Průchod studijním plánem
doktorský kombinovaný, vyučovací jazyk: čeština
Zahrnut v programu: PřF D-EXPBIO Experimentální biologie rostlin
Informace o studiu
- Státní závěrečná zkouška a obhajoba disertační práceStátní doktorská zkouška (SDZ) by měla být vykonána s dostatečným časovým odstupem před obhajobou disertační práce, nejdříve v 5.-tém semestru studia. Prvním krokem je oznámení záměru vykonat SDZ, které student podává příslušné referentce na děkanátu. Studenti vypracují krátké teze stavu svého projektu (na jednu stranu), které zašlou předsedovi komise nejméně týden před zkouškou. SDZ by měla být vedena formou hloubkové diskuse zaměřené na doktorandovu práci, od jejího významu a kontextu až po zpracování dat a závěry. Student má při zkoušce prokázat dobrou orientaci zejména v oblasti vědeckého problému řešeného v disertační práci. Během maximálně 25 minut představí svůj výzkumný projekt v širším kontextu rostlinné biologie, konkrétní hypotézy, data, která dosud získal, jejich hodnocení, závěry a navrhované další kroky. V následné diskusi s členy komise bude student prokazovat schopnost aplikovat své znalosti při řešení konkrétních problémů. Hodnocení bude zahrnovat: 1) celkovou znalost tématu, včetně jeho souvislostí a významu, 2) schopnost vysvětlit a prezentovat svou práci, 3) porozumění hypotézám a způsobům jejich řešení, 4) znalost experimentálních technik, 5) schopnost správně interpretovat data a diskutovat závěry.
Obhajoba disertační práce začíná formálním krokem, kterým je ohlášení záměru obhajoby studentem příslušné referentce děkanátu a předsedovi oborové rady (OR). Pro obhajobu je nezbytné, aby alespoň část výsledků byla publikována nebo přijata k publikaci v časopise zařazeném v databázi Web of Science (WoS) s impaktním faktorem (IF) vyšším než medián oboru, přičemž student musí být prvním autorem. V případě, že časopis má IF pod mediánem, student musí mít minimálně dvě takové publikace. Studenti také odevzdávají autoreferáty svých prací, které podávají spolu s disertační prací. Disertační práce musí být odevzdána prostřednictvím IS MU po předchozí komunikací s referentkou děkanátu nejméně 8 týdnů před plánovanou obhajobou. Samotné jednání komise pro obhajobu probíhá v anglickém jazyce, a práci posuzují dva oponenti, kteří musí být z jiné instituce než MU, přičemž minimálně jeden z oponentů by měl být ideálně ze zahraničí. Obhajoba probíhá formou prezentace hlavních tezí disertační práce, následovanou diskusí s oponenty, členy komise a odbornou veřejností. Student musí prokázat schopnost samostatné vědecké práce, prezentovat výsledky vlastního výzkumu a kriticky je zhodnotit. - Návrh témat disertačních prací a témata obhájených pracíNávrh témat disertačních prací:
Evoluce karyotypu a organizace chromozomů během vývoje rostlin
Organizace a složení genomu u mezidruhových kříženců rostlin
Využití kinetiky fluorescence chlorofylu k detekci nízkoteplotního stresu ve fotosyntetickém aparátu lišejníků
Proteiny zapojené do regulace telomerických repeticí
Vliv tepelného stresu na opravné mechanizmy rostlin
Biologie telomer
Epigenetické procesy a mechanismy v rostlinách
Dynamika genomů u rostlin s různými reprodukčními strategiemi
Genetické inženýrství nemodelových rostlin
Organizace chromozomů v interfázním rostlinném jádru
Analýza oprav toxických DNA-proteinových komplexů u huseníčku rolního
Kryoresistence mechorostů s různým aklimačním potenciálem vůči nízkým teplotám studovaná pomocí biofyzikálních metod
Genotypová variabilita v indukci a lokalizaci ochranných mechanismů v rostlinách působením environmentálních podnětů
Studijní a výzkumné povinnosti
- Disertační práce
Příprava disertační práce
Příprava podkladů pro disertační práci. Pokud student nenavazuje na předchozí práci (a není tedy na začátku dobře obeznámen s tématem projektu), je jeho prvním úkolem shromáždit potřebné informace, zorientovat se v příslušné oblasti výzkumu a prokázat své znalosti během přijímacího pohovoru s komisí v anglickém jazyce. Další postup v řešení problematiky bude každý semestr hodnocen školitelem (Příprava doktorské práce (IS MU: XD100)) a každoročně prezentován studentem na PhD Retreat Experimentální biologie rostlin.
V prvním roce musí student prokázat porozumění současnému stavu problematiky, znalost cílů a metodik pro jejich dosažení spolu s realizovatelným vědeckým plánem v rámci PhD Retreat Experimentální biologie rostlin. Této akce se zúčastní nejen ostatní studenti programu, ale také školitelé a členové oborové rady.
Během prvního semestru je student povinen po konzultaci se školitelem a oborovou radou sestavit individuální PhD komisi (Thesis Advisory Committee - TAC), která bude složena z nejméně tří odborníků, včetně školitele, v oblasti tématu disertační práce. K propojení odborníků v oboru mohou sloužit i akce PhD Retreat, kde se studenti setkávají s dalšími školiteli a členy oborové rady. Úkolem komise TAC je sledovat realizaci ISP a poskytovat zpětnou vazbu o průběhu studia a výzkumu. Tři plánované schůzky TAC během čtyř let standardní doby studia slouží jako klíčové milníky a z každé schůzky je pořízen záznam, který OR jasně informuje o pokroku studenta a plnění cílů. V ideálním případě se TAC svolává ve 2., 4. a 7. semestru. Účelem zapojení TAC je poskytovat studentům a školitelům účinnou zpětnou vazbu, motivovat a podporovat studenty tak, aby věnovali maximální pozornost své disertační práci a úspěšně a včas ji dokončili v rámci standardní doby studia. Kromě tří předepsaných TAC může TAC svolat školitel nebo student kdykoli v průběhu studia. Po uplynutí standardní doby studia musí být TAC rozšířena o jednoho externího člena komise a svolávána každoročně nebo podle potřeby.
- Publikační činnost
Publikační činnost, psaní a obhajoba doktorské práce
Podmínkou obhajoby disertační práce je, že alespoň některé výsledky musí být publikovány nebo přijaty k publikaci v časopise indexovaném v databázi Web of Science (WoS) s impakt faktorem (IF) vyšším než medián pro daný obor a student musí být prvním autorem publikace. Pokud je IF časopisu nižší než medián, musí mít student zpravidla alespoň dvě takové publikace. V případě spoluautorských publikací musí student jasně definovat svůj podíl na výsledcích. Pokud je student spoluautorem alespoň tří publikací, upřednostňuje se, aby doktorská práce byla zpracována jako soubor dříve publikovaných nebo přijatých prací, doplněný o obsáhlý úvod a komentář k tématu. Pokud je publikací méně, musí mít práce formu monografie s původními výsledky. Jednání komise pro obhajobu probíhá v angličtině a práci posuzují dva oponenti, kteří musí být z jiné instituce než z MU, přičemž alespoň jeden oponent je ideálně ze zahraničí. Ve výjimečných případech může na doporučení oborové rady proběhnout obhajoba i v případě absence publikovaného článku, a to formou monografie s původními výsledky. V takovém případě se články přikládají k práci jako rukopisné návrhy v přílohách a práci posuzují tři oponenti.
- Účast na konferencích a odborných fórech
>Účast na konferencích – je vyžadována aktivní účast alespoň na jedné mezinárodní konferenci.
>Povinnost účasti na seminářích či pracovních setkáních, která organizuje školitel nebo vedoucí výzkumné skupiny.
- Výzkumné stáže a mezinárodní spolupráce
Další zlepšování jazykových kompetencí – v odborných předmětech přednášených v AJ, účast na seminářích v AJ, prezentace výsledků a přípravy článků.
Zahraniční stáž – během studia je nutné absolvovat zahraniční stáž v minimální délce jednoho měsíce (v součtu za dobu studia) anebo v souladu s požadavky národních či univerzitních standardů.
- Odborné kurzy a další formy teoretické přípravy
>Student absolvuje zpravidla 3 předměty (hard skills kurzy) během prvních čtyř semestrů, vybrané z katalogu MU anebo i mimo MU (např. na letních školách), které mohou být schválené školitelem nebo předsedou oborové rady, čímž prohlubuje odborné znalosti podle zaměření specializace.
>Student se účastní zpravidla min. 4 seminářů určených k prezentaci špičkového výzkumu nejen v rostlinné biologii jako např. Mendel Centre Seminars in the Bio-omics , Life Sciences seminář, NCBR seminář , Doktorský seminář ÚEB anebo obdobných přednáškách, obdrží zápočet do předmětu "Specialized Seminar”.
>Každoroční aktivní účast na PhD Retreat Experimentální biologie rostlin.
- Pedagogické kompetencePedagogická činnost – povinnosti a rozsah jsou stanoveny v ISP, doktorand se může podílet např. na vedení bakalářských a diplomových prací (jako konzultant), může se podílet na pravidelné výuce nebo na přípravě podkladů pro výuku, organizaci exkurzí či PhD Retreatu vzdělávacích akcích či dalších akcích v rámci garančního a školicích pracovišť.
- Jazykové kompetenceDalší zlepšování jazykových kompetencí – v odborných předmětech přednášených v AJ, účast na seminářích v AJ, prezentace výsledků a přípravy článků.
- Milníky studia
Prostup etapami každého studenta sleduje oborová rada a hodnotí je při každoročních hodnotících osobních schůzkách se všemi studenty v programu. Orientační milníky vytyčují časové etapy a představují doporučený průchod. Student i školitel tak znají očekávání v jednotlivých etapách, což přispívá k včasnému a úspěšnému ukončování nejlépe v rámci standardní doby 4 let studia.
Milník 1 – Konec prvního semestru
· Student spolu se školitelem připraví detailní ISP, který schválí OR
· Student sestaví TAC komisi
Milník 2 – Konec 4. semestru studia
· student absolvuje všechny předměty teoretické přípravy (bod 4 doporučeného ISP)
· představí výsledky své práce na PhD Retreatu (bod 5 ISP)
· prokáže splnění povinností jazykové kompetence (bod 6 ISP)
· splní povinnosti spojené s pedagogickým rozvojem (bod 8 ISP)
· splní další povinnosti (bod 9 ISP)
· připraví teze dizertační práce (bod 4 ISP), které předloží spolu případnou s žádostí o vykonání SDZ (SDZ vykoná v průběhu 5. semestru studia, pokud je SDZ povinná)
Milník 3 – Konec standardní doby studia (tj. do konce 8. semestru), student:
· prokáže splnění povinnosti prezentace na zahraniční konferenci (bod 3 ISP)
· prokáže splnění mezinárodní spolupráce (bod 7 ISP)
· zpracuje dizertační práci a předloží žádost o obhajobu dizertační práce (body 1 a 2 ISP)
- Další požadavky
Povinnosti jsou definovány v ISP studenta, který si student v průběhu 1. semestru sestaví ve spolupráci se školitelem, který je schválen oborovou radou a zaznamenán v IS MUNI. Celková očekávaná zátěž odpovídá cca 60 ECTS kr. za rok. S ohledem na individuální povahu jsou údaje o zátěži (viz. níže %) orientační, jsou konkretizovány v ISP. Studenti mají výzkumné a studijní povinnosti, kterými zvyšují své kompetence v pěti hlavních oblastech A-E.
Student je povinen během 1. semestru, po konzultaci se školitelem a oborovou radou, sestavit individuální doktorskou komisi (Thesis Advisory Committee – TAC), která bude složena minimálně ze tří odborníků, včetně školitele, v oblasti zaměření jeho disertační práce. TAC pomáhá studentovi při tvorbě ISP, sleduje jeho plnění a poskytuje zpětnou vazbu ohledně pokroku ve studiu a výzkumu. Během 4 let standardní doby studia proběhnou zpravidla min. 3 setkání TAC, jejichž výstupy informují OR o studentově pokroku.
A) Vědecké a výzkumné aktivity (cca 70 %): Příprava disertační práce po celou dobu studia. Studium odborné literatury. Publikační činnost. Obhajoba tezí disertační práce.
B) Odborné předměty a teor. příprava (cca 20 %)
C) Mezinárodní rozměr a konkurenceschopnost: Zahraniční stáž – během studia je nutné absolvovat zahraniční stáž v minimální délce jednoho měsíce (v součtu za dobu studia) anebo v souladu s požadavky národních či univerzitních standardů.
D) Pedagogické kompetence: rozsah v ISP, doktorand se může podílet např. na vedení bc a dipl. prací (jako konzultant), podílet se na pravidelné výuce, přípravě podkladů pro výuku, atd.
E) Další povinnosti – soft skills: Studenti získávají praxi s přípravou a řízením projektů. Povinný je alespoň jeden soft skills kurz, školení, seminář, workshop nebo příprava žádosti o grant, nabízený na MU či mimo MU (po schválení školitelem nebo předsedou oborové rady).
Další požadavky na studenty v prezenční formě studia: publikace výsledků výzkumu v mezinárodním časopise s impact factorem dle pravidel programu ExPBio