F8380 Základy molekulového modelování a bioinformatiky

Přírodovědecká fakulta
jaro 2020
Rozsah
1/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
Vyučující
Mgr. Kamila Réblová, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Naděžda Špačková, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Josef Humlíček, CSc.
Ústav fyziky kondenzovaných látek - Fyzikální sekce - Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. Karel Kubíček, PhD.
Dodavatelské pracoviště: Ústav fyziky kondenzovaných látek - Fyzikální sekce - Přírodovědecká fakulta
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory
  • Biofyzika (program PřF, N-FY, směr Molekulární biofyzika)
Cíle předmětu
Předmět se zaměřuje na základy molekulového modelování biomolekul pomocí molekulové dynamiky (MD). Přednáška je zaměřena na popis modelového systému, silového pole, použitých fyzikálně-chemických aproximací, přípravy biomolekulárního systému a samotné simulace MD. Diskutuje rovněž analýzu výsledků získaných ze simulací a další MD metody (např. LES, TMD, NEB nebo MMPBSA/MMGBSA). Předmětem přednášky bude rovněž seznámení se současnými bioinformatickými metodami (sekvenční alignmenty, databáze, homologní modelování a predikce struktur).
Výstupy z učení
Po absolvování kurzu bude student schopen:
- popsat a vysvětlit základní principy molekulární dynamiky (MD) a použité fyzikálně-chemické aproximace
- použít metodu MD na modelování biomolekul
- analyzovat a charakterizovat omezení metod MD
- popsat současné bioinformatické metody
Osnova
  • 1. Metody studia biomolekul na atomární úrovni, historie počítačových metod
  • 2. Definice silového pole a modelového systému
  • 3. Základy molekulové dynamiky (MD)
  • 4. Příprava biomolekul na simulaci MD
  • 5. Analýza výsledků MD
  • 6. Další simulační techniky
  • 7. Základy bioinformatiky
Literatura
  • Andrew R. Leach, Molecular Modelling: Principles and Applications, second edition, Published by Pearson Education EMA, January 2001
Výukové metody
Přednáška + diskuze v hodině
Metody hodnocení
kolokvium, písemný test (zahrnující 10 krátkých otázek) následovaný diskusí nad výsledky testu, k úspěšnému zakončení je třeba 70% správných odpovědí
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2011 - akreditace, jaro 2009, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012, jaro 2012 - akreditace, jaro 2013, jaro 2014, jaro 2015, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2018, jaro 2019.
  • Statistika zápisu (nejnovější)
  • Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/jaro2020/F8380