MOLE:

1.       Najděte tunely v 1tqn, zobrazte si vlastnosti prvního tunelu

2.       Najde pór v 2bg9 (použijte Pore mode) a prohlédněte si jeho náboj a hydrofobicitu.


PatternQuery:

1.       Projděte se příklad vazebných míst testosteronu (TES). Zjistěte, kolik je vazebných míst.
Jaké 3 aminokyseliny jsou nejčastěji v okolí testosteronu?


AtomicChargeCaluclator 2:

1.       Vypočítejte pomocí ACC2, default mód, do následující tabulky náboje na atomech O a H
(fenolová skupina):

Tabulka s náboji:

                                          Název molekuly

                                                                                                        pKa

                                                                                                      Náboj na atomu

                                                                                                             O

                                                                                                              H

3-ethoxyphenol

                                                                                                       9,65



2,4,6-trinitrofenol

                                                                                                       0,42



2,3-dinitrofenol

                                                                                                       4,68



3-hydroxybenzaldehyd

                                                                                                       8,98




Poznámka: 3D struktury k výše uvedeným molekulám si stáhněte z PubChemu.


2.       Najděte si v PDBe strukturu jedu mamby zelené, určenou pomocí NMR. Z nalezených vyberte
tu, která má abecedně první PDB ID. Vypočítejte pomocí ACC2, default mód, náboje. Přidejte obrázek
molekuly a zjistěte, které aminokyseliny na helixu mají nejnižší náboj.


AlphaCharges:

1.       Najděte si v AlphaFoldDB identifikátor inzulínu (lidského). Pro něj vypočítejte náboje pro
různé pH (2, 5, 7.2) pomocí AlphaCharges. Popište, jak se nábojová distribuce mění s pH.