Bi5599c Metody aplikované biochemie a buněčné biologie - cvičení

Přírodovědecká fakulta
podzim 2019
Rozsah
0/2/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: z.
Vyučující
Mgr. Jiřina Medalová, Ph.D. (cvičící)
RNDr. Vendula Pospíchalová, PhD. (cvičící)
Mgr. Petra Černochová (cvičící)
Garance
prof. Mgr. Vítězslav Bryja, Ph.D.
Ústav experimentální biologie - Biologická sekce - Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. Jiřina Medalová, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav experimentální biologie - Biologická sekce - Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Po 14:00–15:50 A36-215
Předpoklady
Bi3030 Fyziologie živočichů && NOW ( Bi5599 Metody bioch. a buň. biologie )
Předmět navazuje a tvoří logický celek s cvičením Fyziologie živočichů a Speciální metody fyziologie živočichů.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je určen pouze studentům mateřských oborů.

Jiné omezení: Na předmět se vztahuje povinnost registrace, bez registrace může být znemožněn zápis předmětu!
Mateřské obory/plány
předmět má 12 mateřských oborů, zobrazit
Cíle předmětu
Cílem předmětu je naučit studenty: provádět rutinně klasické i moderní techniky používané v základním i aplikovaném výzkumu (viz sylabus); využít metody a přístupy odrážející nejnovější trendy ve výzkumu molekul, specifických buněk a buněčných populací; použít získané manuální laboratorní dovednosti a dále je rozvíjet; vybrat si ze spektra technik tu nejvhodnější metodu podle znalostí získaných v rámci předmětu; pracovat v moderně vybavených pracovištích; získat praktické znalosti využitelné při vypracovávání diplomových a dizertačních prací
Výstupy z učení
Na konci tohoto kurzu bude student schopen: provádět rutinně klasické i moderní techniky používané v základním i aplikovaném výzkumu (viz sylabus); využít metody a přístupy odrážející nejnovější trendy ve výzkumu molekul, specifických buněk a buněčných populací; použít získané manuální laboratorní dovednosti a dále je rozvíjet; vybrat si ze spektra technik tu nejvhodnější metodu podle znalostí získaných v rámci předmětu; pracovat v moderně vybavených pracovištích; získat praktické znalosti využitelné při vypracovávání diplomových a dizertačních prací
Osnova
  • 1. Kultivace a využití buněčných kultur a) Bezpečnost práce v laboratoři, obsluha flow boxu, pasážování buněk, vysetí a ovlivnění buněk pro další experimenty - modifikace aktivity beta kateninu b) Transfekce buněk pomocí polykationtu PEI - metody stanovení účinnosti transfekce, vyhodnocení metodou TopFlash 2. Využití PCR pro stanovení úrovně exprese genů a) Izolace RNA afinitní purifikací, stanovení koncentrace a čistoty a stability izolované RNA. b) Přepis mRNA do cDNA (reverzní transkripce) c) Kvantitativní PCR v reálném čase pro zjištění míry exprese cílových genů beta kateninu, ověření specifity reakce pomocí tavné křivky, způsoby vyhodnocení výsledků, počítání koncentrací roztoků a ředění buněčných suspenzí 3. Stanovení exprese proteinů pomocí Western blottingu a) Příprava a kvantifikace SDS lyzátů b) Separace fragmentů proteinů pomocí elektroforézy c) mokrý blotting na PVDF membránu d) imunodetekce proteinů - beta kateninu a receptorů zapojených do jeho regulace
Literatura
  • Cell culture and upstream processing. Edited by M. Butler. 1st ed. New York: Taylor & Francis, 2007. xiv, 187. ISBN 9780415399692. info
  • Mammalian cell culture : essential techniques. Edited by Alan Doyle - J. B. Griffiths. Chichester: John Wiley & Sons, 1997. xv, 173. ISBN 0471970573. info
  • Cancer cell culture : methods and protocols. Edited by Simon P. Langdon. Totowa, N.J.: Humana Press, 2004. xii, 360. ISBN 1588290794. info
  • Animal cell culture :a practical approach. Edited by R. Ian Freshney. 2nd ed. Oxford: Oxford University Press, 1992. xix, 329 s. ISBN 0-19-963213-8. info
  • Cell biological appplications of confocal microscopy. Edited by Brian Matsumoto. 2nd ed. Amsterdam: Academic Press, 2002. xii, 507. ISBN 0125804458. info
  • Molecular cloning, A laboratory manual, Vol. 1-3, Eds. J. Sambrook and D. W. Russell, Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, New York 2001
  • Short protocols in molecular biology, Vol. 1 and 2, 5th edition, John Wiley and Sons, Inc., 2002
  • Current protocols in cytometry, Vol. 1 and 2, Ed. J. P. Robinson, John Wiley and Sons, Inc., 1997
  • Methods in Cell Biology, Vol. 75, Cytometry, 4th edition, New developments, Eds. Z. Darzynkiewicz, M. Roederer, H. J. Tanke, Elsevier Academic Press, 2004
  • CROWTHER, John R. The ELISA guidebook. Totowa, N.J.: Humana Press, 2001. xi, 421. ISBN 0896037282. info
Výukové metody
Krátké teoretické přednášky a praktické procvičování speciálních úkolů; demonstrace měření pokročilých složitých metod a přístrojů; domácí úkoly; diskuse v hodině.
Metody hodnocení
Pro absolvování kurzu musí studenti dodat zadané protokoly s vyhodnocenými výsledky a zodpovězenými otázkami.
Navazující předměty
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2018, podzim 2020.