Informace o předmětu

C5855 Metody biofyzikální chemie

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.
Vyučováno online.

Vyučující

doc. Mgr. Zdeněk Farka, Ph.D. (přednášející)
doc. RNDr. Mgr. Jozef Hritz, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Mgr. Iveta Třísková, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. RNDr. Mgr. Jozef Hritz, Ph.D.
Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

předchozí absolvování C5850 Základy biofyzikální chemie
doporučuje se současně absolvovat C5856 Metody biofyzikální chemie - seminář

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Biofyzikální chemie (program PřF, B-CH)
• Fyzikální chemie (program PřF, N-CH)

Cíle předmětu

Studenti v tomto kurzu získají fyzikálně chemické základy biofyzikálních metod používaných v genomice, proteomice, biotechnologii a bionanotechnologii.

Výstupy z učení

Na konci tohoto kurzu bude student schopen: a) vysvětlit moderní principy biofyzikálních metod,
b) použít základy fyzikální chemie v biologické praxi,
c) nabyté vědomosti použít v přípravě bakalářské práce,
d) získané vědomosti využít v teorii (výpočty struktur) a v praxi (experiment, který teoretické výpočty ověří),
e) interpretovat nové trendy, taktiky a strategie biofyzikální chemie.

Osnova

• 1. Experiment biofyzikální chemie (taktika a strategie volby metody, obecný postup řešení struktury a interakcí biomolekul)
• 2. Transport v biologickém systému (difúze, osmóza, viskozita)
• 3. Techniky studia transportu biomolekul (centrifugace, chromatografie, elektroforéza)
• 4. Elektrický potenciál, energie a teplo (elektrofyziologie, hmotnostní spektrometrie, kalorimetrie)
• 5. Rozptyl, refrakce, difrakce a interpretace jejich dat
• 6. Elektronová a vibrační spektroskopie I (energetické stavy, UV- Vis, infračervená a Ramanova spektroskopie)
• 7. Elektronová a vibrační spektroskopie II (fluorescence, FRET, fosforescence, chiroptická spectra, rentgenová spektroskopie)
• 8. Magnetická rezonance (nukleární magnetická resonance - NMR a elektronová paramagnetická resonance - EPR)
• 9. Mikroskopie (elektronová mikroskopie - SEM a TEM, mikroskopie atomárních sil - AFM)
• 10. Metody studia jedné molekuly (manipulace, elektrické a optické vlastnosti biomolekuly)
• 11. Elektrochemické metody a jejich využití v biosensorech (bioelektrochemie, nanoelektrochemie)
• 12. Matematické a statistické zpracování dat (úvod do Fourierovských metod, multikomponentní analýza, umělé neuronové sítě).

Literatura

povinná literatura
• CAMPBELL, Iain D. Biophysical techniques. Oxford: Oxford University Press. ix, 353. ISBN 9780199642144. 2012. info
• KODÍČEK, Milan a Vladimír KARPENKO. Biofysikální chemie. Vyd. 3., opr. a rozš. Praha: Academia. 423 s. ISBN 9788020022417. 2013. info

doporučená literatura
• ALLEN, James P. Biophysical chemistry. Oxford: Wiley-Blackwell Pub. xvi, 492. ISBN 9781405124362. 2008. info
• CANTOR, Charles R. a Paul R. SCHIMMEL. Biophysical chemistry. Part II, Techniques for the study of biological structure and function. 12th print. New York: W.H. Freeman and Company. xxix, s. 3. ISBN 0-7167-1189-3. 2001. info
• CANTOR, Charles R. a Paul R. SCHIMMEL. Biophysical chemistry. Part III, The behavior of biological macromolecules. New York: W.H. Freeman and Company. xxix, s. 8. ISBN 0-7167-1191-5. 1980. info
• CANTOR, Charles R. a Paul R. SCHIMMEL. Biophysical chemistry. Part I, The conformation of biological macromolecules. 11th print. New York: W.H. Freeman and Company. xxii, 341. ISBN 0-7167-1042-0. 1999. info

Výukové metody

přednášky, ppt prezentace, konzultace

Metody hodnocení

written test and oral exam

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

C5855 Metody biofyzikální chemie

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.
Vyučováno online.

Vyučující

doc. Mgr. Zdeněk Farka, Ph.D. (přednášející)
doc. RNDr. Mgr. Jozef Hritz, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Mgr. Iveta Třísková, Ph.D. (přednášející)

Garance

doc. RNDr. Mgr. Jozef Hritz, Ph.D.
Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 13:00–14:50 C12/311

Předpoklady

předchozí absolvování C5850 Základy biofyzikální chemie
doporučuje se současně absolvovat C5856 Metody biofyzikální chemie - seminář

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Biofyzikální chemie (program PřF, B-CH)
• Fyzikální chemie (program PřF, N-CH)

Cíle předmětu

Studenti v tomto kurzu získají fyzikálně chemické základy biofyzikálních metod používaných v genomice, proteomice, biotechnologii a bionanotechnologii.

Výstupy z učení

Na konci tohoto kurzu bude student schopen: a) vysvětlit moderní principy biofyzikálních metod,
b) použít základy fyzikální chemie v biologické praxi,
c) nabyté vědomosti použít v přípravě bakalářské práce,
d) získané vědomosti využít v teorii (výpočty struktur) a v praxi (experiment, který teoretické výpočty ověří),
e) interpretovat nové trendy, taktiky a strategie biofyzikální chemie.

Osnova

• 1. Experiment biofyzikální chemie (taktika a strategie volby metody, obecný postup řešení struktury a interakcí biomolekul)
• 2. Transport v biologickém systému (difúze, osmóza, viskozita)
• 3. Techniky studia transportu biomolekul (centrifugace, chromatografie, elektroforéza)
• 4. Elektrický potenciál, energie a teplo (elektrofyziologie, hmotnostní spektrometrie, kalorimetrie)
• 5. Rozptyl, refrakce, difrakce a interpretace jejich dat
• 6. Elektronová a vibrační spektroskopie I (energetické stavy, UV- Vis, infračervená a Ramanova spektroskopie)
• 7. Elektronová a vibrační spektroskopie II (fluorescence, FRET, fosforescence, chiroptická spectra, rentgenová spektroskopie)
• 8. Magnetická rezonance (nukleární magnetická resonance - NMR a elektronová paramagnetická resonance - EPR)
• 9. Mikroskopie (elektronová mikroskopie - SEM a TEM, mikroskopie atomárních sil - AFM)
• 10. Metody studia jedné molekuly (manipulace, elektrické a optické vlastnosti biomolekuly)
• 11. Elektrochemické metody a jejich využití v biosensorech (bioelektrochemie, nanoelektrochemie)
• 12. Matematické a statistické zpracování dat (úvod do Fourierovských metod, multikomponentní analýza, umělé neuronové sítě).

Literatura

povinná literatura
• CAMPBELL, Iain D. Biophysical techniques. Oxford: Oxford University Press. ix, 353. ISBN 9780199642144. 2012. info
• KODÍČEK, Milan a Vladimír KARPENKO. Biofysikální chemie. Vyd. 3., opr. a rozš. Praha: Academia. 423 s. ISBN 9788020022417. 2013. info

doporučená literatura
• ALLEN, James P. Biophysical chemistry. Oxford: Wiley-Blackwell Pub. xvi, 492. ISBN 9781405124362. 2008. info
• CANTOR, Charles R. a Paul R. SCHIMMEL. Biophysical chemistry. Part II, Techniques for the study of biological structure and function. 12th print. New York: W.H. Freeman and Company. xxix, s. 3. ISBN 0-7167-1189-3. 2001. info
• CANTOR, Charles R. a Paul R. SCHIMMEL. Biophysical chemistry. Part III, The behavior of biological macromolecules. New York: W.H. Freeman and Company. xxix, s. 8. ISBN 0-7167-1191-5. 1980. info
• CANTOR, Charles R. a Paul R. SCHIMMEL. Biophysical chemistry. Part I, The conformation of biological macromolecules. 11th print. New York: W.H. Freeman and Company. xxii, 341. ISBN 0-7167-1042-0. 1999. info

Výukové metody

přednášky, ppt prezentace, konzultace

Metody hodnocení

written test and oral exam

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

C5855 Metody biofyzikální chemie

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.
Vyučováno online.

Vyučující

prof. RNDr. Libuše Trnková, CSc. (přednášející)
doc. RNDr. Mgr. Jozef Hritz, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Mgr. Iveta Třísková, Ph.D. (přednášející)
doc. Mgr. Zdeněk Farka, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Libuše Trnková, CSc.

Předpoklady

předchozí absolvování C5850 Základy biofyzikální chemie
doporučuje se současně absolvovat C5856 Metody biofyzikální chemie - seminář

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Biofyzikální chemie (program PřF, B-CH)
• Fyzikální chemie (program PřF, N-CH)

Cíle předmětu

Studenti v tomto kurzu získají fyzikálně chemické základy biofyzikálních metod používaných v genomice, proteomice, biotechnologii a bionanotechnologii.

Výstupy z učení

Na konci tohoto kurzu bude student schopen: a) vysvětlit moderní principy biofyzikálních metod,
b) použít základy fyzikální chemie v biologické praxi,
c) nabyté vědomosti použít v přípravě bakalářské práce,
d) získané vědomosti využít v teorii (výpočty struktur) a v praxi (experiment, který teoretické výpočty ověří),
e) interpretovat nové trendy, taktiky a strategie biofyzikální chemie.

Osnova

• 1. Experiment biofyzikální chemie (taktika a strategie volby metody, obecný postup řešení struktury a interakcí biomolekul)
• 2. Transport v biologickém systému (difúze, osmóza, viskozita)
• 3. Techniky studia transportu biomolekul (centrifugace, chromatografie, elektroforéza)
• 4. Elektrický potenciál, energie a teplo (elektrofyziologie, hmotnostní spektrometrie, kalorimetrie)
• 5. Rozptyl, refrakce, difrakce a interpretace jejich dat
• 6. Elektronová a vibrační spektroskopie I (energetické stavy, UV- Vis, infračervená a Ramanova spektroskopie)
• 7. Elektronová a vibrační spektroskopie II (fluorescence, FRET, fosforescence, chiroptická spectra, rentgenová spektroskopie)
• 8. Magnetická rezonance (nukleární magnetická resonance - NMR a elektronová paramagnetická resonance - EPR)
• 9. Mikroskopie (elektronová mikroskopie - SEM a TEM, mikroskopie atomárních sil - AFM)
• 10. Metody studia jedné molekuly (manipulace, elektrické a optické vlastnosti biomolekuly)
• 11. Elektrochemické metody a jejich využití v biosensorech (bioelektrochemie, nanoelektrochemie)
• 12. Matematické a statistické zpracování dat (úvod do Fourierovských metod, multikomponentní analýza, umělé neuronové sítě).

Literatura

povinná literatura
• CAMPBELL, Iain D. Biophysical techniques. Oxford: Oxford University Press. ix, 353. ISBN 9780199642144. 2012. info
• KODÍČEK, Milan a Vladimír KARPENKO. Biofysikální chemie. Vyd. 3., opr. a rozš. Praha: Academia. 423 s. ISBN 9788020022417. 2013. info

doporučená literatura
• ALLEN, James P. Biophysical chemistry. Oxford: Wiley-Blackwell Pub. xvi, 492. ISBN 9781405124362. 2008. info
• CANTOR, Charles R. a Paul R. SCHIMMEL. Biophysical chemistry. Part II, Techniques for the study of biological structure and function. 12th print. New York: W.H. Freeman and Company. xxix, s. 3. ISBN 0-7167-1189-3. 2001. info
• CANTOR, Charles R. a Paul R. SCHIMMEL. Biophysical chemistry. Part III, The behavior of biological macromolecules. New York: W.H. Freeman and Company. xxix, s. 8. ISBN 0-7167-1191-5. 1980. info
• CANTOR, Charles R. a Paul R. SCHIMMEL. Biophysical chemistry. Part I, The conformation of biological macromolecules. 11th print. New York: W.H. Freeman and Company. xxii, 341. ISBN 0-7167-1042-0. 1999. info

Výukové metody

přednášky, ppt prezentace, konzultace

Metody hodnocení

written test and oral exam

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

C5855 Metody biofyzikální chemie

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.
Vyučováno online.

Vyučující

prof. RNDr. Libuše Trnková, CSc. (přednášející)
doc. RNDr. Mgr. Jozef Hritz, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Mgr. Iveta Třísková, Ph.D. (přednášející)
doc. Mgr. Zdeněk Farka, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Libuše Trnková, CSc.

Rozvrh

Po 10:00–11:50 C12/311

Předpoklady

předchozí absolvování C5850 Základy biofyzikální chemie
doporučuje se současně absolvovat C5856 Metody biofyzikální chemie - seminář

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Biofyzikální chemie (program PřF, B-CH)
• Fyzikální chemie (program PřF, N-CH)

Cíle předmětu

Studenti v tomto kurzu získají fyzikálně chemické základy biofyzikálních metod používaných v genomice, proteomice, biotechnologii a bionanotechnologii.

Výstupy z učení

Na konci tohoto kurzu bude student schopen: a) vysvětlit moderní principy biofyzikálních metod,
b) použít základy fyzikální chemie v biologické praxi,
c) nabyté vědomosti použít v přípravě bakalářské práce,
d) získané vědomosti využít v teorii (výpočty struktur) a v praxi (experiment, který teoretické výpočty ověří),
e) interpretovat nové trendy, taktiky a strategie biofyzikální chemie.

Osnova

• 1. Experiment biofyzikální chemie (taktika a strategie volby metody, obecný postup řešení struktury a interakcí biomolekul)
• 2. Transport v biologickém systému (difúze, osmóza, viskozita)
• 3. Techniky studia transportu biomolekul (centrifugace, chromatografie, elektroforéza)
• 4. Elektrický potenciál, energie a teplo (elektrofyziologie, hmotnostní spektrometrie, kalorimetrie)
• 5. Rozptyl, refrakce, difrakce a interpretace jejich dat
• 6. Elektronová a vibrační spektroskopie I (energetické stavy, UV- Vis, infračervená a Ramanova spektroskopie)
• 7. Elektronová a vibrační spektroskopie II (fluorescence, FRET, fosforescence, chiroptická spectra, rentgenová spektroskopie)
• 8. Magnetická rezonance (nukleární magnetická resonance - NMR a elektronová paramagnetická resonance - EPR)
• 9. Mikroskopie (elektronová mikroskopie - SEM a TEM, mikroskopie atomárních sil - AFM)
• 10. Metody studia jedné molekuly (manipulace, elektrické a optické vlastnosti biomolekuly)
• 11. Elektrochemické metody a jejich využití v biosensorech (bioelektrochemie, nanoelektrochemie)
• 12. Matematické a statistické zpracování dat (úvod do Fourierovských metod, multikomponentní analýza, umělé neuronové sítě).

Literatura

povinná literatura
• CAMPBELL, Iain D. Biophysical techniques. Oxford: Oxford University Press. ix, 353. ISBN 9780199642144. 2012. info
• KODÍČEK, Milan a Vladimír KARPENKO. Biofysikální chemie. Vyd. 3., opr. a rozš. Praha: Academia. 423 s. ISBN 9788020022417. 2013. info

doporučená literatura
• ALLEN, James P. Biophysical chemistry. Oxford: Wiley-Blackwell Pub. xvi, 492. ISBN 9781405124362. 2008. info
• CANTOR, Charles R. a Paul R. SCHIMMEL. Biophysical chemistry. Part II, Techniques for the study of biological structure and function. 12th print. New York: W.H. Freeman and Company. xxix, s. 3. ISBN 0-7167-1189-3. 2001. info
• CANTOR, Charles R. a Paul R. SCHIMMEL. Biophysical chemistry. Part III, The behavior of biological macromolecules. New York: W.H. Freeman and Company. xxix, s. 8. ISBN 0-7167-1191-5. 1980. info
• CANTOR, Charles R. a Paul R. SCHIMMEL. Biophysical chemistry. Part I, The conformation of biological macromolecules. 11th print. New York: W.H. Freeman and Company. xxii, 341. ISBN 0-7167-1042-0. 1999. info

Výukové metody

přednášky, ppt prezentace, konzultace

Metody hodnocení

written test and oral exam

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

C5855 Metody biofyzikální chemie

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.
Vyučováno online.

Vyučující

prof. RNDr. Libuše Trnková, CSc. (přednášející)
doc. RNDr. Mgr. Jozef Hritz, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Mgr. Iveta Třísková, Ph.D. (přednášející)
doc. Mgr. Zdeněk Farka, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Libuše Trnková, CSc.

Rozvrh

St 8:00–9:50 Kontaktujte učitele

Předpoklady

předchozí absolvování C5850 Základy biofyzikální chemie
doporučuje se současně absolvovat C5856 Metody biofyzikální chemie - seminář

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Biofyzikální chemie (program PřF, B-CH)
• Fyzikální chemie (program PřF, N-CH)

Cíle předmětu

Studenti v tomto kurzu získají fyzikálně chemické základy biofyzikálních metod používaných v genomice, proteomice, biotechnologii a bionanotechnologii.

Výstupy z učení

Na konci tohoto kurzu bude student schopen: a) vysvětlit moderní principy biofyzikálních metod,
b) použít základy fyzikální chemie v biologické praxi,
c) nabyté vědomosti použít v přípravě bakalářské práce,
d) získané vědomosti využít v teorii (výpočty struktur) a v praxi (experiment, který teoretické výpočty ověří),
e) interpretovat nové trendy, taktiky a strategie biofyzikální chemie.

Osnova

• 1. Experiment biofyzikální chemie (taktika a strategie volby metody, obecný postup řešení struktury a interakcí biomolekul)
• 2. Transport v biologickém systému (difúze, osmóza, viskozita)
• 3. Techniky studia transportu biomolekul (centrifugace, chromatografie, elektroforéza)
• 4. Elektrický potenciál, energie a teplo (elektrofyziologie, hmotnostní spektrometrie, kalorimetrie)
• 5. Rozptyl, refrakce, difrakce a interpretace jejich dat
• 6. Elektronová a vibrační spektroskopie I (energetické stavy, UV- Vis, infračervená a Ramanova spektroskopie)
• 7. Elektronová a vibrační spektroskopie II (fluorescence, FRET, fosforescence, chiroptická spectra, rentgenová spektroskopie)
• 8. Magnetická rezonance (nukleární magnetická resonance - NMR a elektronová paramagnetická resonance - EPR)
• 9. Mikroskopie (elektronová mikroskopie - SEM a TEM, mikroskopie atomárních sil - AFM)
• 10. Metody studia jedné molekuly (manipulace, elektrické a optické vlastnosti biomolekuly)
• 11. Elektrochemické metody a jejich využití v biosensorech (bioelektrochemie, nanoelektrochemie)
• 12. Matematické a statistické zpracování dat (úvod do Fourierovských metod, multikomponentní analýza, umělé neuronové sítě).

Literatura

povinná literatura
• CAMPBELL, Iain D. Biophysical techniques. Oxford: Oxford University Press. ix, 353. ISBN 9780199642144. 2012. info
• KODÍČEK, Milan a Vladimír KARPENKO. Biofysikální chemie. Vyd. 3., opr. a rozš. Praha: Academia. 423 s. ISBN 9788020022417. 2013. info

doporučená literatura
• ALLEN, James P. Biophysical chemistry. Oxford: Wiley-Blackwell Pub. xvi, 492. ISBN 9781405124362. 2008. info
• CANTOR, Charles R. a Paul R. SCHIMMEL. Biophysical chemistry. Part II, Techniques for the study of biological structure and function. 12th print. New York: W.H. Freeman and Company. xxix, s. 3. ISBN 0-7167-1189-3. 2001. info
• CANTOR, Charles R. a Paul R. SCHIMMEL. Biophysical chemistry. Part III, The behavior of biological macromolecules. New York: W.H. Freeman and Company. xxix, s. 8. ISBN 0-7167-1191-5. 1980. info
• CANTOR, Charles R. a Paul R. SCHIMMEL. Biophysical chemistry. Part I, The conformation of biological macromolecules. 11th print. New York: W.H. Freeman and Company. xxii, 341. ISBN 0-7167-1042-0. 1999. info

Výukové metody

přednášky, ppt prezentace, konzultace

Metody hodnocení

written test and oral exam

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

C5855 Metody biofyzikální chemie

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.

Vyučující

prof. RNDr. Libuše Trnková, CSc. (přednášející)
doc. RNDr. Mgr. Jozef Hritz, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Mgr. Iveta Třísková, Ph.D. (přednášející)
doc. Mgr. Zdeněk Farka, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Libuše Trnková, CSc.

Rozvrh

Út 8:00–9:50 C12/311

Předpoklady

předchozí absolvování C5850 Základy biofyzikální chemie
doporučuje se současně absolvovat C5856 Metody biofyzikální chemie - seminář

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Biofyzikální chemie (program PřF, B-CH)
• Fyzikální chemie (program PřF, N-CH)

Cíle předmětu

Studenti v tomto kurzu získají fyzikálně chemické základy biofyzikálních metod používaných v genomice, proteomice, biotechnologii a bionanotechnologii.

Výstupy z učení

Na konci tohoto kurzu bude student schopen: a) vysvětlit moderní principy biofyzikálních metod,
b) použít základy fyzikální chemie v biologické praxi,
c) nabyté vědomosti použít v přípravě bakalářské práce,
d) získané vědomosti využít v teorii (výpočty struktur) a v praxi (experiment, který teoretické výpočty ověří),
e) interpretovat nové trendy, taktiky a strategie biofyzikální chemie.

Osnova

• 1. Experiment biofyzikální chemie (taktika a strategie volby metody, obecný postup řešení struktury a interakcí biomolekul)
• 2. Transport v biologickém systému (difúze, osmóza, viskozita)
• 3. Techniky studia transportu biomolekul (centrifugace, chromatografie, elektroforéza)
• 4. Elektrický potenciál, energie a teplo (elektrofyziologie, hmotnostní spektrometrie, kalorimetrie)
• 5. Rozptyl, refrakce, difrakce a interpretace jejich dat
• 6. Elektronová a vibrační spektroskopie I (energetické stavy, UV- Vis, infračervená a Ramanova spektroskopie)
• 7. Elektronová a vibrační spektroskopie II (fluorescence, FRET, fosforescence, chiroptická spectra, rentgenová spektroskopie)
• 8. Magnetická rezonance (nukleární magnetická resonance - NMR a elektronová paramagnetická resonance - EPR)
• 9. Mikroskopie (elektronová mikroskopie - SEM a TEM, mikroskopie atomárních sil - AFM)
• 10. Metody studia jedné molekuly (manipulace, elektrické a optické vlastnosti biomolekuly)
• 11. Elektrochemické metody a jejich využití v biosensorech (bioelektrochemie, nanoelektrochemie)
• 12. Matematické a statistické zpracování dat (úvod do Fourierovských metod, multikomponentní analýza, umělé neuronové sítě).

Literatura

povinná literatura
• CAMPBELL, Iain D. Biophysical techniques. Oxford: Oxford University Press. ix, 353. ISBN 9780199642144. 2012. info
• KODÍČEK, Milan a Vladimír KARPENKO. Biofysikální chemie. Vyd. 3., opr. a rozš. Praha: Academia. 423 s. ISBN 9788020022417. 2013. info

doporučená literatura
• ALLEN, James P. Biophysical chemistry. Oxford: Wiley-Blackwell Pub. xvi, 492. ISBN 9781405124362. 2008. info
• CANTOR, Charles R. a Paul R. SCHIMMEL. Biophysical chemistry. Part II, Techniques for the study of biological structure and function. 12th print. New York: W.H. Freeman and Company. xxix, s. 3. ISBN 0-7167-1189-3. 2001. info
• CANTOR, Charles R. a Paul R. SCHIMMEL. Biophysical chemistry. Part III, The behavior of biological macromolecules. New York: W.H. Freeman and Company. xxix, s. 8. ISBN 0-7167-1191-5. 1980. info
• CANTOR, Charles R. a Paul R. SCHIMMEL. Biophysical chemistry. Part I, The conformation of biological macromolecules. 11th print. New York: W.H. Freeman and Company. xxii, 341. ISBN 0-7167-1042-0. 1999. info

Výukové metody

přednášky, ppt prezentace, konzultace

Metody hodnocení

written test and oral exam

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

C5855 Metody biofyzikální chemie

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.

Vyučující

prof. RNDr. Libuše Trnková, CSc. (přednášející)
doc. RNDr. Mgr. Jozef Hritz, Ph.D. (přednášející)
doc. Mgr. Zdeněk Farka, Ph.D. (přednášející)
doc. Mgr. Pavel Plevka, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Tomáš Klumpler, Ph.D. (přednášející)
prof. RNDr. Zbyněk Prokop, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Veronika Štěpánková, Ph.D. (přednášející)
doc. Mgr. David Bednář, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Mgr. Iveta Třísková, Ph.D. (přednášející)
doc. Mgr. Radka Chaloupková, Ph.D. (přednášející)
prof. Dr. Jiří Kozelka, PhD. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Libuše Trnková, CSc.
Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 17. 9. až Pá 14. 12. Po 14:00–15:50 C12/311

Předpoklady

předchozí absolvování C5850 Základy biofyzikální chemie
doporučuje se současně absolvovat C5856 Metody biofyzikální chemie - seminář

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Biofyzikální chemie (program PřF, B-CH)
• Fyzikální chemie (program PřF, N-CH)

Cíle předmětu

Studenti v tomto kurzu získají rozsáhlé fyzikálně chemické základy v genomice, proteomice, biotechnologii a bionanotechnologii. Studenti se podrobně seznámí s moderními přístupy v oblasti biofyzikálně-chemického výzkumu, velmi užitečného v biofyzice, biochemii, lékařství, farmacii a potravinářství. Na konci tohoto kurzu bude student schopen: a) porozumět principům biofyzikálních metod, b) vysvětlit moderní principy biofyzikálních metod, c) použít základy fyzikální chemie v biologické praxi, d) nabyté vědomosti použít v přípravě bakalářské práce, e) získané vědomosti využít v teorii (výpočty struktur) a v praxi (experiment, který teoretické výpočty ověří), f) interpretovat nové trendy, taktiky a stratégie biofyzikální chemie.

Výstupy z učení

At the end of this course the student will be able: a) to understand the principles of biophysical methods, b) to explain the principles of modern biophysical methods, c) to use the fundamentals of physical chemistry in biological practice d) to use the knowledge gained for the preparation of the thesis, e) to use the knowledge gained in theory (structure calculation) and experience (experiment to verify the theoretical calculations) f) to interpret new trends, tactics and strategies of biophysical chemistry. Na konci tohoto kurzu bude student schopen: a) porozumět principům biofyzikálních metod, b) vysvětlit moderní principy biofyzikálních metod, c) použít základy fyzikální chemie v biologické praxi, d) nabyté vědomosti použít v přípravě bakalářské práce, e) získané vědomosti využít v teorii (výpočty struktur) a v praxi (experiment, který teoretické výpočty ověří), f) interpretovat nové trendy, taktiky a stratégie biofyzikální chemie.

Osnova

• 1. Chování biologických makromolekul (nukleových kyselin, proteinů a polysacharidů)
• 2. Biofyzikální chemie buňky a membrán (fyzikální chemie v biologii a biofyzice buňky i buněčných membrán, transport přes membránu)
• 3. Techniky pro studium struktur a funkcí biopolymerů (rozdělení metod, výhody a nevýhody, oblast aplikace, obecný postup řešení struktury biopolymeru pomocí různých technik)
• 4. Úvod do Fourierovských metod (použití Fourierovských transformací v náročných experimentálních metodách, výhoda a matematické zpracování signálů)
• 5. Biologické metody pro analýzu primární, sekundární a terciární struktury biomolekul (chemická metoda sekvenování, PCR)
• 6. Fyzikální metody pro analýzu primární, sekundární a terciární struktury biomolekul (RTG analýza, elektronová mikroskopie, rozptyl světla)
• 7. Spektrální metody pro analýzu primární, sekundární a terciární struktury biomolekul - NK a proteinů (UV-Vis, CD, NMR, MS)
• 8. Elektrochemické metody pro analýzu primární, sekundární a terciární struktury biomolekul - NK a proteinů (elektroforéza, dynamické metody, biosenzory)
• 9. Bioinformatika, genomika a proteomika (databáze, sekvenční analýza, genomy a metagenomy, microarray technologie, protein-protein a protein-DNA interakce)
• 10. Experimentální metody v molekulární biotechnologii I. a II. (izolace, amplifikace, sekvenace a rekombinace DNA), (exprese a izolace proteinů, metody strukturní a funkční charakterizace proteinů)
• 11. Molekulární biotechnologie v medicíně, v ochraně životního prostředí, v průmyslu a v zemědělství (buněčná a genová terapie, tkáňové inženýrství a regenerativní medicína, molekulární diagnostika, vakcíny, biosenzory, bioremediace, biopaliva, ochrana prostředí a dlouhodobě udržitelný rozvoj, využití biomasy, fermentační technologie, biokatalýza ve farmaceutickém a chemickém průmyslu, bílé a šedé biotechnologie v potravinářském průmyslu, genetické inženýrství rostlin a živočichů, klonování, GMO potraviny, biopesticidy).
• 12. Počítačové modelování struktur nukleových kyselin a proteinů (strukturní a funkční význam molekul DNA, RNA, ptoteinů; metody predikce sekundárních struktur biopolymerů)

Literatura

povinná literatura
• ALLEN, James P. Biophysical chemistry. Oxford: Wiley-Blackwell Pub. xvi, 492. ISBN 9781405124362. 2008. info
• CANTOR, Charles R. a Paul R. SCHIMMEL. Biophysical chemistry. Part II, Techniques for the study of biological structure and function. 12th print. New York: W.H. Freeman and Company. xxix, s. 3. ISBN 0-7167-1189-3. 2001. info
• CANTOR, Charles R. a Paul R. SCHIMMEL. Biophysical chemistry. Part I, The conformation of biological macromolecules. 11th print. New York: W.H. Freeman and Company. xxii, 341. ISBN 0-7167-1042-0. 1999. info
• CANTOR, Charles R. a Paul R. SCHIMMEL. Biophysical chemistry. Part III, The behavior of biological macromolecules. New York: W.H. Freeman and Company. xxix, s. 8. ISBN 0-7167-1191-5. 1980. info

doporučená literatura
• Biophysical chemistry of biointerfaces. Edited by Hiroyuki Ohshima. Hoboken: Wiley. xvi, 547 p. ISBN 9780470169353. 2010. info

Výukové metody

přednášky, testy, konzultace a ppt prezentace

Metody hodnocení

written test and oral exam

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

C5855 Metody biofyzikální chemie

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.

Vyučující

prof. RNDr. Libuše Trnková, CSc. (přednášející)
doc. RNDr. Mgr. Jozef Hritz, Ph.D. (přednášející)
doc. Mgr. Zdeněk Farka, Ph.D. (přednášející)
doc. Mgr. Pavel Plevka, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Tomáš Klumpler, Ph.D. (přednášející)
prof. RNDr. Zbyněk Prokop, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Veronika Štěpánková, Ph.D. (přednášející)
doc. Mgr. David Bednář, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Mgr. Iveta Třísková, Ph.D. (přednášející)
doc. Mgr. Radka Chaloupková, Ph.D. (přednášející)
prof. Dr. Jiří Kozelka, PhD. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Libuše Trnková, CSc.
Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta

Předpoklady

předchozí absolvování C5850 Základy biofyzikální chemie
doporučuje se současně absolvovat C5856 Metody biofyzikální chemie - seminář

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Biofyzikální chemie (program PřF, B-CH)
• Fyzikální chemie (program PřF, N-CH)

Cíle předmětu

Studenti v tomto kurzu získají rozsáhlé fyzikálně chemické základy v genomice, proteomice, biotechnologii a bionanotechnologii. Studenti se podrobně seznámí s moderními přístupy v oblasti biofyzikálně-chemického výzkumu, velmi užitečného v biofyzice, biochemii, lékařství, farmacii a potravinářství. Na konci tohoto kurzu bude student schopen: a) porozumět principům biofyzikálních metod, b) vysvětlit moderní principy biofyzikálních metod, c) použít základy fyzikální chemie v biologické praxi, d) nabyté vědomosti použít v přípravě bakalářské práce, e) získané vědomosti využít v teorii (výpočty struktur) a v praxi (experiment, který teoretické výpočty ověří), f) interpretovat nové trendy, taktiky a stratégie biofyzikální chemie.

Výstupy z učení

At the end of this course the student will be able: a) to understand the principles of biophysical methods, b) to explain the principles of modern biophysical methods, c) to use the fundamentals of physical chemistry in biological practice d) to use the knowledge gained for the preparation of the thesis, e) to use the knowledge gained in theory (structure calculation) and experience (experiment to verify the theoretical calculations) f) to interpret new trends, tactics and strategies of biophysical chemistry. Na konci tohoto kurzu bude student schopen: a) porozumět principům biofyzikálních metod, b) vysvětlit moderní principy biofyzikálních metod, c) použít základy fyzikální chemie v biologické praxi, d) nabyté vědomosti použít v přípravě bakalářské práce, e) získané vědomosti využít v teorii (výpočty struktur) a v praxi (experiment, který teoretické výpočty ověří), f) interpretovat nové trendy, taktiky a stratégie biofyzikální chemie.

Osnova

• 1. Chování biologických makromolekul (nukleových kyselin, proteinů a polysacharidů)
• 2. Biofyzikální chemie buňky a membrán (fyzikální chemie v biologii a biofyzice buňky i buněčných membrán, transport přes membránu)
• 3. Techniky pro studium struktur a funkcí biopolymerů (rozdělení metod, výhody a nevýhody, oblast aplikace, obecný postup řešení struktury biopolymeru pomocí různých technik)
• 4. Úvod do Fourierovských metod (použití Fourierovských transformací v náročných experimentálních metodách, výhoda a matematické zpracování signálů)
• 5. Biologické metody pro analýzu primární, sekundární a terciární struktury biomolekul (chemická metoda sekvenování, PCR)
• 6. Fyzikální metody pro analýzu primární, sekundární a terciární struktury biomolekul (RTG analýza, elektronová mikroskopie, rozptyl světla)
• 7. Spektrální metody pro analýzu primární, sekundární a terciární struktury biomolekul - NK a proteinů (UV-Vis, CD, NMR, MS)
• 8. Elektrochemické metody pro analýzu primární, sekundární a terciární struktury biomolekul - NK a proteinů (elektroforéza, dynamické metody, biosenzory)
• 9. Bioinformatika, genomika a proteomika (databáze, sekvenční analýza, genomy a metagenomy, microarray technologie, protein-protein a protein-DNA interakce)
• 10. Experimentální metody v molekulární biotechnologii I. a II. (izolace, amplifikace, sekvenace a rekombinace DNA), (exprese a izolace proteinů, metody strukturní a funkční charakterizace proteinů)
• 11. Molekulární biotechnologie v medicíně, v ochraně životního prostředí, v průmyslu a v zemědělství (buněčná a genová terapie, tkáňové inženýrství a regenerativní medicína, molekulární diagnostika, vakcíny, biosenzory, bioremediace, biopaliva, ochrana prostředí a dlouhodobě udržitelný rozvoj, využití biomasy, fermentační technologie, biokatalýza ve farmaceutickém a chemickém průmyslu, bílé a šedé biotechnologie v potravinářském průmyslu, genetické inženýrství rostlin a živočichů, klonování, GMO potraviny, biopesticidy).
• 12. Počítačové modelování struktur nukleových kyselin a proteinů (strukturní a funkční význam molekul DNA, RNA, ptoteinů; metody predikce sekundárních struktur biopolymerů)

Literatura

povinná literatura
• ALLEN, James P. Biophysical chemistry. Oxford: Wiley-Blackwell Pub. xvi, 492. ISBN 9781405124362. 2008. info
• CANTOR, Charles R. a Paul R. SCHIMMEL. Biophysical chemistry. Part II, Techniques for the study of biological structure and function. 12th print. New York: W.H. Freeman and Company. xxix, s. 3. ISBN 0-7167-1189-3. 2001. info
• CANTOR, Charles R. a Paul R. SCHIMMEL. Biophysical chemistry. Part I, The conformation of biological macromolecules. 11th print. New York: W.H. Freeman and Company. xxii, 341. ISBN 0-7167-1042-0. 1999. info
• CANTOR, Charles R. a Paul R. SCHIMMEL. Biophysical chemistry. Part III, The behavior of biological macromolecules. New York: W.H. Freeman and Company. xxix, s. 8. ISBN 0-7167-1191-5. 1980. info

doporučená literatura
• Biophysical chemistry of biointerfaces. Edited by Hiroyuki Ohshima. Hoboken: Wiley. xvi, 547 p. ISBN 9780470169353. 2010. info

Výukové metody

přednášky, testy, konzultace a ppt prezentace

Metody hodnocení

written test and oral exam

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

C5855 Metody biofyzikální chemie

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.

Vyučující

prof. RNDr. Libuše Trnková, CSc. (přednášející)
doc. RNDr. Mgr. Jozef Hritz, Ph.D. (přednášející)
doc. Mgr. Zdeněk Farka, Ph.D. (přednášející)
doc. Mgr. Pavel Plevka, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Tomáš Klumpler, Ph.D. (přednášející)
prof. RNDr. Zbyněk Prokop, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Veronika Štěpánková, Ph.D. (přednášející)
doc. Mgr. David Bednář, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Mgr. Iveta Třísková, Ph.D. (přednášející)
doc. Mgr. Radka Chaloupková, Ph.D. (přednášející)
prof. Dr. Jiří Kozelka, PhD. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Libuše Trnková, CSc.
Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Po 19. 9. až Ne 18. 12. Po 9:00–10:50 C12/311

Předpoklady

předchozí absolvování C5850 Základy biofyzikální chemie
doporučuje se současně absolvovat C5856 Metody biofyzikální chemie - seminář

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Biofyzikální chemie (program PřF, B-CH)
• Fyzikální chemie (program PřF, N-CH)

Cíle předmětu

Studenti v tomto kurzu získají rozsáhlé fyzikálně chemické základy v genomice, proteomice, biotechnologii a bionanotechnologii. Studenti se podrobně seznámí s moderními přístupy v oblasti biofyzikálně-chemického výzkumu, velmi užitečného v biofyzice, biochemii, lékařství, farmacii a potravinářství. Na konci tohoto kurzu bude student schopen: a) porozumět principům biofyzikálních metod, b) vysvětlit moderní principy biofyzikálních metod, c) použít základy fyzikální chemie v biologické praxi, d) nabyté vědomosti použít v přípravě bakalářské práce, e) získané vědomosti využít v teorii (výpočty struktur) a v praxi (experiment, který teoretické výpočty ověří), f) interpretovat nové trendy, taktiky a stratégie biofyzikální chemie.

Osnova

• 1. Chování biologických makromolekul (nukleových kyselin, proteinů a polysacharidů)
• 2. Biofyzikální chemie buňky a membrán (fyzikální chemie v biologii a biofyzice buňky i buněčných membrán, transport přes membránu)
• 3. Techniky pro studium struktur a funkcí biopolymerů (rozdělení metod, výhody a nevýhody, oblast aplikace, obecný postup řešení struktury biopolymeru pomocí různých technik)
• 4. Úvod do Fourierovských metod (použití Fourierovských transformací v náročných experimentálních metodách, výhoda a matematické zpracování signálů)
• 5. Biologické metody pro analýzu primární, sekundární a terciární struktury biomolekul (chemická metoda sekvenování, PCR)
• 6. Fyzikální metody pro analýzu primární, sekundární a terciární struktury biomolekul (RTG analýza, elektronová mikroskopie, rozptyl světla)
• 7. Spektrální metody pro analýzu primární, sekundární a terciární struktury biomolekul - NK a proteinů (UV-Vis, CD, NMR, MS)
• 8. Elektrochemické metody pro analýzu primární, sekundární a terciární struktury biomolekul - NK a proteinů (elektroforéza, dynamické metody, biosenzory)
• 9. Bioinformatika, genomika a proteomika (databáze, sekvenční analýza, genomy a metagenomy, microarray technologie, protein-protein a protein-DNA interakce)
• 10. Experimentální metody v molekulární biotechnologii I. a II. (izolace, amplifikace, sekvenace a rekombinace DNA), (exprese a izolace proteinů, metody strukturní a funkční charakterizace proteinů)
• 11. Molekulární biotechnologie v medicíně, v ochraně životního prostředí, v průmyslu a v zemědělství (buněčná a genová terapie, tkáňové inženýrství a regenerativní medicína, molekulární diagnostika, vakcíny, biosenzory, bioremediace, biopaliva, ochrana prostředí a dlouhodobě udržitelný rozvoj, využití biomasy, fermentační technologie, biokatalýza ve farmaceutickém a chemickém průmyslu, bílé a šedé biotechnologie v potravinářském průmyslu, genetické inženýrství rostlin a živočichů, klonování, GMO potraviny, biopesticidy).
• 12. Počítačové modelování struktur nukleových kyselin a proteinů (strukturní a funkční význam molekul DNA, RNA, ptoteinů; metody predikce sekundárních struktur biopolymerů)

Literatura

povinná literatura
• ALLEN, James P. Biophysical chemistry. Oxford: Wiley-Blackwell Pub. xvi, 492. ISBN 9781405124362. 2008. info
• CANTOR, Charles R. a Paul R. SCHIMMEL. Biophysical chemistry. Part II, Techniques for the study of biological structure and function. 12th print. New York: W.H. Freeman and Company. xxix, s. 3. ISBN 0-7167-1189-3. 2001. info
• CANTOR, Charles R. a Paul R. SCHIMMEL. Biophysical chemistry. Part I, The conformation of biological macromolecules. 11th print. New York: W.H. Freeman and Company. xxii, 341. ISBN 0-7167-1042-0. 1999. info
• CANTOR, Charles R. a Paul R. SCHIMMEL. Biophysical chemistry. Part III, The behavior of biological macromolecules. New York: W.H. Freeman and Company. xxix, s. 8. ISBN 0-7167-1191-5. 1980. info

doporučená literatura
• Biophysical chemistry of biointerfaces. Edited by Hiroyuki Ohshima. Hoboken: Wiley. xvi, 547 p. ISBN 9780470169353. 2010. info

Výukové metody

přednášky, testy, konzultace a ppt prezentace

Metody hodnocení

written test and oral exam

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

C5855 Metody biofyzikální chemie

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.

Vyučující

prof. RNDr. Libuše Trnková, CSc. (přednášející)
doc. RNDr. Mgr. Jozef Hritz, Ph.D. (přednášející)
prof. Dr. Jiří Kozelka, PhD. (přednášející)
Mgr. Jan Brezovský, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Antonín Hlaváček, Ph.D. (přednášející)
doc. Mgr. Pavel Plevka, Ph.D. (přednášející)
prof. RNDr. Zbyněk Prokop, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Šárka Nevolová, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Veronika Štěpánková, Ph.D. (přednášející)
doc. Mgr. Zdeněk Farka, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Libuše Trnková, CSc.
Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

St 14:00–15:50 C12/311

Předpoklady

předchozí absolvování C5850 Základy biofyzikální chemie
doporučuje se současně absolvovat C5856 Metody biofyzikální chemie - seminář

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Biofyzikální chemie (program PřF, B-CH)
• Fyzikální chemie (program PřF, N-CH)

Cíle předmětu

Studenti v tomto kurzu získají rozsáhlé fyzikálně chemické základy v genomice, proteomice, biotechnologii a bionanotechnologii. Studenti se podrobně seznámí s moderními přístupy v oblasti biofyzikálně-chemického výzkumu, velmi užitečného v biofyzice, biochemii, lékařství, farmacii a potravinářství. Na konci tohoto kurzu bude student schopen: a) porozumět principům biofyzikálních metod, b) vysvětlit moderní principy biofyzikálních metod, c) použít základy fyzikální chemie v biologické praxi, d) nabyté vědomosti použít v přípravě bakalářské práce, e) získané vědomosti využít v teorii (výpočty struktur) a v praxi (experiment, který teoretické výpočty ověří), f) interpretovat nové trendy, taktiky a stratégie biofyzikální chemie.

Osnova

• 1. Chování biologických makromolekul (nukleových kyselin, proteinů a polysacharidů)
• 2. Biofyzikální chemie buňky a membrán (fyzikální chemie v biologii a biofyzice buňky i buněčných membrán, transport přes membránu)
• 3. Techniky pro studium struktur a funkcí biopolymerů (rozdělení metod, výhody a nevýhody, oblast aplikace, obecný postup řešení struktury biopolymeru pomocí různých technik)
• 4. Úvod do Fourierovských metod (použití Fourierovských transformací v náročných experimentálních metodách, výhoda a matematické zpracování signálů)
• 5. Biologické metody pro analýzu primární, sekundární a terciární struktury biomolekul (chemická metoda sekvenování, PCR)
• 6. Fyzikální metody pro analýzu primární, sekundární a terciární struktury biomolekul (RTG analýza, elektronová mikroskopie, rozptyl světla)
• 7. Spektrální metody pro analýzu primární, sekundární a terciární struktury biomolekul - NK a proteinů (UV-Vis, CD, NMR, MS)
• 8. Elektrochemické metody pro analýzu primární, sekundární a terciární struktury biomolekul - NK a proteinů (elektroforéza, dynamické metody, biosenzory)
• 9. Bioinformatika, genomika a proteomika (databáze, sekvenční analýza, genomy a metagenomy, microarray technologie, protein-protein a protein-DNA interakce)
• 10. Experimentální metody v molekulární biotechnologii I. a II. (izolace, amplifikace, sekvenace a rekombinace DNA), (exprese a izolace proteinů, metody strukturní a funkční charakterizace proteinů)
• 11. Molekulární biotechnologie v medicíně, v ochraně životního prostředí, v průmyslu a v zemědělství (buněčná a genová terapie, tkáňové inženýrství a regenerativní medicína, molekulární diagnostika, vakcíny, biosenzory, bioremediace, biopaliva, ochrana prostředí a dlouhodobě udržitelný rozvoj, využití biomasy, fermentační technologie, biokatalýza ve farmaceutickém a chemickém průmyslu, bílé a šedé biotechnologie v potravinářském průmyslu, genetické inženýrství rostlin a živočichů, klonování, GMO potraviny, biopesticidy).
• 12. Počítačové modelování struktur nukleových kyselin a proteinů (strukturní a funkční význam molekul DNA, RNA, ptoteinů; metody predikce sekundárních struktur biopolymerů)

Literatura

povinná literatura
• ALLEN, James P. Biophysical chemistry. Oxford: Wiley-Blackwell Pub. xvi, 492. ISBN 9781405124362. 2008. info
• CANTOR, Charles R. a Paul R. SCHIMMEL. Biophysical chemistry. Part II, Techniques for the study of biological structure and function. 12th print. New York: W.H. Freeman and Company. xxix, s. 3. ISBN 0-7167-1189-3. 2001. info
• CANTOR, Charles R. a Paul R. SCHIMMEL. Biophysical chemistry. Part I, The conformation of biological macromolecules. 11th print. New York: W.H. Freeman and Company. xxii, 341. ISBN 0-7167-1042-0. 1999. info
• CANTOR, Charles R. a Paul R. SCHIMMEL. Biophysical chemistry. Part III, The behavior of biological macromolecules. New York: W.H. Freeman and Company. xxix, s. 8. ISBN 0-7167-1191-5. 1980. info

doporučená literatura
• Biophysical chemistry of biointerfaces. Edited by Hiroyuki Ohshima. Hoboken: Wiley. xvi, 547 p. ISBN 9780470169353. 2010. info

Výukové metody

přednášky, testy, konzultace a ppt prezentace

Metody hodnocení

written test and oral exam

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

C5855 Biofyzikální chemie II

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.

Vyučující

prof. RNDr. Libuše Trnková, CSc. (přednášející)
doc. RNDr. Mgr. Jozef Hritz, Ph.D. (přednášející)
prof. Dr. Jiří Kozelka, PhD. (přednášející)
Mgr. Jan Brezovský, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Antonín Hlaváček, Ph.D. (přednášející)
doc. Mgr. Pavel Plevka, Ph.D. (přednášející)
prof. RNDr. Zbyněk Prokop, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Šárka Nevolová, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Veronika Štěpánková, Ph.D. (přednášející)
doc. Mgr. Zdeněk Farka, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Libuše Trnková, CSc.
Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Pá 10:00–11:50 C12/311

Předpoklady

základy fyzikální chemie

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Biofyzikální chemie (program PřF, B-CH)
• Fyzikální chemie (program PřF, N-CH)

Cíle předmětu

Studenti v tomto kurzu získají rozsáhlé fyzikálně chemické základy v genomice, proteomice, biotechnologii a bionanotechnologii. Studenti se podrobně seznámí s moderními přístupy v oblasti biofyzikálně-chemického výzkumu, velmi užitečného v biofyzice, biochemii, lékařství, farmacii a potravinářství. Na konci tohoto kurzu bude student schopen: a) porozumět principům biofyzikálních metod, b) vysvětlit moderní principy biofyzikálních metod, c) použít základy fyzikální chemie v biologické praxi, d) nabyté vědomosti použít v přípravě bakalářské práce, e) získané vědomosti využít v teorii (výpočty struktur) a v praxi (experiment, který teoretické výpočty ověří), f) interpretovat nové trendy, taktiky a stratégie biofyzikální chemie.

Osnova

• 1. Chování biologických makromolekul (nukleových kyselin, proteinů a polysacharidů) 2. Biofyzikální chemie buňky a membrán (fyzikální chemie v biologii a biofyzice buňky i buněčných membrán, transport přes membránu) 3. Techniky pro studium struktur a funkcí biopolymerů (rozdělení metod, výhody a nevýhody, oblast aplikace, obecný postup řešení struktury biopolymeru pomocí různých technik) 4. Úvod do Fourierovských metod (použití Fourierovských transformací v náročných experimentálních metodách, výhoda a matematické zpracování signálů) 5. Biologické metody pro analýzu primární, sekundární a terciární struktury biomolekul (chemická metoda sekvenování, PCR) 6. Fyzikální metody pro analýzu primární, sekundární a terciární struktury biomolekul (RTG analýza, elektronová mikroskopie, rozptyl světla) 7. Spektrální metody pro analýzu primární, sekundární a terciární struktury biomolekul - NK a proteinů (UV-Vis, CD, NMR, MS) 8. Elektrochemické metody pro analýzu primární, sekundární a terciární struktury biomolekul - NK a proteinů (elektroforéza, dynamické metody, biosenzory) 9. Bioinformatika, genomika a proteomika (databáze, sekvenční analýza, genomy a metagenomy, microarray technologie, protein-protein a protein-DNA interakce) 10. Experimentální metody v molekulární biotechnologii I. a II. (izolace, amplifikace, sekvenace a rekombinace DNA), (exprese a izolace proteinů, metody strukturní a funkční charakterizace proteinů) 11. Molekulární biotechnologie v medicíně, v ochraně životního prostředí, v průmyslu a v zemědělství (buněčná a genová terapie, tkáňové inženýrství a regenerativní medicína, molekulární diagnostika, vakcíny, biosenzory, bioremediace, biopaliva, ochrana prostředí a dlouhodobě udržitelný rozvoj, využití biomasy, fermentační technologie, biokatalýza ve farmaceutickém a chemickém průmyslu, bílé a šedé biotechnologie v potravinářském průmyslu, genetické inženýrství rostlin a živočichů, klonování, GMO potraviny, biopesticidy). 12. Počítačové modelování struktur nukleových kyselin a proteinů (strukturní a funkční význam molekul DNA, RNA, ptoteinů; metody predikce sekundárních struktur biopolymerů)

Literatura

povinná literatura
• ALLEN, James P. Biophysical chemistry. Oxford: Wiley-Blackwell Pub. xvi, 492. ISBN 9781405124362. 2008. info
• CANTOR, Charles R. a Paul R. SCHIMMEL. Biophysical chemistry. Part II, Techniques for the study of biological structure and function. 12th print. New York: W.H. Freeman and Company. xxix, s. 3. ISBN 0-7167-1189-3. 2001. info
• CANTOR, Charles R. a Paul R. SCHIMMEL. Biophysical chemistry. Part I, The conformation of biological macromolecules. 11th print. New York: W.H. Freeman and Company. xxii, 341. ISBN 0-7167-1042-0. 1999. info
• CANTOR, Charles R. a Paul R. SCHIMMEL. Biophysical chemistry. Part III, The behavior of biological macromolecules. New York: W.H. Freeman and Company. xxix, s. 8. ISBN 0-7167-1191-5. 1980. info

doporučená literatura
• Biophysical chemistry of biointerfaces. Edited by Hiroyuki Ohshima. Hoboken: Wiley. xvi, 547 p. ISBN 9780470169353. 2010. info

Výukové metody

přednášky, testy, konzultace a ppt prezentace

Metody hodnocení

written test and oral exam

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

C5855 Biofyzikální chemie II

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). Ukončení: zk.

Vyučující

prof. RNDr. Libuše Trnková, CSc. (přednášející)
Mgr. Tomáš Klumpler, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Jan Brezovský, Ph.D. (přednášející)

Garance

prof. RNDr. Libuše Trnková, CSc.
Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta
Dodavatelské pracoviště: Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta

Rozvrh

Pá 11:00–12:50 C12/311

Předpoklady

absolvování C5850

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

• Biofyzikální chemie (program PřF, B-CH)
• Fyzikální chemie (program PřF, N-CH)

Cíle předmětu

Studenti v tomto kurzu získají rozsáhlé fyzikálně chemické základy v genomice, proteomice, biotechnologii a bionanotechnologii. Studenti se podrobně seznámí s moderními přístupy v oblasti biofyzikálně-chemického výzkumu, velmi užitečného v biofyzice, biochemii, lékařství, farmacii a potravinářství. Na konci tohoto kurzu bude student schopen: a) porozumět principům biofyzikálních metod, b) vysvětlit moderní principy biofyzikálních metod, c) použít základy fyzikální chemie v biologické praxi, d) nabyté vědomosti použít v přípravě bakalářské práce, e) získané vědomosti využít v teorii (výpočty struktur) a v praxi (experiment, který teoretické výpočty ověří), f) interpretovat nové trendy, taktiky a stratégie biofyzikální chemie.

Osnova

• 1. Chování biologických makromolekul (nukleových kyselin, proteinů a polysacharidů) 2. Biofyzikální chemie buňky a membrán (fyzikální chemie v biologii a biofyzice buňky i buněčných membrán, transport přes membránu) 3. Techniky pro studium struktur a funkcí biopolymerů (rozdělení metod, výhody a nevýhody, oblast aplikace, obecný postup řešení struktury biopolymeru pomocí různých technik) 4. Úvod do Fourierovských metod (použití Fourierovských transformací v náročných experimentálních metodách, výhoda a matematické zpracování signálů) 5. Biologické metody pro analýzu primární, sekundární a terciární struktury biomolekul (chemická metoda sekvenování, PCR) 6. Fyzikální metody pro analýzu primární, sekundární a terciární struktury biomolekul (RTG analýza, elektronová mikroskopie, rozptyl světla) 7. Spektrální metody pro analýzu primární, sekundární a terciární struktury biomolekul - NK a proteinů (UV-Vis, CD, NMR, MS) 8. Elektrochemické metody pro analýzu primární, sekundární a terciární struktury biomolekul - NK a proteinů (elektroforéza, dynamické metody, biosenzory) 9. Bioinformatika, genomika a proteomika (databáze, sekvenční analýza, genomy a metagenomy, microarray technologie, protein-protein a protein-DNA interakce) 10. Experimentální metody v molekulární biotechnologii I. a II. (izolace, amplifikace, sekvenace a rekombinace DNA), (exprese a izolace proteinů, metody strukturní a funkční charakterizace proteinů) 11. Molekulární biotechnologie v medicíně, v ochraně životního prostředí, v průmyslu a v zemědělství (buněčná a genová terapie, tkáňové inženýrství a regenerativní medicína, molekulární diagnostika, vakcíny, biosenzory, bioremediace, biopaliva, ochrana prostředí a dlouhodobě udržitelný rozvoj, využití biomasy, fermentační technologie, biokatalýza ve farmaceutickém a chemickém průmyslu, bílé a šedé biotechnologie v potravinářském průmyslu, genetické inženýrství rostlin a živočichů, klonování, GMO potraviny, biopesticidy). 12. Počítačové modelování struktur nukleových kyselin a proteinů (strukturní a funkční význam molekul DNA, RNA, ptoteinů; metody predikce sekundárních struktur biopolymerů)

Literatura

povinná literatura
• ALLEN, James P. Biophysical chemistry. Oxford: Wiley-Blackwell Pub. xvi, 492. ISBN 9781405124362. 2008. info
• CANTOR, Charles R. a Paul R. SCHIMMEL. Biophysical chemistry. Part II, Techniques for the study of biological structure and function. 12th print. New York: W.H. Freeman and Company. xxix, s. 3. ISBN 0-7167-1189-3. 2001. info
• CANTOR, Charles R. a Paul R. SCHIMMEL. Biophysical chemistry. Part I, The conformation of biological macromolecules. 11th print. New York: W.H. Freeman and Company. xxii, 341. ISBN 0-7167-1042-0. 1999. info
• CANTOR, Charles R. a Paul R. SCHIMMEL. Biophysical chemistry. Part III, The behavior of biological macromolecules. New York: W.H. Freeman and Company. xxix, s. 8. ISBN 0-7167-1191-5. 1980. info

doporučená literatura
• Biophysical chemistry of biointerfaces. Edited by Hiroyuki Ohshima. Hoboken: Wiley. xvi, 547 p. ISBN 9780470169353. 2010. info

Výukové metody

přednášky, testy, konzultace a ppt prezentace

Metody hodnocení

written test and oral exam

Další komentáře

Studijní materiály
Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.

C5855 Biofyzikální chemie II

Rozsah

2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.

Vyučující

prof. RNDr. Libuše Trnková, CSc. (přednášející)
RNDr. Kamila Neplechová, Ph.D. (pomocník)

Garance

prof. RNDr. Libuše Trnková, CSc.
Ústav chemie – Chemická sekce – Přírodovědecká fakulta

Omezení zápisu do předmětu

Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.

Mateřské obory/plány

předmět má 12 mateřských oborů, zobrazit

Další komentáře

Předmět je dovoleno ukončit i mimo zkouškové období.
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.

• Statistika zápisu (podzim 2024, nejnovější)