Webová aplikace pro vizualizaci proteinů a ligandů ▪ Zvládá i extrémně velké systémy ▪ Integrovaný v Protein Data Bank ▪ Vyvíjený u nás v Národním centru pro výzkum biomolekul, ve spolupráci s EMBL EBI a RCSB PDB ▪ https://molstar.org/ 3 MolStar 4 Vizualizace 3D souřadic molekuly Vizualizační model cartoon 5 Vizualizace 3D souřadic molekuly Volba vizualizačních modelů 6 Vizualizace 3D souřadic molekuly Vizualizační model Ball & Stick Pozor, ostatní módy je nutno vypnout 7 Vizualizace 3D souřadic molekuly Vizualizační model Line 8 Vizualizace 3D souřadic molekuly Vizualizační model Putty 9 Vizualizace 3D souřadic molekuly Vizualizační model Spacefil 10 Vizualizace povrchu molekuly Vizualizační model Molecular Surface 11 Vizualizace povrchu molekuly Vizualizační model Gaussian Surface 12 Vizualizace povrchu molekuly Vizualizační model Gaussian Volume 13 Vizualizace experimentálních dat Elektronová hustota 14 Vizualizace experimentálních dat Elektronová hustota 15 Vizualizace experimentálních dat Elektronová hustota 16 Vizualizace experimentálních dat Elektronová hustota Kliknout na vybraný atom 17 Vizualizace experimentálních dat Elektronová hustota 18 Vizualizace anotací Obarvení podle vlastností 19 Vizualizace anotací Obarvení podle vlastností - hydrofobicita 20 Vizualizace anotací Obarvení podle vlastností – kvalita 21 Vizualizace anotací Obarvení podle vlastností - kvalita 22 Vizualizace proteinových assemblies 23 Měření 24 Vizualizace anotací Obarvení podle vlastností - hydrofobicita 25 Přikládání struktur 26 Přikládání struktur 27 Přikládání struktur 28 Přikládání struktur 29 Přikládání struktur 30 Přikládání struktur 31 Přikládání struktur 32 Přikládání struktur 33 Přikládání struktur 2DProts: Integration of AlphaFoldDB 34 2DProts: Integration of AlphaFoldDB 35 36 Přikládání struktur – PDB a AlphaFold https://www.rcsb.org/alignment/ 37 Přikládání struktur – PDB a AlphaFold