Kancelář rektora
Sekretariát rektora
Kontrolní odbor
Odbor interního auditu
Právní odbor
Oddělení spisové služby
Pracoviště pověřence pro ochranu osobních údajů
Studijní odbor
Poradenské centrum
Oddělení celoživotního vzdělávání
Odbor výzkumu
Grantové oddělení
Oddělení celouniverzitních projektů
Oddělení doktorského studia a vědeckých kvalifikací
Centrum pro scientometrickou podporu a evaluaci
Odbor pro strategii
Kino Scala
Odbor komunikace a vnějších vztahů
Oddělení komunikace
Oddělení vnějších vztahů a marketingu
Odbor pro kvalitu
Kancelář České konference rektorů
Sekretariát Akademického senátu MU
Kancelář kvestora
Oddělení metodiky
Odbor pro personální řízení
Mzdová účtárna
Personální oddělení
Centrum podpory pro zahraniční zaměstnance
Odbor rozpočtu a financování
Ekonomický odbor
Oddělení provozního účetnictví
Oddělení ekonomických systémů
Oddělení ekonomiky daní a cel
Oddělení ekonomiky majetku a investic
Provozní odbor
Oddělení informačních a komunikačních technologií
Oddělení správy budov
Oddělení provozu
Odbor veřejných zakázek
Investiční odbor
Odbor pro rozvoj
