C2144 Python pro bioinformatiky

Přírodovědecká fakulta
jaro 2026
Rozsah
1/2/1. 6 kr. Ukončení: zk.
Vyučováno kontaktně
Vyučující
RNDr. Tomáš Raček, Ph.D. (přednášející)
Garance
RNDr. Tomáš Raček, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Předpoklady
Elementární znalost jazyka Python a základních algoritmů.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
Cíle předmětu
Studenti budou zdokonalovat své dovednosti v programování v jazyce Python s důrazem na aplikace v oblasti bioinformatiky. Dále se pak naučí v rámci menších projektů efektivně zpracovávat a analyzovat biologická data pomocí Pythonu a relevantních knihoven.
Výstupy z učení
Po skončení kurzu bude schopen student:
Rozšířit a optimalizovat existující kód v Pythonu.
Aplikovat Python na analýzu biologických dat a sestavovat vhodné algoritmy.
Přistupovat automaticky k bioinformatickým databázím a zdrojům.
Vytvářet jednoduché bioinformatické projekty od návrhu až po implementaci.
Osnova
  • Opakování základů Pythonu na bioinformatických příkladech
  • Seznámení s bioinformatickými knihovnami v Pythonu (př. BioPython)
  • Formáty biologických dat a jejich čtení/zápis v Pythonu
  • Analýza, filtrování a validace biologických dat pomocí Pythonu
  • Návrh a implementace jednoduchých projektů (modules, packages)
  • Použití knihoven pro vizualizaci dat v Pythonu (matplotlib, seaborn, atd.)
  • Využití platforem typu Jupyter Notebook, Galaxy.
  • Návrh a prezentace bioinformatického projektu a diskuze nad dosaženými cíli.
Literatura
    doporučená literatura
  • Mastering Python for Bioinformatics: How to Write Flexible, Documented, Tested Python Code for Research Computing 1st Edition, ISBN: 9781098100889
  • McKinney, W. Python for data analysis : [agile tools for real world data]. 1st ed. Sebastopol, Calif.: O'Reilly, 2013. xiii, 452. ISBN 9781449319793
Výukové metody
Přednášky a praktická cvičení, menší týmový projekt.
Metody hodnocení
Povinná docházka spolu s obhajobou projektu menšího rozsahu v závěru semestru.
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
  • Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/jaro2026/C2144