#!/bin/bash
#PBS -l walltime=24:00:00
#PBS -l select=1:ncpus=12:ompthreads=12:mem=100gb:scratch_local=100gb
#PBS -j oe
#PBS -m bae

export OMP_NUM_THREADS=$PBS_NUM_PPN
export LC_ALL=C.UTF-8
export LANG=C.UTF-8
# Vyse uvedene radky zacinajici PBS jsou prikazy pro planovaci system,
# lze je take uvest v prikazu qsub. Direktiva -j oe slouci chybovy a standardni
# vystup, -m abe posle mail pri zacatku, padu a ukonceni ulohy.  

# nastaveni uklidu SCRATCHE pri chybe nebo ukonceni
# (pokud nerekneme jinak, uklidime po sobe)
trap 'clean_scratch' TERM EXIT

# Pridani aplikacnich modulu
module add conda-modules-py37

## Priprava vstupnich dat
# Adresar se vstupnimi daty
DATA=/storage/brno6/home/jsmerda/ipyrad99/CIR

# Kopirovani dat do scratche
cp $DATA/params-CIR-HYB.txt $SCRATCHDIR || exit 1
cp $DATA/CIR-HYB/*.fastq.gz $SCRATCHDIR || exit 1

# Prepnuti se do scratche
cd $SCRATCHDIR

##příkazy
# -p=název params-file; -s=ktere ulohy chci resit; -c=pocet jader; --MPI=spojeni mezi jadry

conda activate ipyrad
sed -i '/\[4] /c\./*.gz  ## [2] ' params-CIR-HYB.txt
ipyrad -p params-CIR-HYB.txt -s 1234567 -c 12 --MPI


##kopirovani vysledku na uloziste
# Pokud kopirovani probehlo v poradku, obsah scratche bude vymazan 
cp -r $SCRATCHDIR/ $DATA/
clean_scratch || exit 2
