IV108 Bioinformatika II
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
IV108 Bioinformatika II
Info
Term
Autumn 2018

Prednášející: Dr. Matej Lexa, FI C506.
Konzultační hodiny: St 11:00 - 12:50, nebo dle domluvy
Rozvrh: (podzim 2018)  (Út 16:00-17:50 B116)

Kurz vyžaduje základní znalosti z bioinformatiky, elementární znalosti programování v libovolném jazyce (nejlépe C/Perl nebo C++/Python) a uživatelskou znalost OS UNIX.

Jedná se o předmět v oblasti aplikované informatiky, který si klade za cíl umožnit studentům pochopit a navrhovat vybrané výpočetní postupy pro práci s biologickými sekvencemi a strukturami.

HLAVNÍ STUDIJNÍ LITERATURA

1) Jonathan, Pevsner (2009). Bioinformatics and Functional Genomics (prezencne knihovna FI)

DOPLŇKOVÁ LITERATURA

1) Deonier, Tavare, Waterman (2005). Computational genome analysis: an introduction (prezenčně knihovna FI nebo dokumentovy server)

Rozsah pro kurz:
37-45, 48-98 Words, word distributions and occurences

2) Orengo, Jones, Thornton (2003). Bioinformatics: genes, proteins and computers (prezenčně knihovna FI

Rozsah pro kurz

(29-64 Sequence comparison methods)

81-150 Protein structure

3) Dan Gusfield (1997). Algorithms on strings, trees and sequences.

395-398, 437-442 CH16: Maps, mapping, sequencing and superstrings

PRAKTICKÁ PŘÍRUČKA

Gibas and Jambeck (2001) Developing Bioinformatics Skills

http://www.bio-nica.info/biblioteca/Gibas2001DevelopingBioinformatics.pdf

ZÁKLADY BIOINFORMATIKY, GENOMIKY A PROTEOMIKY

Obzvlášť pokud jste neabsolvovali kurz IV107 můžou se Vám hodit některé kapitoly z učebnice tohoto předmětu:

1) Zvelebil, Baum (2008). Understanding bioinformatics (v knihovně).

2) Nosek et al. (2013). Genomika (v knihovně FI).

---

Určené pasáže povinné a doplnkové literatury, prezentace z přednášek (PDF a PPT), obsah cvičení a materiály označené hvězdičkou jsou povinnými materiály ke zkoušce.

Chapter contains:
2
PDF
1
Study text
5
Web
Teacher recommends to study from 20/9/2018 to 26/9/2018.
Chapter contains:
3
PDF
1
Study text
4
Web
Teacher recommends to study from 25/9/2018 to 1/10/2018.
Chapter contains:
1
Study text
6
Web
Chapter contains:
2
PDF
7
Web
Teacher recommends to study from 2/10/2018 to 8/10/2018.
Chapter contains:
2
Study Materials
7
Web
Teacher recommends to study from 10/10/2017 to 16/10/2017.
Chapter contains:
1
PDF
1
Study text
5
Web
Teacher recommends to study from 20/10/2016 to 26/10/2016.
Chapter contains:
1
Study text
7
Web
Teacher recommends to study from 24/10/2017 to 31/10/2017.
Chapter contains:
1
Study Materials
1
Study text
5
Web
Chapter contains:
1
Study text
16
Web
Teacher recommends to study from 1/11/2016 to 7/11/2016.
Chapter contains:
1
PDF
1
Study text
4
Web
Teacher recommends to study from 8/11/2017 to 14/11/2017.
Chapter contains:
1
PDF
1
Study Materials
1
Study text
14
Web
Teacher recommends to study from 21/11/2018 to 27/11/2018.
9. týden 29.11.2011
Teacher recommends to study from 21/11/2017 to 27/11/2017.
10. týden 21.12.2015
Teacher recommends to study from 29/11/2017 to 5/12/2017.
Chapter contains:
1
Study text
Teacher recommends to study from 8/12/2016 to 15/12/2016.
Previous