Environmentální genomika doc. RNDr. Petra Linhartová Bořilová, Ph.D., MBA 1 Bc. NMgr. témata 2023/2024 ŽPZ petra.linhartova@recetox.muni.cz ENVIRONMENTAL GENOMICS se zaměřuje na určení genetické podstaty onemocnění u člověka a analýzu vztahů mezi environmentálními a genetickými faktory v tomto kontextu. MICROBIOME LABS OMICS DATA ANALYSES Environmentální genomika 2 Zeggini et al., 2019 Biomarker discovery Construction of polygenic risk scores Pharmacogenomic markers (PGx) Prognosis Epigenetika Analýza lidského genomu Metagenomika Transcriptomika doc. RNDr. Petra Bořilová Linhartová, Ph.D., MBA petra.linhartova@recetox.muni.cz 3 Petra Bořilová Linhartová Leader Kateřina Vyklická PhD student Dávid Száraz PhD student Natálie Mlčůchová PhD student Jana Vrzalová Technician Zuzana Marinčák Vranková PhD student Simona Farníková Student Tým Lenka Bodokyová Student Sabina Cerulová Student Adam Majer Student Eliška Pivrncová PhD student Jan Hofman Student ENVIRONMENTAL GENOMICS MICROBIOME LABS OMICS DATA ANALYSES Pavla Holochová Researcher Student Dominika Krčmárová Student Petra Brenerová Lab manager Terezie Slámová Administrator Student doc. RNDr. Petra Bořilová Linhartová, Ph.D., MBA petra.linhartova@recetox.muni.cz Student Vojtěch Bartoň Bioinformatistician Jan Böhm Biostatistician CRC – Colorectal carcinoma EAC – Esophageal adenocarcinoma OSCC – Oral squamous cell carcinoma PANC – Pancreatic cancer Microbiome Transcriptome Metatranscriptome Human genome Image analysis Pharmacogenetics Onkologická Onemocnění GIT 3 doc. RNDr. Petra Bořilová Linhartová, Ph.D., MBA petra.linhartova@recetox.muni.cz AZV 2020-2023 Host microbiome in relation to Barrett´s esophagus and esophageal adenocarcinoma development GERD 5 doc. RNDr. Petra Bořilová Linhartová, Ph.D., MBA petra.linhartova@recetox.muni.cz ̶ Cílem je: 1) vytvořit literární rešerše o H. pylori a jeho vztahu k PPI a ke gastrointestinálním chorobám, 2) v praktické části práce izolovat DNA z GIT vzorků od pacientů, 3) zavést metodiku qPCR pro stanovení H. pylori, 4) analyzovat izolované vzorky a 5) podílet na interpretaci výsledků. Analýza Helicobacter pylori pomocí kvantitativní PCR u pacientů s refluxní chorobou jícnu Téma 6 doc. RNDr. Petra Bořilová Linhartová, Ph.D., MBA petra.linhartova@recetox.muni.cz 7 Reprodukční zdraví a vývoj mikrobiomu u dětí petra.linhartova@recetox.muni.cz Xiao et a., 2020 https://www.celspac.cz/ TĚHOTENSTVÍ POROD DĚTSTVÍ Infekce Antimikrobiotika Stres Dieta Alkohol a kouření Gestační věk Vertikální přenos Antibiotika Způsob porodu Farmaka Kojení a dieta Prostředí 8 Bifidobakterie doc. RNDr. Petra Bořilová Linhartová, Ph.D., MBA petra.linhartova@recetox.muni.cz Taft et al., 2022 9 Bifidobakterie doc. RNDr. Petra Bořilová Linhartová, Ph.D., MBA petra.linhartova@recetox.muni.cz ̶ Cílem je: 1) vytvořit literární rešerše o bifidobakteriích a jejich významu při vývoji střevního mikrobiomu, 2) v praktické části práce izolovat DNA z GIT vzorků, 3) zavést metodiku qPCR pro stanovení vybraných bifidobakterií, 4) analyzovat izolované vzorky a 5) podílet na interpretaci výsledků. Cílená analýza bifidobakterií pomocí kvantitativní PCR – kohorta CELSPAC: TNG Téma 10 doc. RNDr. Petra Bořilová Linhartová, Ph.D., MBA petra.linhartova@recetox.muni.cz ENVIRONMENTAL GENOMICS