Informace o předmětu

Bi7921 Pokročilé zpracování biologických dat

Rozsah

0/2/0. 2 kr. (plus 2 za zk). Ukončení: zk.

Vyučující

Ing. Marek Brabec, PhD. (přednášející), prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D. (zástupce)
prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

( Bi5040 Biostatistika - základní kurz || Bi5560 Základy statistiky pro biol.II ) && Bi7920 Analýza dat
Základní biostatistické metody, obecný lineární model, zobecněný lineární model.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 20 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/20, pouze zareg.: 0/20, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/20

Mateřské obory/plány

předmět má 11 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Cílem přednášky je představit vybrané metody pokročilé analýzy dat, zaměřené na analýzu dat s korelacemi.

Výstupy z učení

Student bude po absolvování předmětu schopen: - charakterizovat metody GLS, LME a GEE - sestavit lineární prediktor z dostupných vysvětlujících proměnných - navrhnout správný experimentální design - aplikovat uvedené metody na data

Osnova

• 1) Korelované data. 2) Experimentální design: Nested, Split-plot, Pseudoreplikace. 3) Analýza časových řad. 4) Prostorová analýza. 5) Smíšené modely: GLS, LME a GEE. 6) Fylogenetické korekce.

Literatura

povinná literatura
• Pekár S. & Brabec M. 2012. Moderní analýza biologických dat. 2. Lineární modely s korelacemi v prostředí R. Masaryk University Press, Brno.

Výukové metody

Výuka je postavena na řešení konkrétních biologických příkladů.

Metody hodnocení

Ústní zkouška.

Informace učitele

Literatura: Pekár S. & Brabec M. 2012. Moderní analýza biologických dat. 2. Lineární modely s korelacemi v prostředí R. Masaryk University Press, Brno.

Další komentáře

Předmět je vyučován jednou za dva roky.
Poznámka k periodicitě výuky: jarní semestr lichých let.
Výuka probíhá každý druhý týden.

Bi7921 Pokročilé zpracování biologických dat

Rozsah

0/2/0. 2 kr. (plus 2 za zk). Ukončení: zk.

Vyučující

Ing. Marek Brabec, PhD. (přednášející), prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D. (zástupce)
prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

( Bi5040 Biostatistika - základní kurz || Bi5560 Základy statistiky pro biology ) && Bi7920 Analýza dat
Základní biostatistické metody, obecný lineární model, zobecněný lineární model.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 20 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/20, pouze zareg.: 0/20, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/20

Mateřské obory/plány

předmět má 11 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Cílem přednášky je představit vybrané metody pokročilé analýzy dat, zaměřené na analýzu dat s korelacemi.

Výstupy z učení

Student bude po absolvování předmětu schopen: - charakterizovat metody GLS, LME a GEE - sestavit lineární prediktor z dostupných vysvětlujících proměnných - navrhnout správný experimentální design - aplikovat uvedené metody na data

Osnova

• 1) Korelované data. 2) Experimentální design: Nested, Split-plot, Pseudoreplikace. 3) Analýza časových řad. 4) Prostorová analýza. 5) Smíšené modely: GLS, LME a GEE. 6) Fylogenetické korekce.

Literatura

povinná literatura
• Pekár S. & Brabec M. 2012. Moderní analýza biologických dat. 2. Lineární modely s korelacemi v prostředí R. Masaryk University Press, Brno.

Výukové metody

Výuka je postavena na řešení konkrétních biologických příkladů.

Metody hodnocení

Ústní zkouška.

Informace učitele

Literatura: Pekár S. & Brabec M. 2012. Moderní analýza biologických dat. 2. Lineární modely s korelacemi v prostředí R. Masaryk University Press, Brno.

Další komentáře

Předmět je vyučován jednou za dva roky.
Poznámka k periodicitě výuky: jarní semestr lichých let.
Výuka probíhá každý druhý týden.

Bi7921 Pokročilé zpracování biologických dat

Rozsah

0/2/0. 2 kr. (plus 2 za zk). Ukončení: zk.

Vyučující

Ing. Marek Brabec, PhD. (přednášející), prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D. (zástupce)
prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

( Bi5040 Biostatistika - základní kurz || Bi5560 Základy statistiky pro biology ) && Bi7920 Analýza dat
Základní biostatistické metody, obecný lineární model, zobecněný lineární model.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 20 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/20, pouze zareg.: 0/20, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/20

Mateřské obory/plány

předmět má 11 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Cílem přednášky je představit vybrané metody pokročilé analýzy dat, zaměřené na analýzu dat s korelacemi.

Výstupy z učení

Student bude po absolvování předmětu schopen: - charakterizovat metody GLS, LME a GEE - sestavit lineární prediktor z dostupných vysvětlujících proměnných - navrhnout správný experimentální design - aplikovat uvedené metody na data

Osnova

• 1) Korelované data. 2) Experimentální design: Nested, Split-plot, Pseudoreplikace. 3) Analýza časových řad. 4) Prostorová analýza. 5) Smíšené modely: GLS, LME a GEE. 6) Fylogenetické korekce.

Literatura

povinná literatura
• Pekár S. & Brabec M. 2012. Moderní analýza biologických dat. 2. Lineární modely s korelacemi v prostředí R. Masaryk University Press, Brno.

Výukové metody

Výuka je postavena na řešení konkrétních biologických příkladů.

Metody hodnocení

Ústní zkouška.

Informace učitele

Literatura: Pekár S. & Brabec M. 2012. Moderní analýza biologických dat. 2. Lineární modely s korelacemi v prostředí R. Masaryk University Press, Brno.

Další komentáře

Předmět je vyučován jednou za dva roky.
Poznámka k periodicitě výuky: jarní semestr lichých let.
Výuka probíhá každý druhý týden.

Bi7921 Pokročilé zpracování biologických dat

Rozsah

0/2. 2 kr. (plus 2 za zk). Ukončení: zk.

Vyučující

Ing. Marek Brabec, PhD. (přednášející), prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D. (zástupce)
prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

Bi5040 Biostatistika - základní kurz && Bi8190 Vizualizace biologických dat && Bi7920 Analýza dat
Základní biostatistické metody, obecný lineární model, zobecněný lineární model.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 20 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/20, pouze zareg.: 0/20, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/20

Mateřské obory/plány

předmět má 8 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Cílem přednášky je představit vybrané metody pokročilé analýzy dat, zaměřené na analýzu dat s korelacemi.

Osnova

• 1) Korelované data. 2) Experimentální design: Nested, Split-plot, Pseudoreplikace. 3) Analýza časových řad. 4) Prostorová analýza. 5) Smíšené modely: GLS, LME a GEE. 6) Fylogenetické korekce.

Výukové metody

Výuka je postavena na řešení konkrétních biologických příkladů.

Metody hodnocení

Zkoušení je průběžné - v podobě řešení domácích úkolů. Návštěva přednášek je doporučená.

Informace učitele

Literatura: Crawley M. J. 2002. Statistical Computing. An Introduction to Data Analysis using S-Plus. Chichester:John Wiley & Sons. Pinheiro J.C. & Bates D.M. 2000. Mixed-Effects Models in S and S-PLUS. New York: Springer Verlag. Venables W.N. & Ripley B.D. 2002. Modern Applied Statistics with S, New York: Springer-Verlag.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován jednou za dva roky.
Poznámka k periodicitě výuky: jarní semestr lichých let.
Výuka probíhá každý druhý týden.

Bi7921 Pokročilé zpracování biologických dat

Rozsah

0/2/0. 2 kr. (plus 2 za zk). Ukončení: zk.

Vyučující

prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D. (přednášející)
Ing. Marek Brabec, PhD. (přednášející), prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D. (zástupce)
Mgr. Petr Šmarda, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

Bi5040 Biostatistika - základní kurz && Bi8190 Vizualizace biologických dat && Bi7920 Analýza dat
Základní biostatistické metody, obecný lineární model, zobecněný lineární model.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 20 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/20, pouze zareg.: 0/20, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/20

Mateřské obory/plány

předmět má 8 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Cílem přednášky je představit vybrané metody pokročilé analýzy dat, jednorozměrné i mnohorozměrné, zaměřené na analýzu dat s časovými, prostorovými a fylogenetickými korelacemi (LME, GLS, GEE), jakož i modely s nelineárním prediktorem (NLS, GNLS, NLME, GAM).

Výstupy z učení

Student bude umět: - naplánovat design stduie - použít pokročilé statistické metody

Osnova

• 1) Korelované data. 2) Experimentální design: Nested, Split-plot, Pseudoreplikace. 3)Náhodné efekty. 4) Modely s časovou závislostí. 5) Modely s prostorovou závislostí. 6) Modely s fylogenetickou závislostí. 7) Smíšené modely typu GLS, LME a GEE. 8) Modely s nelinárním prediktorem (NLS, GNLS). 9) Modely s náhodným efektem a nelinárním prediktorem (NLME). 10) Aditivní modely (GAM).

Literatura

• Pekár S. & Brabec M. 2012. Moderní analýza biologických dat. 2. Lineární modely s korelacemi v prostředí R. Masaryk University Press, Brno.
• Pinheiro J.C. & Bates D.M. 2000. Mixed-Effects Models in S and S-PLUS. New York: Springer Verlag.

Výukové metody

Výuka je postavena na řešení konkrétních biologických příkladů.

Metody hodnocení

Zkoušení je průběžné - v podobě řešení domácích úkolů. Návštěva přednášek je doporučená. Závěrečná zkouška je ústní.

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.

Bi7921 Pokročilé zpracování biologických dat

Rozsah

0/2. 2 kr. (plus 2 za zk). Ukončení: zk.

Vyučující

Ing. Marek Brabec, PhD. (přednášející), prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D. (zástupce)
prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

Bi5040 Biostatistika - základní kurz && Bi8190 Vizualizace biologických dat && Bi7920 Analýza dat
Základní biostatistické metody, obecný lineární model, zobecněný lineární model.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 20 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/20, pouze zareg.: 0/20, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/20

Mateřské obory/plány

předmět má 8 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Cílem přednášky je představit vybrané metody pokročilé analýzy dat, zaměřené na analýzu dat s korelacemi.

Osnova

• 1) Korelované data. 2) Experimentální design: Nested, Split-plot, Pseudoreplikace. 3) Analýza časových řad. 4) Prostorová analýza. 5) Smíšené modely: GLS, LME a GEE. 6) Fylogenetické korekce.

Výukové metody

Výuka je postavena na řešení konkrétních biologických příkladů.

Metody hodnocení

Zkoušení je průběžné - v podobě řešení domácích úkolů. Návštěva přednášek je doporučená.

Informace učitele

Literatura: Crawley M. J. 2002. Statistical Computing. An Introduction to Data Analysis using S-Plus. Chichester:John Wiley & Sons. Pinheiro J.C. & Bates D.M. 2000. Mixed-Effects Models in S and S-PLUS. New York: Springer Verlag. Venables W.N. & Ripley B.D. 2002. Modern Applied Statistics with S, New York: Springer-Verlag.

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý druhý týden.

Bi7921 Pokročilé zpracování biologických dat

Rozsah

0/2. 2 kr. (plus 2 za zk). Ukončení: zk.

Vyučující

Ing. Marek Brabec, PhD. (přednášející), prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D. (zástupce)
prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

Bi5040 Biostatistika - základní kurz && Bi8190 Vizualizace biologických dat && Bi7920 Analýza dat
Základní biostatistické metody, obecný lineární model, zobecněný lineární model.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 20 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/20, pouze zareg.: 0/20, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/20

Mateřské obory/plány

předmět má 8 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Cílem přednášky je představit vybrané metody pokročilé analýzy dat, zaměřené na analýzu dat s korelacemi.

Osnova

• 1) Korelované data. 2) Experimentální design: Nested, Split-plot, Pseudoreplikace. 3) Analýza časových řad. 4) Prostorová analýza. 5) Smíšené modely: GLS, LME a GEE. 6) Fylogenetické korekce.

Výukové metody

Výuka je postavena na řešení konkrétních biologických příkladů.

Metody hodnocení

Zkoušení je průběžné - v podobě řešení domácích úkolů. Návštěva přednášek je doporučená.

Informace učitele

Literatura: Crawley M. J. 2002. Statistical Computing. An Introduction to Data Analysis using S-Plus. Chichester:John Wiley & Sons. Pinheiro J.C. & Bates D.M. 2000. Mixed-Effects Models in S and S-PLUS. New York: Springer Verlag. Venables W.N. & Ripley B.D. 2002. Modern Applied Statistics with S, New York: Springer-Verlag.

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý druhý týden.

Bi7921 Pokročilé zpracování biologických dat

Rozsah

0/2. 2 kr. (plus 2 za zk). Ukončení: zk.

Vyučující

Ing. Marek Brabec, PhD. (přednášející), prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D. (zástupce)
prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

Bi5040 Biostatistika - základní kurz && Bi8190 Vizualizace biologických dat && Bi7920 Analýza dat
Základní biostatistické metody, obecný lineární model, zobecněný lineární model.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 20 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/20, pouze zareg.: 0/20, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/20

Mateřské obory/plány

předmět má 8 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Cílem přednášky je představit vybrané metody pokročilé analýzy dat, zaměřené na analýzu dat s korelacemi.

Osnova

• 1) Korelované data. 2) Experimentální design: Nested, Split-plot, Pseudoreplikace. 3) Analýza časových řad. 4) Prostorová analýza. 5) Smíšené modely: GLS, LME a GEE. 6) Fylogenetické korekce.

Výukové metody

Výuka je postavena na řešení konkrétních biologických příkladů.

Metody hodnocení

Zkoušení je průběžné - v podobě řešení domácích úkolů. Návštěva přednášek je doporučená.

Informace učitele

Literatura: Crawley M. J. 2002. Statistical Computing. An Introduction to Data Analysis using S-Plus. Chichester:John Wiley & Sons. Pinheiro J.C. & Bates D.M. 2000. Mixed-Effects Models in S and S-PLUS. New York: Springer Verlag. Venables W.N. & Ripley B.D. 2002. Modern Applied Statistics with S, New York: Springer-Verlag.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý druhý týden.

Bi7921 Pokročilé zpracování biologických dat

Rozsah

0/2. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

Ing. Marek Brabec, PhD. (přednášející)

Garance

prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 12:00–13:50 BR2

Předpoklady

Bi5040 Biostatistika - základní kurz && Bi8190 Vizualizace biologických dat && Bi7920 Analýza dat
Základní biostatistické metody, obecný lineární model, zobecněný lineární model.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 20 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/20, pouze zareg.: 0/20, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/20

Mateřské obory/plány

předmět má 11 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Cílem přednášky je představit vybrané metody pokročilé analýzy dat, zaměřené na analýzu dat s korelacemi.

Osnova

• 1) Korelované data. 2) Experimentální design: Nested, Split-plot, Pseudoreplikace. 3) Analýza časových řad. 4) Prostorová analýza. 5) Smíšené modely: GLS, LME a GEE. 6) Fylogenetické korekce.

Metody hodnocení

Výuka je postavena na řešení konkrétních biologických příkladů. Zkoušení je průběžné - v podobě řešení domácích úkolů. Návštěva přednášek je doporučená.

Informace učitele

Literatura: Crawley M. J. 2002. Statistical Computing. An Introduction to Data Analysis using S-Plus. Chichester:John Wiley & Sons. Pinheiro J.C. & Bates D.M. 2000. Mixed-Effects Models in S and S-PLUS. New York: Springer Verlag. Venables W.N. & Ripley B.D. 2002. Modern Applied Statistics with S, New York: Springer-Verlag.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován jednou za dva roky.
Poznámka k periodicitě výuky: jarní semestr lichých let.

Bi7921 Pokročilé zpracování biologických dat

Rozsah

0/2. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D. (náhr. zkoušející)
Ing. Marek Brabec, PhD. (přednášející)

Garance

prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D.

Předpoklady

Bi5040 Biostatistika - základní kurz && Bi7920 Analýza dat
Základní biostatistické metody, obecný lineární model, zobecněný lineární model.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 20 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/20, pouze zareg.: 0/20, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/20

Mateřské obory/plány

předmět má 9 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Cílem přednášky je představit vybrané metody pokročilé analýzy dat, zaměřené na analýzu dat s korelacemi.

Osnova

• 1) Korelované data. 2) Experimentální design: Nested, Split-plot, Pseudoreplikace. 3) Analýza časových řad. 4) Prostorová analýza. 5) Smíšené modely: GLS, LME a GEE. 6) Fylogenetické korekce.

Metody hodnocení

Výuka je postavena na řešení konkrétních biologických příkladů. Zkoušení je průběžné - v podobě řešení domácích úkolů. Návštěva přednášek je doporučená.

Informace učitele

Literatura: Crawley M. J. 2002. Statistical Computing. An Introduction to Data Analysis using S-Plus. Chichester:John Wiley & Sons. Pinheiro J.C. & Bates D.M. 2000. Mixed-Effects Models in S and S-PLUS. New York: Springer Verlag. Venables W.N. & Ripley B.D. 2002. Modern Applied Statistics with S, New York: Springer-Verlag.

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Bi7921 Vybrané metody analýzy biologických dat

Rozsah

0/2/1. 2 kr. (plus 1 za zk). Ukončení: zk.

Vyučující

prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D. (cvičící)

Garance

prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D.

Předpoklady

Bi5040 Biostatistika - základní kurz && Bi8190 Vizualizace biologických dat && Bi7920 Analýza dat && Bi7540 Zprac. dat ekol. společenstev
Základní biostatistické metody, obecný lineární model, zobecněný lineární model.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 20 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/20, pouze zareg.: 0/20, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/20

Mateřské obory/plány

předmět má 9 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Cílem přednášky je představit vybrané metody pokročilé analýzy dat, zaměřené na analýzu korelovaných dat.

Osnova

• 1) Korelované data. 2) Experimentální design: Nested, Split-plot, Pseudoreplikace. 3) Analýza časových řad. 4) Prostorová analýza. 5) Smíšené modely: GLS, LME a GEE. 6) Fylogenetické korekce.

Metody hodnocení

Výuka je postavena na řešení konkrétních biologických příkladů. Zkoušení je průběžné - v podobě řešení domácích úkolů. Návštěva přednášek je doporučená.

Informace učitele

Literatura: Crawley M. J. 2002. Statistical Computing. An Introduction to Data Analysis using S-Plus. Chichester:John Wiley & Sons. Pinheiro J.C. & Bates D.M. 2000. Mixed-Effects Models in S and S-PLUS. New York: Springer Verlag. Venables W.N. & Ripley B.D. 2002. Modern Applied Statistics with S, New York: Springer-Verlag.

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

Bi7921 Pokročilé zpracování biologických dat

Předmět se v období jaro 2024 nevypisuje.

Rozsah

0/2/0. 2 kr. (plus 2 za zk). Ukončení: zk.

Vyučující

Ing. Marek Brabec, PhD. (přednášející), prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D. (zástupce)
prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

( Bi5040 Biostatistika - základní kurz || Bi5560 Základy statistiky pro biology ) && Bi7920 Analýza dat
Základní biostatistické metody, obecný lineární model, zobecněný lineární model.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 20 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/20, pouze zareg.: 0/20, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/20

Mateřské obory/plány

předmět má 11 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Cílem přednášky je představit vybrané metody pokročilé analýzy dat, zaměřené na analýzu dat s korelacemi.

Výstupy z učení

Student bude po absolvování předmětu schopen: - charakterizovat metody GLS, LME a GEE - sestavit lineární prediktor z dostupných vysvětlujících proměnných - navrhnout správný experimentální design - aplikovat uvedené metody na data

Osnova

• 1) Korelované data. 2) Experimentální design: Nested, Split-plot, Pseudoreplikace. 3) Analýza časových řad. 4) Prostorová analýza. 5) Smíšené modely: GLS, LME a GEE. 6) Fylogenetické korekce.

Literatura

povinná literatura
• Pekár S. & Brabec M. 2012. Moderní analýza biologických dat. 2. Lineární modely s korelacemi v prostředí R. Masaryk University Press, Brno.

Výukové metody

Výuka je postavena na řešení konkrétních biologických příkladů.

Metody hodnocení

Ústní zkouška.

Informace učitele

Literatura: Pekár S. & Brabec M. 2012. Moderní analýza biologických dat. 2. Lineární modely s korelacemi v prostředí R. Masaryk University Press, Brno.

Další komentáře

Předmět je vyučován jednou za dva roky.
Poznámka k periodicitě výuky: jarní semestr lichých let.
Výuka probíhá každý druhý týden.

Bi7921 Pokročilé zpracování biologických dat

Předmět se v období jaro 2022 nevypisuje.

Rozsah

0/2/0. 2 kr. (plus 2 za zk). Ukončení: zk.

Vyučující

Ing. Marek Brabec, PhD. (přednášející), prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D. (zástupce)
prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

( Bi5040 Biostatistika - základní kurz || Bi5560 Základy statistiky pro biology ) && Bi7920 Analýza dat
Základní biostatistické metody, obecný lineární model, zobecněný lineární model.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 20 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/20, pouze zareg.: 0/20, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/20

Mateřské obory/plány

předmět má 11 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Cílem přednášky je představit vybrané metody pokročilé analýzy dat, zaměřené na analýzu dat s korelacemi.

Výstupy z učení

Student bude po absolvování předmětu schopen: - charakterizovat metody GLS, LME a GEE - sestavit lineární prediktor z dostupných vysvětlujících proměnných - navrhnout správný experimentální design - aplikovat uvedené metody na data

Osnova

• 1) Korelované data. 2) Experimentální design: Nested, Split-plot, Pseudoreplikace. 3) Analýza časových řad. 4) Prostorová analýza. 5) Smíšené modely: GLS, LME a GEE. 6) Fylogenetické korekce.

Literatura

povinná literatura
• Pekár S. & Brabec M. 2012. Moderní analýza biologických dat. 2. Lineární modely s korelacemi v prostředí R. Masaryk University Press, Brno.

Výukové metody

Výuka je postavena na řešení konkrétních biologických příkladů.

Metody hodnocení

Ústní zkouška.

Informace učitele

Literatura: Pekár S. & Brabec M. 2012. Moderní analýza biologických dat. 2. Lineární modely s korelacemi v prostředí R. Masaryk University Press, Brno.

Další komentáře

Předmět je vyučován jednou za dva roky.
Poznámka k periodicitě výuky: jarní semestr lichých let.
Výuka probíhá každý druhý týden.

Bi7921 Pokročilé zpracování biologických dat

Předmět se v období jaro 2020 nevypisuje.

Rozsah

0/2/0. 2 kr. (plus 2 za zk). Ukončení: zk.

Vyučující

Ing. Marek Brabec, PhD. (přednášející), prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D. (zástupce)
prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

( Bi5040 Biostatistika - základní kurz || Bi5560 Základy statistiky pro biology ) && Bi7920 Analýza dat
Základní biostatistické metody, obecný lineární model, zobecněný lineární model.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 20 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/20, pouze zareg.: 0/20, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/20

Mateřské obory/plány

předmět má 11 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Cílem přednášky je představit vybrané metody pokročilé analýzy dat, zaměřené na analýzu dat s korelacemi.

Výstupy z učení

Student bude po absolvování předmětu schopen: - charakterizovat metody GLS, LME a GEE - sestavit lineární prediktor z dostupných vysvětlujících proměnných - navrhnout správný experimentální design - aplikovat uvedené metody na data

Osnova

• 1) Korelované data. 2) Experimentální design: Nested, Split-plot, Pseudoreplikace. 3) Analýza časových řad. 4) Prostorová analýza. 5) Smíšené modely: GLS, LME a GEE. 6) Fylogenetické korekce.

Literatura

povinná literatura
• Pekár S. & Brabec M. 2012. Moderní analýza biologických dat. 2. Lineární modely s korelacemi v prostředí R. Masaryk University Press, Brno.

Výukové metody

Výuka je postavena na řešení konkrétních biologických příkladů.

Metody hodnocení

Ústní zkouška.

Informace učitele

Literatura: Pekár S. & Brabec M. 2012. Moderní analýza biologických dat. 2. Lineární modely s korelacemi v prostředí R. Masaryk University Press, Brno.

Další komentáře

Předmět je vyučován jednou za dva roky.
Poznámka k periodicitě výuky: jarní semestr lichých let.
Výuka probíhá každý druhý týden.

Bi7921 Pokročilé zpracování biologických dat

Předmět se v období jaro 2018 nevypisuje.

Rozsah

0/2. 2 kr. (plus 2 za zk). Ukončení: zk.

Vyučující

Ing. Marek Brabec, PhD. (přednášející), prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D. (zástupce)
prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

Bi5040 Biostatistika - základní kurz && Bi8190 Vizualizace biologických dat && Bi7920 Analýza dat
Základní biostatistické metody, obecný lineární model, zobecněný lineární model.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 20 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/20, pouze zareg.: 0/20, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/20

Mateřské obory/plány

předmět má 8 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Cílem přednášky je představit vybrané metody pokročilé analýzy dat, zaměřené na analýzu dat s korelacemi.

Osnova

• 1) Korelované data. 2) Experimentální design: Nested, Split-plot, Pseudoreplikace. 3) Analýza časových řad. 4) Prostorová analýza. 5) Smíšené modely: GLS, LME a GEE. 6) Fylogenetické korekce.

Výukové metody

Výuka je postavena na řešení konkrétních biologických příkladů.

Metody hodnocení

Zkoušení je průběžné - v podobě řešení domácích úkolů. Návštěva přednášek je doporučená.

Informace učitele

Literatura: Crawley M. J. 2002. Statistical Computing. An Introduction to Data Analysis using S-Plus. Chichester:John Wiley & Sons. Pinheiro J.C. & Bates D.M. 2000. Mixed-Effects Models in S and S-PLUS. New York: Springer Verlag. Venables W.N. & Ripley B.D. 2002. Modern Applied Statistics with S, New York: Springer-Verlag.

Další komentáře

Předmět je vyučován jednou za dva roky.
Poznámka k periodicitě výuky: jarní semestr lichých let.
Výuka probíhá každý druhý týden.

Bi7921 Pokročilé zpracování biologických dat

Předmět se v období jaro 2016 nevypisuje.

Rozsah

0/2. 2 kr. (plus 2 za zk). Ukončení: zk.

Vyučující

Ing. Marek Brabec, PhD. (přednášející), prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D. (zástupce)
prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

Bi5040 Biostatistika - základní kurz && Bi8190 Vizualizace biologických dat && Bi7920 Analýza dat
Základní biostatistické metody, obecný lineární model, zobecněný lineární model.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 20 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/20, pouze zareg.: 0/20, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/20

Mateřské obory/plány

předmět má 8 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Cílem přednášky je představit vybrané metody pokročilé analýzy dat, zaměřené na analýzu dat s korelacemi.

Osnova

• 1) Korelované data. 2) Experimentální design: Nested, Split-plot, Pseudoreplikace. 3) Analýza časových řad. 4) Prostorová analýza. 5) Smíšené modely: GLS, LME a GEE. 6) Fylogenetické korekce.

Výukové metody

Výuka je postavena na řešení konkrétních biologických příkladů.

Metody hodnocení

Zkoušení je průběžné - v podobě řešení domácích úkolů. Návštěva přednášek je doporučená.

Informace učitele

Literatura: Crawley M. J. 2002. Statistical Computing. An Introduction to Data Analysis using S-Plus. Chichester:John Wiley & Sons. Pinheiro J.C. & Bates D.M. 2000. Mixed-Effects Models in S and S-PLUS. New York: Springer Verlag. Venables W.N. & Ripley B.D. 2002. Modern Applied Statistics with S, New York: Springer-Verlag.

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý druhý týden.

Bi7921 Vybrané metody analýzy biologických dat

Předmět se v období jaro 2009 nevypisuje.

Rozsah

0/2. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D. (cvičící)
Mgr. David Zelený, Ph.D. (cvičící)

Garance

prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D.

Předpoklady

Bi5040 Biostatistika - základní kurz && Bi8190 Vizualizace biologických dat && Bi7920 Analýza dat && Bi7540 Zprac. dat ekol. společenstev
Základní biostatistické metody, obecný lineární model, zobecněný lineární model, základy mnohorozměrné analýzy dat.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 20 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/20, pouze zareg.: 0/20, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/20

Mateřské obory/plány

předmět má 9 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Cílem přednášky je představit vybrané metody pokročilé analýzy dat, jak jednorozměrných tak mnohorozměrných statistických metod, které nejsou náplní kurzů Bi7920 a Bi7540.

Osnova

• 1) Analýza přežívání. 2) Experimentální design: Nested, Split-plot, Pseudoreplikace. 3) Analýza časových řad. 4) Prostorová analýza. 5) Smíšené modely: GLS a LME. 6) Fylogenetické korekce. 7) Nelineární regrese. 8) Zobecněné aditivní modely. 9) Pokročilé užití nepřímých a přímých ordinačních metod. 10) Klasifikační a regresní stromy, náhodné lesy. 11) Modelování odpovědních křivek druhů (generalisti vs. specialisti, HOF modely).

Metody hodnocení

Výuka je postavena na řešení konkrétních biologických příkladů. Zkoušení je průběžné - v podobě řešení domácích úkolů. Návštěva přednášek je doporučená.

Informace učitele

Literatura: Crawley M. J. 2002. Statistical Computing. An Introduction to Data Analysis using S-Plus. Chichester:John Wiley & Sons. Pinheiro J.C. & Bates D.M. 2000. Mixed-Effects Models in S and S-PLUS. New York: Springer Verlag. Oksanen J. (2007). Multivariate analysis of ecological community in R: vegan tutorial. http://cc.oulu.fi/~jarioksa/opetus/metodi/vegantutor.pdf Venables W.N. & Ripley B.D. 2002. Modern Applied Statistics with S, New York: Springer-Verlag.

Další komentáře

Předmět je vyučován jednou za dva roky.
Poznámka k periodicitě výuky: v jarním semestru sudých let.
Výuka probíhá každý týden.

Bi7921 Pokročilé zpracování biologických dat

Údaje z období jaro 2012 - akreditace se nezveřejňují

Rozsah

0/2. 2 kr. (plus 2 za zk). Ukončení: zk.

Vyučující

Ing. Marek Brabec, PhD. (přednášející)
prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

Bi5040 Biostatistika - základní kurz && Bi8190 Vizualizace biologických dat && Bi7920 Analýza dat
Základní biostatistické metody, obecný lineární model, zobecněný lineární model.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 20 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/20, pouze zareg.: 0/20, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/20

Mateřské obory/plány

předmět má 9 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Cílem přednášky je představit vybrané metody pokročilé analýzy dat, zaměřené na analýzu dat s korelacemi.

Osnova

• 1) Korelované data. 2) Experimentální design: Nested, Split-plot, Pseudoreplikace. 3) Analýza časových řad. 4) Prostorová analýza. 5) Smíšené modely: GLS, LME a GEE. 6) Fylogenetické korekce.

Výukové metody

Výuka je postavena na řešení konkrétních biologických příkladů.

Metody hodnocení

Zkoušení je průběžné - v podobě řešení domácích úkolů. Návštěva přednášek je doporučená.

Informace učitele

Literatura: Crawley M. J. 2002. Statistical Computing. An Introduction to Data Analysis using S-Plus. Chichester:John Wiley & Sons. Pinheiro J.C. & Bates D.M. 2000. Mixed-Effects Models in S and S-PLUS. New York: Springer Verlag. Venables W.N. & Ripley B.D. 2002. Modern Applied Statistics with S, New York: Springer-Verlag.

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý druhý týden.

Bi7921 Vybrané metody analýzy biologických dat

Rozsah

0/2. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.

Vyučující

prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D. (cvičící)
Mgr. David Zelený, Ph.D. (cvičící)

Garance

prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D.
Ústav botaniky a zoologie – Biologická sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: prof. Mgr. Stanislav Pekár, Ph.D.

Předpoklady

Bi5040 Biostatistika - základní kurz && Bi8190 Vizualizace biologických dat && Bi7920 Analýza dat && Bi7540 Zprac. dat ekol. společenstev
Základní biostatistické metody, obecný lineární model, zobecněný lineární model.

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Předmět si smí zapsat nejvýše 20 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/20, pouze zareg.: 0/20, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/20

Mateřské obory/plány

předmět má 9 mateřských oborů, zobrazit

Cíle předmětu

Cílem přednášky je představit vybrané metody pokročilé analýzy dat, zaměřené na analýzu korelovaných dat.

Osnova

• 1) Korelované data. 2) Experimentální design: Nested, Split-plot, Pseudoreplikace. 3) Analýza časových řad. 4) Prostorová analýza. 5) Smíšené modely: GLS, LME a GEE. 6) Fylogenetické korekce.

Metody hodnocení

Výuka je postavena na řešení konkrétních biologických příkladů. Zkoušení je průběžné - v podobě řešení domácích úkolů. Návštěva přednášek je doporučená.

Informace učitele

Literatura: Crawley M. J. 2002. Statistical Computing. An Introduction to Data Analysis using S-Plus. Chichester:John Wiley & Sons. Pinheiro J.C. & Bates D.M. 2000. Mixed-Effects Models in S and S-PLUS. New York: Springer Verlag. Venables W.N. & Ripley B.D. 2002. Modern Applied Statistics with S, New York: Springer-Verlag.

Další komentáře

Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

• Statistika zápisu (jaro 2025, nejnovější)