Bi8350 Evoluční genomika

Přírodovědecká fakulta
jaro 2007
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. RNDr. Eduard Kejnovský, CSc. (přednášející)
RNDr. Roman Hobza, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Jiřina Relichová, CSc.
Ústav experimentální biologie - Biologická sekce - Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Eduard Kejnovský, CSc.
Rozvrh
Po 11:00–12:50 BFU
Předpoklady
Bi4020 Molekulární biologie
Základní znalosti z genetiky a molekulární biologie
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
předmět má 9 mateřských oborů, zobrazit
Osnova
  • 1. Vznik života Atributy života. Vznik života. Svět nukleových kyselin. Vznik genetického kódu a proteosyntézy. Teorie jílů. Zvláštnosti života a život na bázi křemíku. 2. První genomy První DNA genomy. Buňka a její životní minimum. Extrémní genomy. 3. Evoluce genů První geny. Anatomie genů. Původ nových genů. Mechanismy evoluce nových genů. Introny. 4. Evoluce genomů Velikosti genomů a paradox hodnoty C. Genové rodiny, pseudogeny, orfony a počty genů. Uspořádání genů v genomech. Počty chromosomů u různých druhů. Syntenie a kolinearita. Úloha multiplikací v evoluci genomů. Regulační systém na bázi RNA. Dynamika genomů. 5. Sobecká DNA Podíl repetitivní DNA na velikosti genomů. Retroelementy. DNA transposony. Tandemové repetice. Mikrosatelity. 6. Genomy organel a promiskuitní DNA Genomy organel jako pozůstatky prokaryotických organismů. Objev promiskuitní DNA. Migrace genů do jádra. Mechanismus přenosu genů do jádra. Genomy organel a vnitrobuněční parazité. 7. Interakce genomů Parazitická DNA, restrikčně-modifikační systémy jako parazité, viry, vnitrobuněční parazité (Mycoplasma, Rickettsia) a jejich genomy, obranný mechanismus trypanosomy, ovlivnění pohlaví způsobené parazity (Wolbachia), molekulární parazité živočichů a rostlin. Závody ve zbrojení, červená královna a rychlost evoluce. Pozitivní vliv parazitů na hostitele. 8. Evoluce sexuality. (A) Příčiny sexuality: rekombinace a sexualita, rychlost evoluce a degenerativní procesy u nerekombinující DNA Mullerova rohatka (Mullers ratchet), genetické svezení se (genetic hitchhiking), selekce na pozadí (background selection). Haploidie a diploidie. 9. Evoluce sexuality. (B) Důsledky sexuality: mechanismy determinace pohlaví, vznik a evoluce pohlavních chromosomů. Historie lidských pohlavních chromosomů záhadné palindromy na chromosomu Y, samčí geny jsou zálohované, Y se brání degeneraci, evoluční vrstvy na chromosomu Y. Papája pohlavní chromosomy ve stádiu zrodu. 10. Meioza a rekombinace v evoluci genomů. Co je příčinou a co následkem. 11. Struktura a evoluce lidského genomu Základní charakteristika. Genové rodiny v lidském genomu. Repetice v lidském genomu. Srovnání genomu člověka s genomem myši a šimpanze. Evoluce člověka. 12. Genomika strategie a metody. Mapování genomů. Genomové knihovny, sekvenování a analýza sekvencí. Genomové projekty.
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2008 - akreditace, jaro 2011 - akreditace, jaro 2006, jaro 2008, jaro 2009, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012, jaro 2012 - akreditace, jaro 2013, jaro 2014, jaro 2015, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2018, jaro 2019, jaro 2020.