Kdy použít jakou metodu
pathway analýzy
Eva Budinská
Podzim 2023
Kategorie Podle toho s jakým seznamem genů pracují
Metody dělící hranice
(Nutno stanovit dělící hranici –
alfa hladinu –pro p-hodnotu dle
které určíme významné geny a
pak pracujeme jenom s
významnými geny)
Metody celého seznamu genů
(Pracuje s p-hodnotami nebo jejich
pořadím i u nevýznamných genů.)
Podle toho jak pracují s
genovými sadami
Uzavřené
(Berou v potaz
pouze geny z
genové sady)
Binomický test
Hypergeometrický test
Kolmogorův-Smirnův test na
rozložení p-hodnot genů v sadě
Kompetitivní
(Porovnávají geny z
genové sady k
zbytku genů, které
nejsou v sadě)
Fisherův test
Chí-kvadrát test
Kolmogorův-Smirnův test
na rozložení pořadí p-hodnot v sadě
(pořadí se počítá ze všech
testovaných genů, i nevýznamných)
Kategorie Podle toho s jakým seznamem genů pracují
Metody dělící hranice
(Nutno stanovit dělící hranici –
alfa hladinu –pro p-hodnotu dle
které určíme významné geny a
pak pracujeme jenom s
významnými geny)
Metody celého seznamu genů
(Pracuje s p-hodnotami nebo jejich
pořadím i u nevýznamných genů.)
Podle toho jak pracují s
genovými sadami
Uzavřené
(Berou v potaz
pouze geny z
genové sady)
Pokud očekávám, že většina
genů bude odlišně exprimována
a mám dostatečně velký počet
vzorků na skupinu.
Pokud máme malý nebo velký
počet vzorků ve skupině a
očekáváme většinu genů odlišně
exprimovanou.
Mívají často falešně pozitivní
výsledky
Doporučuje se pokud očekáváme,
že většina genů bude odlišně
exprimována.
Kompetitivní
(Porovnávají geny z
genové sady k
zbytku genů, které
nejsou v sadě)
Pokud očekáváme, že většina
nebude odlišně exprimována
(celotranskriptomika), a mám
dostatečný počet vzorků na
skupinu.
Pokud očekáváme, že většina
nebude odlišně exprimována
(celotranskriptomika), pro malý i
velký počet vzorků na skupinu.
Pokud očekáváme, že většina
nebude odlišně exprimována
(celotranskriptomika)
U experimentů s malým počtem
vzorků (v skupinách) nevyjde
významně žádná sada, nebo
pouze málo, protože většina
genů nemusí být významná.
Vhodné na experimenty s malým i
velkým počtem vzorků. Zejména
pokud je malé N na skupinu, tak
často jediná možnost.