MIAM021c Data Management and Analysis for Medical branches - practice

Faculty of Medicine
Spring 2014
Extent and Intensity
0/1. 1 credit(s). Type of Completion: z (credit).
Teacher(s)
RNDr. Jiří Jarkovský, Ph.D. (seminar tutor)
RNDr. Denisa Krejčí (seminar tutor)
Mgr. et Mgr. Jiří Kalina, Ph.D. (seminar tutor)
RNDr. Danka Haruštiaková, Ph.D. (seminar tutor)
Michaela Gregorovičová (assistant)
Bc. Tereza Polzer, DiS. (assistant)
Guaranteed by
prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D.
Institute of Biostatistics and Analyses - Other Departments for Educational and Scientific Research Activities - Faculty of Medicine
Contact Person: Bc. Tereza Polzer, DiS.
Supplier department: Institute of Biostatistics and Analyses - Other Departments for Educational and Scientific Research Activities - Faculty of Medicine
Timetable
Mon 17. 2. to Tue 22. 4. Tue 12:00–14:30 A1/609 - IBA (A1,6.p, Kamenice 3)
Prerequisites (in Czech)
MIVO011p Nursing research - lecture
Předpokladem je pouze základní zkušenosti s prací na PC.
Course Enrolment Limitations
The course is also offered to the students of the fields other than those the course is directly associated with.
fields of study / plans the course is directly associated with
Course objectives
The course is oriented on practical basics of data analysis and information technologies application in medicine. Highlighted topics are related to management of data of clinical trials and data storage in hospitals. The data analysis presented during the lectures goes from the descriptive statistics through principles of statistical testing, selected statistical tests for continuous and categorical data to basics of regression modeling and power analysis. All methods are presented using practical examples and common software (Statistica for Windows, SPSS). The subject provides basic knowledge a skills about computer's network. Main objectives can be summarized as follows: to understand the network terminology; to connect personal computer to Internet; to use network services; to reduce risk of lost of data or secret information.
Syllabus (in Czech)
  • Semináře
  • 1.týden Příprava dat k analýze. Grafické nástroje. Transformace dat. Kontrola kvality dat, vyhledání odlehlých hodnot, využití počítačové techniky.
  • 2.týden Statistické testy používané při hodnocení diagnostických testů: diskriminační analýza, typologie subjektů hodnocení, ROC analýza, sensitivita a specificita testů.
  • 3.týden Základy analýzy přežití.
  • 4.týden Základy analýzy epidemiologických dat a hodnocení populačních rizik.
  • 5.týden Standardizace epidemiologických dat, analýza dlouhodobých trendů, prediktivní analýzy.
  • 6. týden Uživatelův přístup k počítači, jeho profile, lokální data. Operační systém. Typy operačních systémů, chráněný a nechráněný přístup. Síť -přenos informací. Přenos dat, vzdálené přihlašování a práce ve vzdáleném uzlu, elektronická pošta, sdílení periferií. Spojování počítačů. Nízkorychlostní periferií (RS-232C). Síťové periferie.
  • 7.týden Informační servery. WWW - URL, html, čtenář, autor. Síťové informační systémy, databázové zpracování. Autorizace v sítích.
  • 8.týden Digitalizace dat - role datového managera v klinickém hodnocení a praxi, existující normy. Kontrola vstupních dat: logické vazby, opakované zadávání.
  • 9.týden Ochrana osobních údajů, legislativní aspekty zdravotnické informatiky.
  • 10.týden Organizace studií: Komunikace se SÚKL, dokumentace. Pojištění KHL. Žádost o povolení/ohlášení, dodatky, výroční zpráva, předčasné ukončení, závěrečná zpráva.
  • 11.týden Analýza dat v KHL. Design KHL Paralelní uspořádání. Cross-over a faktoriální design. Fáze I-IV.
  • 12.týden Analýza dat Statistické minimum: Typy dat v KHL. Prezentace dat (deskriptivní statistika). Princip testování hypotéz v KHL.
  • 13.týden Optimalizace velikosti vzorku Faktory ovlivňující velikost vzorku.
  • 14.týden Základní vzorce. Softwarové nástroje. Aplikovaná analýza dat v KHL. Protokol. Průběh KHL - správa dat. souhrnná zpráva o KHL
  • 15.týden Řešení problémových situací – příprava pro diplomovou práci
Literature
    required literature
  • ALTMAN, Douglas G. Practical statistics for medical research. 1st ed. Boca Raton: Chapmann & Hall/CRC, 1991. xii, 611. ISBN 0412276305. info
  • HAVRÁNEK, Tomáš. Statistika pro biologické a lékařské vědy. 1. vyd. Praha: Academia, 1993. 476 s. ISBN 8020000801. info
  • MELOUN, Milan and Jiří MILITKÝ. Statistické zpracování experimentálních dat. [1. vyd.]. Praha: Plus, 1994. 839 s. ISBN 80-85297-56-6. info
  • ZAR, Jerrold H. Biostatistical analysis. 4th ed. Upper Saddle River, N.J.: Prentice Hall, 1999. [941] s. ISBN 013081542X. info
  • CHOW, Shein-Chung and Jen-Pei LIU. Design and analysis of clinical trials : concepts and methodologies. 2nd ed. Hoboken, N.J.: Wiley-Interscience, 2004. xiii, 729. ISBN 0471249858. info
  • MCFADDEN, Eleanor. Management of data in clinical trials. 1st ed. New York: John Wiley & Sons, 1998. xi, 210. ISBN 047130316X. info
  • Clinical trials : design, conduct, and analysis. Edited by Curtis L. Meinert - Susan Tonascia. [1st ed.]. New York: Oxford University Press, 1986. xxvi, 469. ISBN 0195035682. info
  • Norleans M. X. Statistical methods for clinical trials. Marcel Dekker. 2001. 257 pp.
  • Předpis 472/2000 Sb., Vyhláška Ministerstva zdravotnictví a Ministerstva zemědělství, kterou se stanoví správná klinická praxe a bližší podmínky klinického hodnocení léčiv
  • MCFADDEN, Eleanor. Management of data in clinical trials. 1st ed. New York: John Wiley & Sons, 1998. xi, 210. ISBN 047130316X. info
  • Předpis 101/2000 Sb., Zákon o ochraně osobních údajů a o změně některých zákonů
  • POCOCK, Stuart J. Clinical trials : a practical approach. Chichester: John Wiley & Sons, 1999. xii, 266. ISBN 0471901555. info
Teaching methods
Theoretical lectures supplemented by commented examples; students are encouraged to ask quaetions about discussed topics.
Assessment methods
Course is finished by written exam (colloquium) aimed on principles, prerequisties and correct selection of methods for solution of practical examples.
Language of instruction
Czech
Listed among pre-requisites of other courses
The course is also listed under the following terms Spring 2012, Spring 2013, Spring 2015.
  • Enrolment Statistics (Spring 2014, recent)
  • Permalink: https://is.muni.cz/course/med/spring2014/MIAM021c