IV108 Bioinformatika II
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
IV108 Bioinformatika II
Info
Term
Autumn 2009

Prednášející: Dr. Matej Lexa, FI C506.
Konzultační hodiny: Čt 13:00 - 15:00, nebo dle domluvy
Rozvrh: (podzim 2009) Ut (8:00-8:50 B410, Ut 9:00-9:50 B117)

Kurz vyžaduje základní znalosti z bioinformatiky, elementární znalosti programování v libovolném jazyce (nejlépe C/Perl nebo C++/Python) a uživatelskou znalost OS UNIX.

Jedná se o předmět v oblasti aplikované informatiky, který si klade za cíl umožnit studentům pochopit a navrhovat vybrané algoritmy pro práci s biologickými sekvencemi a strukturami.

HLAVNÍ STUDIJNÍ LITERATURA

1) Jones, Pevzner (2004). An introduction to bioinformatics algorithms (prezencne knihovna FI) - KAPITOLY 1,4,6,8,9,11

DOPLŇKOVÁ LITERATURA

1) Deonier, Tavare, Waterman (2005). Computational genome analysis: an introduction (prezenčně knihovna FI nebo dokumentovy server)

Rozsah pro kurz:
37-45, 48-98 Words, word distributions and occurences
(143-192 Sequence alignment)
RNA structure prediction

2) Orengo, Jones, Thornton (2003). Bioinformatics: genes, proteins and computers (prezenčně knihovna FI

Rozsah pro kurz

(29-64 Sequence comparison methods)

81-150 Protein structure

3) Dan Gusfield (1997). Algorithms on strings, trees and sequences.

395-398, 437-442 CH16: Maps, mapping, sequencing and superstrings

ZÁKLADY BIOINFORMATIKY

Obzvlášť pokud jste neabsolvovali kurz IV107 můžou se Vám hodit některé kapitoly z učebnice tohoto předmětu:

1) Zvelebil, Baum (2008). Understanding bioinformatics (v knihovně).

---

Určené pasáže povinné a doplnkové literatury, prezentace z přednášek (PDF a PPT), obsah cvičení
(kromě dobrovolných příkladů na body) a materiály označené hvězdičkou jsou
povinnými materiály ke zkoušce.

Chapter contains:
6
Web
Teacher recommends to study from 22/9/2009 to 28/9/2009.
Chapter contains:
1
PDF
5
Web
Teacher recommends to study from 24/9/2008 to 30/9/2008.
Chapter contains:
6
Web
Chapter contains:
7
Web
Teacher recommends to study from 12/10/2009 to 18/10/2009.
Chapter contains:
8
Web
Teacher recommends to study from 19/10/2009 to 25/10/2009.
Chapter contains:
5
Web
Teacher recommends to study from 26/10/2009 to 1/11/2009.
Chapter contains:
12
Web
Teacher recommends to study from 3/11/2009 to 9/11/2009.
Chapter contains:
8
Web
Teacher recommends to study from 12/11/2008 to 18/11/2008.
Chapter contains:
9
Web
Teacher recommends to study from 19/11/2008 to 25/11/2008.
Chapter contains:
2
Web
Teacher recommends to study from 13/11/2007 to 19/11/2007.
Chapter contains:
6
Web
Teacher recommends to study from 27/11/2007 to 3/12/2007.
Chapter contains:
1
Study text
Teacher recommends to study from 4/12/2007 to 10/12/2007.
Chapter contains:
1
Study text
Teacher recommends to study from 11/12/2007 to 17/12/2007.
Previous