S5015 Light microscopy methods in biology

Přírodovědecká fakulta
podzim 2021
Rozsah
1/0/0. 4 x 90 minutes lectures per semestr. 1 kr. (plus 1 za k). Ukončení: k.
Vyučováno online.
Vyučující
Mgr. Milan Ešner, Ph.D. (přednášející)
Wojciech Krzysztof Jesionek, M.Sc., Ph.D. (přednášející)
Mgr. Petra Kučerová, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Jakub Pospíšil, Ph.D. (přednášející)
Garance
Mgr. Milan Ešner, Ph.D.
Národní centrum pro výzkum biomolekul – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Jitka Kvěchová
Dodavatelské pracoviště: Středoevropský technologický institut
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
The main goal of this course is to to acquaint students with the principles of light microscopy. Main imaging modalities used in life sciences research will be explained. Theoretical part will complemented with practicals.
It is recommended to complete the course in combination with "S5015c Light microscopy methods in biology - practical course".
Výstupy z učení
Students will be able to explain the basic principles and uses of light microscopy in life sciences reasearch.
It is recommended to complete the course in combination with "S5015c Light microscopy methods in biology - practical course".
Osnova
  • 4 x 90 minutes lectures - possible attend online via MS Teams or watch the recordings of the lectures (available as part of the study materials in IS MU):
  • 1) 30.9.2021, 9:00 - History of microscopy, fundamentals of light microscopy. Contrasting techniques in transmitted light microscopy – brightfield, darkfield, phase contrast, DIC. Widefield fluorescence microscopy - deconvolution, point spread function, point spread function measurements, description. Detectors in widefield microscopy, filters, light sources.
  • 2) 14.10.2021, 9:00 - Confocal microscopy - principles, types of confocal microscopes – scanning, spinning disc, channel vs spectral imaging, linear unmixing. Lasers, detectors, beam splitters, optical sections. Lightsheet microscopy.
  • 3) 25.10.2021, 9:00 - Imaging below diffraction limits – SIM, SMLM, STED.
  • 4) 4.11.2021, 9:00 - Basics of Image analysis – image types, pixels, voxels, basic filters, image processing, metadata, deconvolution, 3D visualization, objects detection, quantification.
  • It is recommended to complete the course in combination with "S5015c Light microscopy methods in biology - practical course".
Výukové metody
online lectures (e-learning)
Metody hodnocení
colloqium – discussion in a small group
Vyučovací jazyk
Angličtina
Další komentáře
Studijní materiály
Poznámka k četnosti výuky: 4 x 90 minutes lectures per semestr.
  • Statistika zápisu (nejnovější)
  • Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/podzim2021/S5015