Bioinformatika I
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Bioinformatika I
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Bioinformatika I
Info
Course
Term
Spring 2010

Přednášející: Dr. Matej Lexa, FI C506.
Konzultační hodiny: Čt 13:00 - 15:00, nebo dle domluvy
Jaro 2010. Bude se scházet 2 h týdne (Po 12:00-13:50, B011).

Kurz je vstupním kurzem do oblasti bioinformatiky pro studenty nebiologických oborů a nemá zvláštní předpoklady.

Klade si za cíl otevřít studentům dveře do fascinujícího světa molekul, genů a proteinů. V současnosti dochází k prudkému rozvoji bioinformatiky a aplikovaných přístupů převážně v biologii, chemii a medicíně, které vyžadují bioinformatické myšlení a schopnosti (práce s velkým množstvím biologických dat s využitím moderních metod informatiky). Předmět poskytne studentům informatiky a jiných nebiologických oborů nezbytné minimum znalostí pro pochopení základních biologických problémů, které se (nejlépe) řeší na počítači. Seznámí studenty s vybranými přístupy k řešení těchto problémů a upozorní na ty oblasti, kde náš pokrok nejvíce závisí na vhodných aplikacích informatiky. Pokročilejší studium vybraných algoritmů, práce s daty a navrhování vlastních výpočtů je náplní navazujících kurzů IV108 Bioinformatika II a IV110 Projekt z bioinformatiky. Kurz se bude konat jednou týdně po 2 hodinách, součástí je kontrolní test uprostřed semestru, ukončen bude písemnou zkouškou.

Discussion Forum of the Course FI:IV107

 

 

Do diskusního fóra směřujte, prosím, dotazy a příspěvky, které jsou relevantní pro Vaše kolegy a týkají se nějakým způsobem kurzu. Pokud máte otázku ryze osobní, použijte e-mail.

ZMĚNY A NOVINKY

  • http://www.genomeweb.com/blog/what-energy-genomics Podivejte se na informacni video Joint Genome Institute, ktery patri pod Ministerstvo energetiky USA jestli Vas zajima co je to Energy Genomics. Jedna se o vyuziti sekvence DNA organizmu v energetickych programech pro nova biopaliva.
  • Planuji nahradni test pro studenty, kteri omluvili svou nepritomnost na studijnim oddeleni/zaznam v ISu na 7.4. 13:00. Kdokoliv jiny si muze test v tomto terminu napsat/opravit, s tim, ze hodnoceni bude snizeno o 20%. Zajem o test nahlaste prosim e-mailem nebo osobne.
  • Výsledky testu naleznete v poznámkovém bloku v ISu, zisk bodů se pohyboval v rozmezí 6-20. Váš test je k dispozici k nahlédnutí v konzultačních hodinách nebo po přednášce. Víc k obsahu testu na další přednášce po Velikonocích.
  •  Semestrální test píšeme 29.3.2010 ve 12:00. Bude zaměřen na základní orientaci a zvládnutí terminologie z oblasti molekulární biologie, vodítkem ke studiu je obsah přednášek do 15.3. včetně, odkazy v osnovách, interaktivní testy v ISu. Test může obsahovat i otázky z příslušných pasáží učebnice (kapitoly 1,2 a 9). Problematika zakladních experimentálních metod mol.biologie je dobře popsána ve Fundamental Concepts in Bioinformatics, strany 19-32.

 

Historie a zaměření bioinformatiky
Open
Chapter contains:
1
ROPOT
4
PDF
1
Study text
3
Web
Teacher recommends to study from 21/2/2010 to 27/2/2010.
Základy molekulární biologie - Organizace živé hmoty - Struktura a funkce DNA - Struktura a funkce proteinu
Open
Chapter contains:
1
ROPOT
1
PDF
1
Video
1
Study text
2
Web
Teacher recommends to study from 28/2/2010 to 6/3/2010.
Metody molekulární biologie - Data v bioinformatice - Generování sekvenčních dat
Open
Chapter contains:
1
ROPOT
1
PDF
1
Study text
5
Web
Teacher recommends to study from 8/3/2010 to 14/3/2010.
Analýza sekvence DNA
Open
Chapter contains:
1
ROPOT
2
PDF
1
Study text
1
Web
Teacher recommends to study from 15/3/2010 to 21/3/2010.
Veřejná data a přístup k nim - Zakladní formáty dat
Open
Chapter contains:
1
PDF
1
Study text
9
Web
Teacher recommends to study from 22/3/2010 to 28/3/2010.
Semestrální test
Open
Chapter contains:
1
Study text
Analýza sekvencí proteinů, strukturních a funkčních dat
Open
Chapter contains:
1
ROPOT
2
PDF
1
Study text
5
Web
Teacher recommends to study from 12/4/2010 to 18/4/2010.
Jiná data a analýzy
Open
Chapter contains:
1
ROPOT
1
PDF
1
Study text
3
Web
Teacher recommends to study from 19/4/2010 to 25/4/2010.
Práce s expresními daty
Open
Chapter contains:
1
ROPOT
2
PDF
1
Video
1
Study text
4
Web
Teacher recommends to study from 26/4/2010 to 2/5/2010.
Štěpení proteinů a hmotnostní spektra
Open
Chapter contains:
1
Other files
1
PDF
2
Video
1
Study text
4
Web
Teacher recommends to study from 3/5/2010 to 9/5/2010.
Statistické metody v bioinformatice, systémová biologie
Open
Chapter contains:
2
PDF
1
Study text
6
Web
Teacher recommends to study from 10/5/2010 to 16/5/2010.
Algoritmy v bioinformatice
Open
Chapter contains:
1
PDF
1
Study text
Teacher recommends to study from 17/5/2010 to 23/5/2010.
Video HHMI a diskuse
Open
Chapter contains:
3
Video
3
Web
Teacher recommends to study from 6/5/2007 to 12/5/2007.
Studijní literatura
Open
Chapter contains:
2
PDF
3
Video
3
Study text
7
Web
On-line materiály
Open
Chapter contains:
5
Folder
3
Web
Odkazy
Open
Chapter contains:
1
Study text
3
Web
Previous
Next