Bi1051 Úvod do matematické biologie a biomedicíny II

Přírodovědecká fakulta
jaro 2020
Rozsah
1/0/0. 1 kr. Ukončení: z.
Vyučující
prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Jiří Jarkovský, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Tomáš Pavlík, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Eva Budinská, Ph.D. (přednášející)
Garance
RNDr. Tomáš Pavlík, Ph.D.
RECETOX - Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. Eva Budinská, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: RECETOX - Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Po 12:00–13:50 A1/609 - IBA (A1,6.p, Kamenice 3)
Předpoklady
Nejsou - jde o základní kurz. Předmět navazuje na Úvod do matematické biologie a biomedicíny I.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Seznámit studenty s náplní oboru matematická biologie a biomedicína se zaměřením na specializaci Biomedicínská bioinformatika. Podrobněji studenty seznámit s vybranými tématy oboru zejména pomocí příkladů a základů jejich teorie.
Výstupy z učení
Student po absolvování předmětu:
- získá základní informace o struktuře studijního programu, o jednotlivých předmětech a jejich návaznostech,
- bude schopen definovat oblast zájmu matematické a výpočetní biologie,
- bude se orientovat v základních pojmech praktické analýzy dat molekulárně-biologických experimentů a jejích potenciálních limitacích,
- orientovat se v tématických oblastech, kterým se matematický biolog může věnovat v rámci své bakalářské práce.
Osnova
  • 1. Seznámení s garantujícím pracovištěm a studijním plánem Biomedicínská bioinformatika.
  • 2. Matematika, biologie, matematická biologie, biomedicína, bioinformatika.
  • 3. Design molekulárně-biologických experimentů, genomika a proteomika, aktuální technologie a zdroje vysokohustotních genomických a proteomických dat.
  • 4. Základní otázky, na které lze odpovědět studiem dat z molekulárně-biologických experimentů.
  • 5. Metody analýzy dat z molekulárně-biologických experimentů v porovnání a objevování skupin, klasifikaci a analýze přežití.
  • 6. Analýza sekvencí DNA.
  • 7. Analýza genomických a proteomických dat.
Literatura
  • DUŠEK, Ladislav, Jiří HŘEBÍČEK a Jiří JARKOVSKÝ. Proceedings of 1st International Summer School on Computational Biology. Brno: Masaryk University Press, 2005. 200 s. Proceedings of 1st International Summer School. ISBN 80-210-3907-8. info
  • BUDINSKA, Eva, Otakar FOJT a Ladislav DUŠEK. Bioinformatics in Genomics and Proteomics Data. 2009. URL info
  • BUDINSKA, Eva a Zbyněk BORTLÍČEK. E-learning in genomic and proteomic data analysis. 2009. URL info
  • Bioinformatics and computational biology solutions using R and bioconductor. Edited by Robert Gentleman. New York: Springer, 2005. xix, 473. ISBN 0387251464. info
Výukové metody
přednášky s aktivní účastí studentů
Metody hodnocení
účast na přednáškách, vypracování eseje na zadané téma související s obsahem studia
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, podzim 2020, jaro 2021.