C2135 Bioinformatika v praxi

Přírodovědecká fakulta
jaro 2012
Rozsah
0/2/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
Vyučující
prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Josef Houser, Ph.D. (cvičící)
Mgr. Lenka Malinovská, Ph.D. (cvičící)
Garance
prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul - Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul - Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
St 11:00–12:50 A4-118
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Na konci tohot kurzu bude student schopen:
vyhledavat informace a pracovat s biologickymi databazemi; provadet samostatne bioinformatickou analyzu dat. Pripravit experimentalni projekt zamerny na klonovani proteinu.
Osnova
  • Vyhledávání informací. Vyhledávání informací obecně, databáze biologických dat, instituce pro správu bioinformatických dat
  • Sekvenční přiložení (sequence alignment). Parametry (gaps, matrix). Přiložení genové vs. proteinové sekvence. Repetice. Přiložení jako nástroj analýzy sekvenačních dat.
  • Predikce genů, proteinů a jejich funkce.
  • Design primerů. Význam primerů, základní charakteristiky, tvorba sekundárních struktur, problém chybného nasednutí (false priming), design vlastních primerů.
  • Klonování a restrikční štěpení.
  • Predikce vlastností proteinů. Co lze predikovat, srovnání náročnosti a spolehlivosti experimentu a výpočtu.
  • Samostatný projekt: identifikace potenciálních genů důležitých pro virulenci v genomu neznámého organismu a určení funkce kódovaných proteinů.
  • Praktická úloha 1. Polymerázová řetězová reakce a elektroforéza v agarosovém gelu.
  • Praktická úloha 2. Izolace produktu PCR, štěpení restrikčními endonukleasami.
Literatura
Výukové metody
teoreticka priprava, prakticke cviceni in silico, samostatny projet
Metody hodnocení
ukonceny samostatny projekt, ustni pohovor
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět již není vypisován.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2011 - akreditace, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012 - akreditace, jaro 2013, jaro 2014, jaro 2015, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2018, jaro 2019, jaro 2020.