Pokročilé metody bioinformatiky
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Pokročilé metody bioinformatiky
doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Pokročilé metody bioinformatiky
Info
Course
Term
Spring 2021
V rámci přestavby studia na FI přebírá tento kurz některé pasáže, které se v minulosti vyučovali v PB051 (organizace genomu, transkripční faktory, profilové HMM) a přidává část týkající se NGS, která má úvod v IV108 a dosud byla dál řešena jenom v Projektu z bioinformatiky. Práce s proteinovou strukturou v Pymolu navazuje na IV108 jako opakování a svázání analýzy struktury s analýzou sekvence pomocí HMM. Velká část hodnocení bude vyplývat z praktického řešení úkolů, teoretické částí budou předmětem ústní zkoušky.
Týden 1 - organizace kurzu, struktura genomu, sekvenace metodami NGS - 2/3/2021
Open
Chapter contains:
3
Image
1
Study text
3
Web
Teacher recommends to study from 1/3/2021 to 7/3/2021.
Týden 2 - zpracování dat z NGS - 9/3/2021
Open
Chapter contains:
1
Study text
6
Web
Teacher recommends to study from 8/3/2021 to 14/3/2021.
Týden 3 - Repetitivní genom, metody NGS za využití dlouhých "readů" 16/3/2021
Open
Chapter contains:
1
Study text
6
Web
Teacher recommends to study from 15/3/2021 to 21/3/2021.
Týden 4 - Genome and transcriptome assembly: state of the art and best practices
Open
Chapter contains:
1
Study text
4
Web
Teacher recommends to study from 22/3/2021 to 28/3/2021.
Týden 5 - Variant calling a structural variation detection with long reads
Open
Chapter contains:
1
Study text
1
Web
Teacher recommends to study from 29/3/2021 to 4/4/2021.
Týden 6 - anotace genomů z NGS dat (varianty, ChIP-seq, ENCODE) - 6/4/2021
Open
Chapter contains:
5
PDF
1
Study text
6
Web
Teacher recommends to study from 5/4/2021 to 11/4/2021.
Týden 7 - anotace genomů, tvorba vlasní anotační stopy a "hubu" - 13/4/2021
Open
Chapter contains:
1
Study text
Teacher recommends to study from 26/4/2021 to 2/5/2021.
Týden 8 - vazba protein-protein/protein-DNA, transkripční faktory - 20/4/2021
Open
Chapter contains:
1
Study text
6
Web
Teacher recommends to study from 12/4/2021 to 18/4/2021.
Týden 9 - transkripční faktory, anotace genomů - 27/4/2021
Open
Chapter contains:
1
Study text
2
Web
Teacher recommends to study from 19/4/2021 to 25/4/2021.
Týden 10 - Skryté Markovovy modely (HMM) - 4/5/2021
Open
Chapter contains:
3
PDF
1
Study text
Teacher recommends to study from 3/5/2021 to 9/5/2021.
Týden 11 - Profilové HMM, HMMER - 11/5/2021
Open
Chapter contains:
1
PDF
1
Study text
5
Web
Teacher recommends to study from 10/5/2021 to 16/5/2021.
Týden 12 - Analýza rodiny Spike proteinu (S) ze SARS-CoV-2 - 18/5/2021
Open
Chapter contains:
1
Study text
1
Web
Teacher recommends to study from 17/5/2021 to 23/5/2021.
Týden 13 - mapování analýzy Spike proteinu na strukturu proteinu - 25/5/2021
Open
Teacher recommends to study from 24/5/2021 to 30/5/2021.
Previous
Next