PA183 Projekt ze systémové biologie
Fakulta informatikypodzim 2024
- Rozsah
- 0/0/2. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
Vyučováno kontaktně - Vyučující
- doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Matej Troják, Ph.D. (pomocník) - Garance
- doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Kontaktní osoba: doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky - Rozvrh
- Čt 26. 9. až Čt 19. 12. Čt 14:00–15:50 A418
- Předpoklady
- Předmět předpokládá základní znalosti z oblasti modelování a simulace dynamiky biologických systémů. Předchozí absolvování předmětů PB050 a PA054 je vítáno, nikoli však podmínkou. Studenti, kteří absolvovali laboratorní praktika PV225, mohou v tomto předmětu navázat na svá měření vytvořením relevantního počítačového modelu.
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
- Mateřské obory/plány
- předmět má 29 mateřských oborů, zobrazit
- Cíle předmětu
- Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
využít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
vytvořit počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu - Výstupy z učení
- Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
použít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
navrhnout počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu. - Osnova
- Shrnutí základních pojmů: in silico model, základní techniky modelování a analýzy biologických systémů.
- Výběr témat projektů: projekty z oblasti modelování buněčných procesů bakterií a rostlin, aplikace formálních a matematických metod.
- Realizace projektů: implementace podpůrných skriptů, provedení experimentů, tvorba závěrečné zprávy.
- Závěrečná presentace.
- Literatura
- doporučená literatura
- KLIPP, Edda. Systems biology in practice : concepts, implementation and application. Weinheim: Wiley-Vch, 2005, xix, 465. ISBN 3527310789. info
- Computational modeling of genetic and biochemical networks. Edited by James M. Bower - Hamid Bolouri. Cambridge: Bradford Book, 2001, xx, 336. ISBN 0262524236. info
- neurčeno
- KLIPP, Edda. Systems biology : a textbook. Weinheim: Wiley-VCH Verlag, 2009, xxi, 569. ISBN 9783527318742. info
- VRIES, Gerda de. A course in mathematical biology : quantitative modeling with mathematical and computational methods. Philadelphia, Pa.: Society for Industrial and Applied Mathematics, 2006, xii, 309. ISBN 0898716128. URL info
- ALON, Uri. An Introduction to Systems Biology: Design Principles of Biological Circuits. Chapman & Hall/Crc, 2006. info
- Výukové metody
- skupinové projekty, jejich presentace, diskuse
- Metody hodnocení
- závěrečná zpráva o projektu (v rozsahu 2 strany A4), ústní presentace výsledků
- Další komentáře
- Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
PA183 Projekt ze systémové biologie
Fakulta informatikypodzim 2023
- Rozsah
- 0/0/2. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
- Vyučující
- doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Matej Troják, Ph.D. (pomocník) - Garance
- doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Kontaktní osoba: doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky - Rozvrh
- St 10:00–11:50 A418
- Předpoklady
- Předmět předpokládá základní znalosti z oblasti modelování a simulace dynamiky biologických systémů. Předchozí absolvování předmětů PB050 a PA054 je vítáno, nikoli však podmínkou. Studenti, kteří absolvovali laboratorní praktika PV225, mohou v tomto předmětu navázat na svá měření vytvořením relevantního počítačového modelu.
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
- Mateřské obory/plány
- předmět má 70 mateřských oborů, zobrazit
- Cíle předmětu
- Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
využít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
vytvořit počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu - Výstupy z učení
- Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
použít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
navrhnout počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu. - Osnova
- Shrnutí základních pojmů: in silico model, základní techniky modelování a analýzy biologických systémů.
- Výběr témat projektů: projekty z oblasti modelování buněčných procesů bakterií a rostlin, aplikace formálních a matematických metod.
- Realizace projektů: implementace podpůrných skriptů, provedení experimentů, tvorba závěrečné zprávy.
- Závěrečná presentace.
- Literatura
- doporučená literatura
- KLIPP, Edda. Systems biology in practice : concepts, implementation and application. Weinheim: Wiley-Vch, 2005, xix, 465. ISBN 3527310789. info
- Computational modeling of genetic and biochemical networks. Edited by James M. Bower - Hamid Bolouri. Cambridge: Bradford Book, 2001, xx, 336. ISBN 0262524236. info
- neurčeno
- KLIPP, Edda. Systems biology : a textbook. Weinheim: Wiley-VCH Verlag, 2009, xxi, 569. ISBN 9783527318742. info
- VRIES, Gerda de. A course in mathematical biology : quantitative modeling with mathematical and computational methods. Philadelphia, Pa.: Society for Industrial and Applied Mathematics, 2006, xii, 309. ISBN 0898716128. URL info
- ALON, Uri. An Introduction to Systems Biology: Design Principles of Biological Circuits. Chapman & Hall/Crc, 2006. info
- Výukové metody
- skupinové projekty, jejich presentace, diskuse
- Metody hodnocení
- závěrečná zpráva o projektu (v rozsahu 2 strany A4), ústní presentace výsledků
- Další komentáře
- Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
PA183 Projekt ze systémové biologie
Fakulta informatikypodzim 2022
- Rozsah
- 0/0/2. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
- Vyučující
- doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Matej Troják, Ph.D. (pomocník) - Garance
- doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Kontaktní osoba: doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky - Rozvrh
- Út 12:00–13:50 A418
- Předpoklady
- Předmět předpokládá základní znalosti z oblasti modelování a simulace dynamiky biologických systémů. Předchozí absolvování předmětů PB050 a PA054 je vítáno, nikoli však podmínkou. Studenti, kteří absolvovali laboratorní praktika PV225, mohou v tomto předmětu navázat na svá měření vytvořením relevantního počítačového modelu.
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
- Mateřské obory/plány
- předmět má 70 mateřských oborů, zobrazit
- Cíle předmětu
- Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
využít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
vytvořit počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu - Výstupy z učení
- Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
použít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
navrhnout počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu. - Osnova
- Shrnutí základních pojmů: in silico model, základní techniky modelování a analýzy biologických systémů.
- Výběr témat projektů: projekty z oblasti modelování buněčných procesů bakterií a rostlin, aplikace formálních a matematických metod.
- Realizace projektů: implementace podpůrných skriptů, provedení experimentů, tvorba závěrečné zprávy.
- Závěrečná presentace.
- Literatura
- doporučená literatura
- KLIPP, Edda. Systems biology in practice : concepts, implementation and application. Weinheim: Wiley-Vch, 2005, xix, 465. ISBN 3527310789. info
- Computational modeling of genetic and biochemical networks. Edited by James M. Bower - Hamid Bolouri. Cambridge: Bradford Book, 2001, xx, 336. ISBN 0262524236. info
- neurčeno
- KLIPP, Edda. Systems biology : a textbook. Weinheim: Wiley-VCH Verlag, 2009, xxi, 569. ISBN 9783527318742. info
- VRIES, Gerda de. A course in mathematical biology : quantitative modeling with mathematical and computational methods. Philadelphia, Pa.: Society for Industrial and Applied Mathematics, 2006, xii, 309. ISBN 0898716128. URL info
- ALON, Uri. An Introduction to Systems Biology: Design Principles of Biological Circuits. Chapman & Hall/Crc, 2006. info
- Výukové metody
- skupinové projekty, jejich presentace, diskuse
- Metody hodnocení
- závěrečná zpráva o projektu (v rozsahu 2 strany A4), ústní presentace výsledků
- Další komentáře
- Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
PA183 Projekt ze systémové biologie
Fakulta informatikypodzim 2021
- Rozsah
- 0/0/2. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
- Vyučující
- doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Matej Troják, Ph.D. (pomocník) - Garance
- doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Kontaktní osoba: doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky - Rozvrh
- Čt 16. 9. až Čt 9. 12. Čt 10:00–11:50 A418
- Předpoklady
- Předmět předpokládá základní znalosti z oblasti modelování a simulace dynamiky biologických systémů. Předchozí absolvování předmětů PB050 a PA054 je vítáno, nikoli však podmínkou. Studenti, kteří absolvovali laboratorní praktika PV225, mohou v tomto předmětu navázat na svá měření vytvořením relevantního počítačového modelu.
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
- Mateřské obory/plány
- předmět má 69 mateřských oborů, zobrazit
- Cíle předmětu
- Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
využít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
vytvořit počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu - Výstupy z učení
- Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
použít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
navrhnout počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu. - Osnova
- Shrnutí základních pojmů: in silico model, základní techniky modelování a analýzy biologických systémů.
- Výběr témat projektů: projekty z oblasti modelování buněčných procesů bakterií a rostlin, aplikace formálních a matematických metod.
- Realizace projektů: implementace podpůrných skriptů, provedení experimentů, tvorba závěrečné zprávy.
- Závěrečná presentace.
- Literatura
- doporučená literatura
- KLIPP, Edda. Systems biology in practice : concepts, implementation and application. Weinheim: Wiley-Vch, 2005, xix, 465. ISBN 3527310789. info
- Computational modeling of genetic and biochemical networks. Edited by James M. Bower - Hamid Bolouri. Cambridge: Bradford Book, 2001, xx, 336. ISBN 0262524236. info
- neurčeno
- KLIPP, Edda. Systems biology : a textbook. Weinheim: Wiley-VCH Verlag, 2009, xxi, 569. ISBN 9783527318742. info
- VRIES, Gerda de. A course in mathematical biology : quantitative modeling with mathematical and computational methods. Philadelphia, Pa.: Society for Industrial and Applied Mathematics, 2006, xii, 309. ISBN 0898716128. URL info
- ALON, Uri. An Introduction to Systems Biology: Design Principles of Biological Circuits. Chapman & Hall/Crc, 2006. info
- Výukové metody
- skupinové projekty, jejich presentace, diskuse
- Metody hodnocení
- závěrečná zpráva o projektu (v rozsahu 2 strany A4), ústní presentace výsledků
- Další komentáře
- Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
PA183 Projekt ze systémové biologie
Fakulta informatikypodzim 2020
- Rozsah
- 0/0/2. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
- Vyučující
- doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Matej Troják, Ph.D. (pomocník) - Garance
- doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Kontaktní osoba: doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky - Rozvrh
- Čt 12:00–13:50 A418
- Předpoklady
- Předmět předpokládá základní znalosti z oblasti modelování a simulace dynamiky biologických systémů. Předchozí absolvování předmětů PB050 a PA054 je vítáno, nikoli však podmínkou. Studenti, kteří absolvovali laboratorní praktika PV225, mohou v tomto předmětu navázat na svá měření vytvořením relevantního počítačového modelu.
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
- Mateřské obory/plány
- předmět má 69 mateřských oborů, zobrazit
- Cíle předmětu
- Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
využít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
vytvořit počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu - Výstupy z učení
- Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
použít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
navrhnout počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu. - Osnova
- Shrnutí základních pojmů: in silico model, základní techniky modelování a analýzy biologických systémů.
- Výběr témat projektů: projekty z oblasti modelování buněčných procesů bakterií a rostlin, aplikace formálních a matematických metod.
- Realizace projektů: implementace podpůrných skriptů, provedení experimentů, tvorba závěrečné zprávy.
- Závěrečná presentace.
- Literatura
- doporučená literatura
- KLIPP, Edda. Systems biology in practice : concepts, implementation and application. Weinheim: Wiley-Vch, 2005, xix, 465. ISBN 3527310789. info
- Computational modeling of genetic and biochemical networks. Edited by James M. Bower - Hamid Bolouri. Cambridge: Bradford Book, 2001, xx, 336. ISBN 0262524236. info
- neurčeno
- KLIPP, Edda. Systems biology : a textbook. Weinheim: Wiley-VCH Verlag, 2009, xxi, 569. ISBN 9783527318742. info
- VRIES, Gerda de. A course in mathematical biology : quantitative modeling with mathematical and computational methods. Philadelphia, Pa.: Society for Industrial and Applied Mathematics, 2006, xii, 309. ISBN 0898716128. URL info
- ALON, Uri. An Introduction to Systems Biology: Design Principles of Biological Circuits. Chapman & Hall/Crc, 2006. info
- Výukové metody
- skupinové projekty, jejich presentace, diskuse
- Metody hodnocení
- závěrečná zpráva o projektu (v rozsahu 2 strany A4), ústní presentace výsledků
- Další komentáře
- Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
PA183 Projekt ze systémové biologie
Fakulta informatikypodzim 2019
- Rozsah
- 0/0/2. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
- Vyučující
- doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Matej Troják, Ph.D. (pomocník) - Garance
- doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Kontaktní osoba: doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky - Rozvrh
- St 16:00–17:50 A418
- Předpoklady
- Předmět předpokládá základní znalosti z oblasti modelování a simulace dynamiky biologických systémů. Předchozí absolvování předmětů PB050 a PA054 je vítáno, nikoli však podmínkou. Studenti, kteří absolvovali laboratorní praktika PV225, mohou v tomto předmětu navázat na svá měření vytvořením relevantního počítačového modelu.
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
- Mateřské obory/plány
- předmět má 69 mateřských oborů, zobrazit
- Cíle předmětu
- Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
využít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
vytvořit počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu - Výstupy z učení
- Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
použít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
navrhnout počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu. - Osnova
- Shrnutí základních pojmů: in silico model, základní techniky modelování a analýzy biologických systémů.
- Výběr témat projektů: projekty z oblasti modelování buněčných procesů bakterií a rostlin, aplikace formálních a matematických metod.
- Realizace projektů: implementace podpůrných skriptů, provedení experimentů, tvorba závěrečné zprávy.
- Závěrečná presentace.
- Literatura
- doporučená literatura
- KLIPP, Edda. Systems biology in practice : concepts, implementation and application. Weinheim: Wiley-Vch, 2005, xix, 465. ISBN 3527310789. info
- Computational modeling of genetic and biochemical networks. Edited by James M. Bower - Hamid Bolouri. Cambridge: Bradford Book, 2001, xx, 336. ISBN 0262524236. info
- neurčeno
- KLIPP, Edda. Systems biology : a textbook. Weinheim: Wiley-VCH Verlag, 2009, xxi, 569. ISBN 9783527318742. info
- VRIES, Gerda de. A course in mathematical biology : quantitative modeling with mathematical and computational methods. Philadelphia, Pa.: Society for Industrial and Applied Mathematics, 2006, xii, 309. ISBN 0898716128. URL info
- ALON, Uri. An Introduction to Systems Biology: Design Principles of Biological Circuits. Chapman & Hall/Crc, 2006. info
- Výukové metody
- skupinové projekty, jejich presentace, diskuse
- Metody hodnocení
- závěrečná zpráva o projektu (v rozsahu 2 strany A4), ústní presentace výsledků
- Další komentáře
- Studijní materiály
Předmět je vyučován naposledy.
PA183 Projekt ze systémové biologie
Fakulta informatikypodzim 2018
- Rozsah
- 0/0/2. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
- Vyučující
- doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Matej Troják, Ph.D. (pomocník) - Garance
- doc. RNDr. Aleš Horák, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Kontaktní osoba: doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky - Předpoklady
- Předmět předpokládá základní znalosti z oblasti modelování a simulace dynamiky biologických systémů. Předchozí absolvování předmětů PB050 a PA054 je vítáno, nikoli však podmínkou. Studenti, kteří absolvovali laboratorní praktika PV225, mohou v tomto předmětu navázat na svá měření vytvořením relevantního počítačového modelu.
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
- Mateřské obory/plány
- předmět má 40 mateřských oborů, zobrazit
- Cíle předmětu
- Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
využít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
vytvořit počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu - Výstupy z učení
- Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
použít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
navrhnout počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu. - Osnova
- Shrnutí základních pojmů: in silico model, základní techniky modelování a analýzy biologických systémů.
- Výběr témat projektů: projekty z oblasti modelování buněčných procesů bakterií a rostlin, aplikace formálních a matematických metod.
- Realizace projektů: implementace podpůrných skriptů, provedení experimentů, tvorba závěrečné zprávy.
- Závěrečná presentace.
- Literatura
- doporučená literatura
- KLIPP, Edda. Systems biology in practice : concepts, implementation and application. Weinheim: Wiley-Vch, 2005, xix, 465. ISBN 3527310789. info
- Computational modeling of genetic and biochemical networks. Edited by James M. Bower - Hamid Bolouri. Cambridge: Bradford Book, 2001, xx, 336. ISBN 0262524236. info
- neurčeno
- KLIPP, Edda. Systems biology : a textbook. Weinheim: Wiley-VCH Verlag, 2009, xxi, 569. ISBN 9783527318742. info
- VRIES, Gerda de. A course in mathematical biology : quantitative modeling with mathematical and computational methods. Philadelphia, Pa.: Society for Industrial and Applied Mathematics, 2006, xii, 309. ISBN 0898716128. URL info
- ALON, Uri. An Introduction to Systems Biology: Design Principles of Biological Circuits. Chapman & Hall/Crc, 2006. info
- Výukové metody
- skupinové projekty, jejich presentace, diskuse
- Metody hodnocení
- závěrečná zpráva o projektu (v rozsahu 2 strany A4), ústní presentace výsledků
- Další komentáře
- Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
PA183 Projekt ze systémové biologie
Fakulta informatikypodzim 2017
- Rozsah
- 0/0/2. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
- Vyučující
- doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Matej Troják, Ph.D. (pomocník) - Garance
- doc. RNDr. Aleš Horák, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Kontaktní osoba: doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky - Rozvrh
- Po 17:00–19:50 A418
- Předpoklady
- Předmět předpokládá základní znalosti z oblasti modelování a simulace dynamiky biologických systémů. Předchozí absolvování předmětů PB050 a PA054 je vítáno, nikoli však podmínkou. Studenti, kteří absolvovali laboratorní praktika PV225, mohou v tomto předmětu navázat na svá měření vytvořením relevantního počítačového modelu.
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
- Mateřské obory/plány
- předmět má 40 mateřských oborů, zobrazit
- Cíle předmětu
- Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
využít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
vytvořit počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu - Výstupy z učení
- Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
použít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
navrhnout počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu. - Osnova
- Shrnutí základních pojmů: in silico model, základní techniky modelování a analýzy biologických systémů.
- Výběr témat projektů: projekty z oblasti modelování buněčných procesů bakterií a rostlin, aplikace formálních a matematických metod.
- Realizace projektů: implementace podpůrných skriptů, provedení experimentů, tvorba závěrečné zprávy.
- Závěrečná presentace.
- Literatura
- doporučená literatura
- KLIPP, Edda. Systems biology in practice : concepts, implementation and application. Weinheim: Wiley-Vch, 2005, xix, 465. ISBN 3527310789. info
- Computational modeling of genetic and biochemical networks. Edited by James M. Bower - Hamid Bolouri. Cambridge: Bradford Book, 2001, xx, 336. ISBN 0262524236. info
- neurčeno
- KLIPP, Edda. Systems biology : a textbook. Weinheim: Wiley-VCH Verlag, 2009, xxi, 569. ISBN 9783527318742. info
- VRIES, Gerda de. A course in mathematical biology : quantitative modeling with mathematical and computational methods. Philadelphia, Pa.: Society for Industrial and Applied Mathematics, 2006, xii, 309. ISBN 0898716128. URL info
- ALON, Uri. An Introduction to Systems Biology: Design Principles of Biological Circuits. Chapman & Hall/Crc, 2006. info
- Výukové metody
- skupinové projekty, jejich presentace, diskuse
- Metody hodnocení
- závěrečná zpráva o projektu (v rozsahu 2 strany A4), ústní presentace výsledků
- Další komentáře
- Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
PA183 Projekt ze systémové biologie
Fakulta informatikypodzim 2016
- Rozsah
- 0/0/2. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
- Vyučující
- doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Matej Troják, Ph.D. (pomocník) - Garance
- doc. RNDr. Aleš Horák, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Kontaktní osoba: doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky - Rozvrh seminárních/paralelních skupin
- PA183/OS01: Čt 14:00–16:50 A418, D. Šafránek
- Předpoklady
- Předmět předpokládá základní znalosti z oblasti modelování a simulace dynamiky biologických systémů. Předchozí absolvování předmětů PB050 a PA054 je vítáno, nikoli však podmínkou. Studenti, kteří absolvovali laboratorní praktika PV225, mohou v tomto předmětu navázat na svá měření vytvořením relevantního počítačového modelu.
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
- Mateřské obory/plány
- předmět má 40 mateřských oborů, zobrazit
- Cíle předmětu
- Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
využít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
vytvořit počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu - Osnova
- Shrnutí základních pojmů: in silico model, základní techniky modelování a analýzy biologických systémů.
- Výběr témat projektů: projekty z oblasti modelování buněčných procesů bakterií a rostlin, aplikace formálních a matematických metod.
- Realizace projektů: implementace podpůrných skriptů, provedení experimentů, tvorba závěrečné zprávy.
- Závěrečná presentace.
- Literatura
- doporučená literatura
- KLIPP, Edda. Systems biology in practice : concepts, implementation and application. Weinheim: Wiley-Vch, 2005, xix, 465. ISBN 3527310789. info
- Computational modeling of genetic and biochemical networks. Edited by James M. Bower - Hamid Bolouri. Cambridge: Bradford Book, 2001, xx, 336. ISBN 0262524236. info
- neurčeno
- KLIPP, Edda. Systems biology : a textbook. Weinheim: Wiley-VCH Verlag, 2009, xxi, 569. ISBN 9783527318742. info
- VRIES, Gerda de. A course in mathematical biology : quantitative modeling with mathematical and computational methods. Philadelphia, Pa.: Society for Industrial and Applied Mathematics, 2006, xii, 309. ISBN 0898716128. URL info
- ALON, Uri. An Introduction to Systems Biology: Design Principles of Biological Circuits. Chapman & Hall/Crc, 2006. info
- Výukové metody
- skupinové projekty, jejich presentace, diskuse
- Metody hodnocení
- závěrečná zpráva o projektu (v rozsahu 2 strany A4), ústní presentace výsledků
- Další komentáře
- Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
PA183 Projekt ze systémové biologie
Fakulta informatikypodzim 2015
- Rozsah
- 0/0/2. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
- Vyučující
- doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. (přednášející)
- Garance
- doc. RNDr. Aleš Horák, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Kontaktní osoba: doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky - Rozvrh seminárních/paralelních skupin
- PA183/OS01: Čt 16:00–17:50 A418, D. Šafránek
- Předpoklady
- Předmět předpokládá základní znalosti z oblasti modelování a simulace dynamiky biologických systémů. Předchozí absolvování předmětů PB050 a PA054 je vítáno, nikoli však podmínkou. Studenti, kteří absolvovali laboratorní praktika PV225, mohou v tomto předmětu navázat na svá měření vytvořením relevantního počítačového modelu.
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
- Mateřské obory/plány
- předmět má 40 mateřských oborů, zobrazit
- Cíle předmětu
- Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
využít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
vytvořit počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu - Osnova
- Shrnutí základních pojmů: in silico model, základní techniky modelování a analýzy biologických systémů.
- Výběr témat projektů: projekty z oblasti modelování buněčných procesů bakterií a rostlin, aplikace formálních a matematických metod.
- Realizace projektů: implementace podpůrných skriptů, provedení experimentů, tvorba závěrečné zprávy.
- Závěrečná presentace.
- Literatura
- doporučená literatura
- KLIPP, Edda. Systems biology in practice : concepts, implementation and application. Weinheim: Wiley-Vch, 2005, xix, 465. ISBN 3527310789. info
- Computational modeling of genetic and biochemical networks. Edited by James M. Bower - Hamid Bolouri. Cambridge: Bradford Book, 2001, xx, 336. ISBN 0262524236. info
- neurčeno
- KLIPP, Edda. Systems biology : a textbook. Weinheim: Wiley-VCH Verlag, 2009, xxi, 569. ISBN 9783527318742. info
- VRIES, Gerda de. A course in mathematical biology : quantitative modeling with mathematical and computational methods. Philadelphia, Pa.: Society for Industrial and Applied Mathematics, 2006, xii, 309. ISBN 0898716128. URL info
- ALON, Uri. An Introduction to Systems Biology: Design Principles of Biological Circuits. Chapman & Hall/Crc, 2006. info
- Výukové metody
- skupinové projekty, jejich presentace, diskuse
- Metody hodnocení
- závěrečná zpráva o projektu (v rozsahu 2 strany A4), ústní presentace výsledků
- Další komentáře
- Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
PA183 Projekt ze systémové biologie
Fakulta informatikypodzim 2014
- Rozsah
- 0/0/2. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
- Vyučující
- doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. (přednášející)
- Garance
- prof. Ing. Václav Přenosil, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Kontaktní osoba: doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky - Rozvrh seminárních/paralelních skupin
- PA183/OS01: St 16:00–17:50 A418, D. Šafránek
- Předpoklady
- Předmět předpokládá základní znalosti z oblasti modelování a simulace dynamiky biologických systémů. Předchozí absolvování předmětů PB050 a PA054 je vítáno, nikoli však podmínkou. Studenti, kteří absolvovali laboratorní praktika PV225, mohou v tomto předmětu navázat na svá měření vytvořením relevantního počítačového modelu.
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
- Mateřské obory/plány
- předmět má 39 mateřských oborů, zobrazit
- Cíle předmětu
- Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
využít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
vytvořit počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu - Osnova
- Shrnutí základních pojmů: in silico model, základní techniky modelování a analýzy biologických systémů.
- Výběr témat projektů: projekty z oblasti modelování buněčných procesů bakterií a rostlin, aplikace formálních a matematických metod.
- Realizace projektů: implementace podpůrných skriptů, provedení experimentů, tvorba závěrečné zprávy.
- Závěrečná presentace.
- Literatura
- doporučená literatura
- KLIPP, Edda. Systems biology in practice : concepts, implementation and application. Weinheim: Wiley-Vch, 2005, xix, 465. ISBN 3527310789. info
- Computational modeling of genetic and biochemical networks. Edited by James M. Bower - Hamid Bolouri. Cambridge: Bradford Book, 2001, xx, 336. ISBN 0262524236. info
- neurčeno
- KLIPP, Edda. Systems biology : a textbook. Weinheim: Wiley-VCH Verlag, 2009, xxi, 569. ISBN 9783527318742. info
- VRIES, Gerda de. A course in mathematical biology : quantitative modeling with mathematical and computational methods. Philadelphia, Pa.: Society for Industrial and Applied Mathematics, 2006, xii, 309. ISBN 0898716128. URL info
- ALON, Uri. An Introduction to Systems Biology: Design Principles of Biological Circuits. Chapman & Hall/Crc, 2006. info
- Výukové metody
- skupinové projekty, jejich presentace, diskuse
- Metody hodnocení
- závěrečná zpráva o projektu (v rozsahu 2 strany A4), ústní presentace výsledků
- Další komentáře
- Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
PA183 Projekt ze systémové biologie
Fakulta informatikypodzim 2013
- Rozsah
- 0/0/2. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
- Vyučující
- doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. (přednášející)
- Garance
- prof. Ing. Václav Přenosil, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Kontaktní osoba: doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky - Rozvrh seminárních/paralelních skupin
- PA183/OS01: Čt 16:00–17:50 C516, D. Šafránek
- Předpoklady
- Předmět předpokládá základní znalosti z oblasti modelování a simulace dynamiky biologických systémů. Předchozí absolvování předmětů PB050 a PA054 je vítáno, nikoli však podmínkou. Studenti, kteří absolvovali laboratorní praktika PV225, mohou v tomto předmětu navázat na svá měření vytvořením relevantního počítačového modelu.
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
- Mateřské obory/plány
- předmět má 39 mateřských oborů, zobrazit
- Cíle předmětu
- Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
využít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
vytvořit počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu - Osnova
- Shrnutí základních pojmů: in silico model, základní techniky modelování a analýzy biologických systémů.
- Výběr témat projektů: projekty z oblasti modelování buněčných procesů bakterií a rostlin, aplikace formálních a matematických metod.
- Realizace projektů: implementace podpůrných skriptů, provedení experimentů, tvorba závěrečné zprávy.
- Závěrečná presentace.
- Literatura
- doporučená literatura
- KLIPP, Edda. Systems biology in practice : concepts, implementation and application. Weinheim: Wiley-Vch, 2005, xix, 465. ISBN 3527310789. info
- Computational modeling of genetic and biochemical networks. Edited by James M. Bower - Hamid Bolouri. Cambridge: Bradford Book, 2001, xx, 336. ISBN 0262524236. info
- neurčeno
- KLIPP, Edda. Systems biology : a textbook. Weinheim: Wiley-VCH Verlag, 2009, xxi, 569. ISBN 9783527318742. info
- VRIES, Gerda de. A course in mathematical biology : quantitative modeling with mathematical and computational methods. Philadelphia, Pa.: Society for Industrial and Applied Mathematics, 2006, xii, 309. ISBN 0898716128. URL info
- ALON, Uri. An Introduction to Systems Biology: Design Principles of Biological Circuits. Chapman & Hall/Crc, 2006. info
- Výukové metody
- skupinové projekty, jejich presentace, diskuse
- Metody hodnocení
- závěrečná zpráva o projektu (v rozsahu 2 strany A4), ústní presentace výsledků
- Další komentáře
- Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
PA183 Projekt ze systémové biologie
Fakulta informatikypodzim 2012
- Rozsah
- 2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
- Vyučující
- doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. (přednášející)
- Garance
- prof. Ing. Václav Přenosil, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Kontaktní osoba: doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky - Rozvrh
- Pá 12:00–13:50 C516
- Předpoklady
- Předmět předpokládá základní znalosti z oblasti modelování a simulace dynamiky biologických systémů. Předchozí absolvování předmětů PB050 a PA054 je vítáno, nikoli však podmínkou. Studenti, kteří absolvovali laboratorní praktika PV225, mohou v tomto předmětu navázat na svá měření vytvořením relevantního počítačového modelu.
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
- Mateřské obory/plány
- předmět má 42 mateřských oborů, zobrazit
- Cíle předmětu
- Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
využít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
vytvořit počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu - Osnova
- Shrnutí základních pojmů: in silico model, základní techniky modelování a analýzy biologických systémů.
- Výběr témat projektů: projekty z oblasti modelování buněčných procesů bakterií a rostlin, aplikace formálních a matematických metod.
- Realizace projektů: implementace podpůrných skriptů, provedení experimentů, tvorba závěrečné zprávy.
- Závěrečná presentace.
- Literatura
- doporučená literatura
- KLIPP, Edda. Systems biology in practice : concepts, implementation and application. Weinheim: Wiley-Vch, 2005, xix, 465. ISBN 3527310789. info
- Computational modeling of genetic and biochemical networks. Edited by James M. Bower - Hamid Bolouri. Cambridge: Bradford Book, 2001, xx, 336. ISBN 0262524236. info
- neurčeno
- KLIPP, Edda. Systems biology : a textbook. Weinheim: Wiley-VCH Verlag, 2009, xxi, 569. ISBN 9783527318742. info
- VRIES, Gerda de. A course in mathematical biology : quantitative modeling with mathematical and computational methods. Philadelphia, Pa.: Society for Industrial and Applied Mathematics, 2006, xii, 309. ISBN 0898716128. URL info
- ALON, Uri. An Introduction to Systems Biology: Design Principles of Biological Circuits. Chapman & Hall/Crc, 2006. info
- Výukové metody
- skupinové projekty, jejich presentace, diskuse
- Metody hodnocení
- závěrečná zpráva o projektu (v rozsahu 2 strany A4), ústní presentace výsledků
- Další komentáře
- Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
PA183 Projekt ze systémové biologie
Fakulta informatikyjaro 2012
- Rozsah
- 2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
- Vyučující
- doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. (přednášející)
- Garance
- prof. Ing. Václav Přenosil, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Kontaktní osoba: doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky - Rozvrh
- Út 16:00–17:40 C516
- Předpoklady
- Předmět předpokládá základní znalosti z oblasti modelování a simulace dynamiky biologických systémů. Předchozí absolvování předmětů PB050 a PA054 je vítáno, nikoli však podmínkou. Studenti, kteří absolvovali laboratorní praktika PV225, mohou v tomto předmětu navázat na svá měření vytvořením relevantního počítačového modelu.
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
- Mateřské obory/plány
- předmět má 42 mateřských oborů, zobrazit
- Cíle předmětu
- Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
využít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
vytvořit počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu - Osnova
- Shrnutí základních pojmů: in silico model, základní techniky modelování a analýzy biologických systémů.
- Výběr témat projektů: projekty z oblasti modelování buněčných procesů bakterií a rostlin, aplikace formálních a matematických metod.
- Realizace projektů: implementace podpůrných skriptů, provedení experimentů, tvorba závěrečné zprávy.
- Závěrečná presentace.
- Literatura
- doporučená literatura
- KLIPP, Edda. Systems biology in practice : concepts, implementation and application. Weinheim: Wiley-Vch, 2005, xix, 465. ISBN 3527310789. info
- Computational modeling of genetic and biochemical networks. Edited by James M. Bower - Hamid Bolouri. Cambridge: Bradford Book, 2001, xx, 336. ISBN 0262524236. info
- neurčeno
- KLIPP, Edda. Systems biology : a textbook. Weinheim: Wiley-VCH Verlag, 2009, xxi, 569. ISBN 9783527318742. info
- VRIES, Gerda de. A course in mathematical biology : quantitative modeling with mathematical and computational methods. Philadelphia, Pa.: Society for Industrial and Applied Mathematics, 2006, xii, 309. ISBN 0898716128. URL info
- ALON, Uri. An Introduction to Systems Biology: Design Principles of Biological Circuits. Chapman & Hall/Crc, 2006. info
- Výukové metody
- skupinové projekty, jejich presentace, diskuse
- Metody hodnocení
- závěrečná zpráva o projektu (v rozsahu 2 strany A4), ústní presentace výsledků
- Další komentáře
- Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
PA183 Projekt ze systémové biologie
Fakulta informatikyjaro 2011
- Rozsah
- 2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
- Vyučující
- doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. (přednášející)
- Garance
- prof. Ing. Václav Přenosil, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Kontaktní osoba: doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. - Rozvrh
- Pá 12:00–13:50 C518
- Předpoklady
- Předmět předpokládá základní znalosti z oblasti modelování a simulace dynamiky biologických systémů. Předchozí absolvování předmětů PB050 a PA054 je vítáno, nikoli však podmínkou. Studenti, kteří absolvovali laboratorní praktika PV225, mohou v tomto předmětu navázat na svá měření vytvořením relevantního počítačového modelu.
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
- Mateřské obory/plány
- předmět má 40 mateřských oborů, zobrazit
- Cíle předmětu
- Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
využít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
vytvořit počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu - Osnova
- Shrnutí základních pojmů: in silico model, základní techniky modelování a analýzy biologických systémů.
- Výběr témat projektů: projekty z oblasti modelování buněčných procesů bakterií a rostlin, aplikace formálních a matematických metod.
- Realizace projektů: implementace podpůrných skriptů, provedení experimentů, tvorba závěrečné zprávy.
- Závěrečná presentace.
- Literatura
- doporučená literatura
- KLIPP, Edda. Systems biology in practice : concepts, implementation and application. Weinheim: Wiley-Vch, 2005, xix, 465. ISBN 3527310789. info
- Computational modeling of genetic and biochemical networks. Edited by James M. Bower - Hamid Bolouri. Cambridge: Bradford Book, 2001, xx, 336. ISBN 0262524236. info
- neurčeno
- KLIPP, Edda. Systems biology : a textbook. Weinheim: Wiley-VCH Verlag, 2009, xxi, 569. ISBN 9783527318742. info
- VRIES, Gerda de. A course in mathematical biology : quantitative modeling with mathematical and computational methods. Philadelphia, Pa.: Society for Industrial and Applied Mathematics, 2006, xii, 309. ISBN 0898716128. URL info
- ALON, Uri. An Introduction to Systems Biology: Design Principles of Biological Circuits. Chapman & Hall/Crc, 2006. info
- Výukové metody
- skupinové projekty, jejich presentace, diskuse
- Metody hodnocení
- závěrečná zpráva o projektu (v rozsahu 2 strany A4), ústní presentace výsledků
- Další komentáře
- Předmět je vyučován každoročně.
PA183 Projekt ze systémové biologie
Fakulta informatikyjaro 2010
- Rozsah
- 2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k.
- Vyučující
- doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. (přednášející)
- Garance
- prof. Ing. Václav Přenosil, CSc.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Kontaktní osoba: doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D. - Rozvrh
- Pá 12:00–13:50 B411
- Předpoklady
- Předmět předpokládá základní znalosti z oblasti modelování a simulace dynamiky biologických systémů. Předchozí absolvování předmětů PB050 a PA054 je vítáno, nikoli však podmínkou. Studenti, kteří absolvovali laboratorní praktika PV225, mohou v tomto předmětu navázat na svá měření vytvořením relevantního počítačového modelu.
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
- Mateřské obory/plány
- předmět má 40 mateřských oborů, zobrazit
- Cíle předmětu
- Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
využít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
vytvořit počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu - Osnova
- Shrnutí základních pojmů
- Zadání témat projektů
- Realizace projektů
- Závěrečná presentace
- Literatura
- Výukové metody
- skupinové projekty, jejich presentace, diskuse
- Metody hodnocení
- závěrečná zpráva o projektu (v rozsahu 2 strany A4), ústní presentace výsledků
- Další komentáře
- Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
PA183 Projekt ze systémové biologie
Fakulta informatikyjaro 2023
Předmět se v období jaro 2023 nevypisuje.
- Rozsah
- 0/0/2. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
- Vyučující
- doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Matej Troják, Ph.D. (pomocník) - Garance
- doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Kontaktní osoba: doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky - Předpoklady
- Předmět předpokládá základní znalosti z oblasti modelování a simulace dynamiky biologických systémů. Předchozí absolvování předmětů PB050 a PA054 je vítáno, nikoli však podmínkou. Studenti, kteří absolvovali laboratorní praktika PV225, mohou v tomto předmětu navázat na svá měření vytvořením relevantního počítačového modelu.
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
- Mateřské obory/plány
- předmět má 69 mateřských oborů, zobrazit
- Cíle předmětu
- Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
využít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
vytvořit počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu - Výstupy z učení
- Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
použít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
navrhnout počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu. - Osnova
- Shrnutí základních pojmů: in silico model, základní techniky modelování a analýzy biologických systémů.
- Výběr témat projektů: projekty z oblasti modelování buněčných procesů bakterií a rostlin, aplikace formálních a matematických metod.
- Realizace projektů: implementace podpůrných skriptů, provedení experimentů, tvorba závěrečné zprávy.
- Závěrečná presentace.
- Literatura
- doporučená literatura
- KLIPP, Edda. Systems biology in practice : concepts, implementation and application. Weinheim: Wiley-Vch, 2005, xix, 465. ISBN 3527310789. info
- Computational modeling of genetic and biochemical networks. Edited by James M. Bower - Hamid Bolouri. Cambridge: Bradford Book, 2001, xx, 336. ISBN 0262524236. info
- neurčeno
- KLIPP, Edda. Systems biology : a textbook. Weinheim: Wiley-VCH Verlag, 2009, xxi, 569. ISBN 9783527318742. info
- VRIES, Gerda de. A course in mathematical biology : quantitative modeling with mathematical and computational methods. Philadelphia, Pa.: Society for Industrial and Applied Mathematics, 2006, xii, 309. ISBN 0898716128. URL info
- ALON, Uri. An Introduction to Systems Biology: Design Principles of Biological Circuits. Chapman & Hall/Crc, 2006. info
- Výukové metody
- skupinové projekty, jejich presentace, diskuse
- Metody hodnocení
- závěrečná zpráva o projektu (v rozsahu 2 strany A4), ústní presentace výsledků
- Další komentáře
- Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
PA183 Projekt ze systémové biologie
Fakulta informatikyjaro 2022
Předmět se v období jaro 2022 nevypisuje.
- Rozsah
- 0/0/2. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
- Vyučující
- doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Matej Troják, Ph.D. (pomocník) - Garance
- doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Kontaktní osoba: doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky - Předpoklady
- Předmět předpokládá základní znalosti z oblasti modelování a simulace dynamiky biologických systémů. Předchozí absolvování předmětů PB050 a PA054 je vítáno, nikoli však podmínkou. Studenti, kteří absolvovali laboratorní praktika PV225, mohou v tomto předmětu navázat na svá měření vytvořením relevantního počítačového modelu.
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
- Mateřské obory/plány
- předmět má 69 mateřských oborů, zobrazit
- Cíle předmětu
- Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
využít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
vytvořit počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu - Výstupy z učení
- Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
použít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
navrhnout počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu. - Osnova
- Shrnutí základních pojmů: in silico model, základní techniky modelování a analýzy biologických systémů.
- Výběr témat projektů: projekty z oblasti modelování buněčných procesů bakterií a rostlin, aplikace formálních a matematických metod.
- Realizace projektů: implementace podpůrných skriptů, provedení experimentů, tvorba závěrečné zprávy.
- Závěrečná presentace.
- Literatura
- doporučená literatura
- KLIPP, Edda. Systems biology in practice : concepts, implementation and application. Weinheim: Wiley-Vch, 2005, xix, 465. ISBN 3527310789. info
- Computational modeling of genetic and biochemical networks. Edited by James M. Bower - Hamid Bolouri. Cambridge: Bradford Book, 2001, xx, 336. ISBN 0262524236. info
- neurčeno
- KLIPP, Edda. Systems biology : a textbook. Weinheim: Wiley-VCH Verlag, 2009, xxi, 569. ISBN 9783527318742. info
- VRIES, Gerda de. A course in mathematical biology : quantitative modeling with mathematical and computational methods. Philadelphia, Pa.: Society for Industrial and Applied Mathematics, 2006, xii, 309. ISBN 0898716128. URL info
- ALON, Uri. An Introduction to Systems Biology: Design Principles of Biological Circuits. Chapman & Hall/Crc, 2006. info
- Výukové metody
- skupinové projekty, jejich presentace, diskuse
- Metody hodnocení
- závěrečná zpráva o projektu (v rozsahu 2 strany A4), ústní presentace výsledků
- Další komentáře
- Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
PA183 Projekt ze systémové biologie
Fakulta informatikyjaro 2021
Předmět se v období jaro 2021 nevypisuje.
- Rozsah
- 0/0/2. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
- Vyučující
- doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Matej Troják, Ph.D. (pomocník) - Garance
- doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Kontaktní osoba: doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky - Předpoklady
- Předmět předpokládá základní znalosti z oblasti modelování a simulace dynamiky biologických systémů. Předchozí absolvování předmětů PB050 a PA054 je vítáno, nikoli však podmínkou. Studenti, kteří absolvovali laboratorní praktika PV225, mohou v tomto předmětu navázat na svá měření vytvořením relevantního počítačového modelu.
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
- Mateřské obory/plány
- předmět má 69 mateřských oborů, zobrazit
- Cíle předmětu
- Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
využít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
vytvořit počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu - Výstupy z učení
- Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
použít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
navrhnout počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu. - Osnova
- Shrnutí základních pojmů: in silico model, základní techniky modelování a analýzy biologických systémů.
- Výběr témat projektů: projekty z oblasti modelování buněčných procesů bakterií a rostlin, aplikace formálních a matematických metod.
- Realizace projektů: implementace podpůrných skriptů, provedení experimentů, tvorba závěrečné zprávy.
- Závěrečná presentace.
- Literatura
- doporučená literatura
- KLIPP, Edda. Systems biology in practice : concepts, implementation and application. Weinheim: Wiley-Vch, 2005, xix, 465. ISBN 3527310789. info
- Computational modeling of genetic and biochemical networks. Edited by James M. Bower - Hamid Bolouri. Cambridge: Bradford Book, 2001, xx, 336. ISBN 0262524236. info
- neurčeno
- KLIPP, Edda. Systems biology : a textbook. Weinheim: Wiley-VCH Verlag, 2009, xxi, 569. ISBN 9783527318742. info
- VRIES, Gerda de. A course in mathematical biology : quantitative modeling with mathematical and computational methods. Philadelphia, Pa.: Society for Industrial and Applied Mathematics, 2006, xii, 309. ISBN 0898716128. URL info
- ALON, Uri. An Introduction to Systems Biology: Design Principles of Biological Circuits. Chapman & Hall/Crc, 2006. info
- Výukové metody
- skupinové projekty, jejich presentace, diskuse
- Metody hodnocení
- závěrečná zpráva o projektu (v rozsahu 2 strany A4), ústní presentace výsledků
- Další komentáře
- Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
PA183 Projekt ze systémové biologie
Fakulta informatikyjaro 2020
Předmět se v období jaro 2020 nevypisuje.
- Rozsah
- 0/0/2. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
- Vyučující
- doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Matej Troják, Ph.D. (pomocník) - Garance
- doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D.
Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky
Kontaktní osoba: doc. Ing. Matej Lexa, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Katedra strojového učení a zpracování dat – Fakulta informatiky - Předpoklady
- Předmět předpokládá základní znalosti z oblasti modelování a simulace dynamiky biologických systémů. Předchozí absolvování předmětů PB050 a PA054 je vítáno, nikoli však podmínkou. Studenti, kteří absolvovali laboratorní praktika PV225, mohou v tomto předmětu navázat na svá měření vytvořením relevantního počítačového modelu.
- Omezení zápisu do předmětu
- Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
- Mateřské obory/plány
- předmět má 69 mateřských oborů, zobrazit
- Cíle předmětu
- Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
využít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
vytvořit počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu - Výstupy z učení
- Na konci tohoto kurzu bude student schopen:
použít veřejně dostupných biologických dat pro vytvoření počítačového modelu;
navrhnout počítačový model biologického systému;
aplikovat metody výpočetní systémové biologie za účelem provedení analýzy modelu;
vyvozovat hypotézy o modelovaném biologickém systému na základě analýzy modelu. - Osnova
- Shrnutí základních pojmů: in silico model, základní techniky modelování a analýzy biologických systémů.
- Výběr témat projektů: projekty z oblasti modelování buněčných procesů bakterií a rostlin, aplikace formálních a matematických metod.
- Realizace projektů: implementace podpůrných skriptů, provedení experimentů, tvorba závěrečné zprávy.
- Závěrečná presentace.
- Literatura
- doporučená literatura
- KLIPP, Edda. Systems biology in practice : concepts, implementation and application. Weinheim: Wiley-Vch, 2005, xix, 465. ISBN 3527310789. info
- Computational modeling of genetic and biochemical networks. Edited by James M. Bower - Hamid Bolouri. Cambridge: Bradford Book, 2001, xx, 336. ISBN 0262524236. info
- neurčeno
- KLIPP, Edda. Systems biology : a textbook. Weinheim: Wiley-VCH Verlag, 2009, xxi, 569. ISBN 9783527318742. info
- VRIES, Gerda de. A course in mathematical biology : quantitative modeling with mathematical and computational methods. Philadelphia, Pa.: Society for Industrial and Applied Mathematics, 2006, xii, 309. ISBN 0898716128. URL info
- ALON, Uri. An Introduction to Systems Biology: Design Principles of Biological Circuits. Chapman & Hall/Crc, 2006. info
- Výukové metody
- skupinové projekty, jejich presentace, diskuse
- Metody hodnocení
- závěrečná zpráva o projektu (v rozsahu 2 strany A4), ústní presentace výsledků
- Další komentáře
- Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
- Statistika zápisu (nejnovější)