C2150 Zpracování informací a vizualizace v chemii

Přírodovědecká fakulta
jaro 2020
Rozsah
0/2/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
Vyučující
Mgr. Martin Prokop, Ph.D. (přednášející)
Garance
Mgr. Martin Prokop, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul - Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Národní centrum pro výzkum biomolekul - Přírodovědecká fakulta
Předpoklady
Znalost práce v operačním systému UNIX na úrovni běžného uživatele.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory
Cíle předmětu
Kurs je určen všem, kteří chtějí získat základní přehled o vizualizacích v molekulovém modelování. Student je postupně seznamován s postupy získání dat o strukturách biomolekul z databáze, vizualizace chemických struktur a tvorbu grafických výstupů formou grafů a schémat.
Výstupy z učení
Po úspěšném ukončení kurzu bude student schopen: získat z databáze data o struktuře molekul; zobrazit struktury pomocí programů pro vizualizaci molekul; využít data o struktuře molekul pro řešení jednoduchých vědeckých problémů; vizualizovat chemická data formou jednoduchých grafů a schémat;
Osnova
  • 1.Strukturní databáze biomolekul a jejich prohledávání. 2.Přehled programů pro vizualizaci molekul. 3.Vizualizace molekul pomocí programu VMD. 4. Tvorba animací a pokročilé funkce programu VMD. 5.Vizualizace molekul pomocí programu PyMol. 6.Program TRITON – možnosti vizualizace. 7.Program TRITON – aplikace v molekulovém modelování. 8.Vizualizace dat formou grafů – program xmgrace. 9.2D a 3D molekulové editory – programy MarvinSketch a Avogadro. 10. Úpravy obrázků a tvorba schémat – programy GIMP a Inkscape. 11. Vizualizace molekul v ostatních programech – Chimera, WHAT IF. 12. Převod 2D zobrazení molekul do 3D - program Corina.
Literatura
  • Molecular modeling of proteins. Edited by Andreas Kukol. Totowa, N.J.: Humana Press, 2008. xi, 390. ISBN 9781588298645. info
  • HÖLTJE, Hans-Dieter a Gerd FOLKERS. Molecular modelling :basic principles and applications. Edited by Thomas Beier - Wofgang Sippl - Didier Rognan. Weinheim: VCH Verlagsgesellschaft, 1997. xii, 194 s. ISBN 3-527-29384-1. info
  • Molecular modeling of nucleic acids. Edited by Neocles B. Leontis - John SantaLucia. Washington: American Chemical Society, 1998. x, 435 s. ISBN 0-8412-3541-4. info
  • http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
Výukové metody
Praktická cvičení u počítače.
Metody hodnocení
Praktická znalost programů VMD a Triton. Prezentace obsahující kromě textu také grafy, video ukázky a obrázky.
Další komentáře
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2008 - akreditace, jaro 2011 - akreditace, jaro 2009, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012, jaro 2012 - akreditace, jaro 2013, jaro 2014, jaro 2015, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2018, jaro 2019.