Vizualizace

1.       Vizualizujte protein 1cbs. Podívejte se na jeho strukturu v různých vizualizačních
modelech (cartoon, Ball & Stick, Line, Putty, Spacefil).

2.       Vizualizujte povrch proteinu 5gmk). Podívejte se na jeho strukturu v různých modelů
povrchu (Molecular Surface, Gaussian Surface, Gaussian Volume).

3.       Vizualizujte protein 1cbs. Podívejte se na elektronovou hustotu kolem jeho ligandu.

4.       Vizualizujte protein 1cbs. Obarvěte ho podle hydrofobicity, sekundární struktury a
kvality.

5.       Vizualizujte si assembly virionu Aquareoviru (3k1q).

6.       Přiložte proteiny: 2h7s, 2rfc, 2l8m, 3wrk, 2lqd, 3fwg, 6we6, 1k2o, 6oox. Obarvěte je podle
kvality a zjistěte, který má nejhorší kvalitu.

7.       Přiložte proteiny 7QPC a Q9LFP6 (z AlphaFoldDB) pomocí:
https://www.rcsb.org/alignment/?request-body=%7B%22query%22%3A%7B%22context%22%3A%7B%22mode%22%3A%2
2pairwise%22%2C%22method%22%3A%7B%22name%22%3A%22fatcat-rigid%22%7D%2C%22structures%22%3A%5B%7B%22u
rl%22%3A%22https%3A%2F%2Falphafold.ebi.ac.uk%2Ffiles%2FAF-P41235-F1-model_v2.cif%22%2C%22format%22%
3A%20%22mmcif%22%2C%22selection%22%3A%7B%22asym_id%22%3A%22A%22%7D%7D%2C%7B%22entry_id%22%3A%223CBB
%22%2C%22selection%22%3A%7B%22asym_id%22%3A%22C%22%7D%7D%2C%7B%22entry_id%22%3A%221PZL%22%2C%22sele
ction%22%3A%7B%22asym_id%22%3A%20%22A%22%7D%7D%5D%7D%7D%7D

8.       Prohlédněte si 2D diagram u proteinu 2zfg- vyzkoušejte různé typy zobrazení

9.       Prohlédněte si 2D diagram u proteinové rodiny 2.40.160.10, - vyzkoušejte různé typy
zobrazení