F8380 Základy molekulového modelování a bioinformatiky

Přírodovědecká fakulta
jaro 2009
Rozsah
1/0. 1 kr. (plus ukončení). Ukončení: k.
Vyučující
Mgr. Kamila Réblová, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Naděžda Špačková, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Josef Humlíček, CSc.
Ústav fyziky kondenzovaných látek – Fyzikální sekce – Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. Mgr. Karel Kubíček, PhD.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
  • Biofyzika (program PřF, M-FY)
  • Biofyzika (program PřF, N-FY, směr Molekulární biofyzika)
Cíle předmětu
Předmět se zaměřuje na základy molekulového modelování biomolekul pomocí molekulové dynamiky (MD). Přednáška je zaměřena na popis in silico biomodelu, použitých fyzikálně-chemických aproximací a samotného výpočtu. Diskutuje rovněž analýzu výsledků získaných ze simulací a další MD metody (např. LES, TMD, NEB nebo MMPBSA/MMGBSA). Předmětem přednášky bude rovněž seznámení se současnými bioinformatickými metodami (sekvenční alignmenty, databáze, homologní modelování a predikce struktur).
Osnova
1. Definice silového pole, základní parametry 2. Popis biomodelu 3. Historie výpočetních metod 4. Základy molekulové dynamiky 5. Analýza MD výsledků 6. Další simulační techniky 7. Základy bioinformatiky
Literatura
  • Andrew R. Leach, Molecular Modelling: Principles and Applications, second edition, Published by Pearson Education EMA, January 2001
Metody hodnocení
Přednáška, diskuze v hodině; Kolokvium
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích jaro 2011 - akreditace, jaro 2010, jaro 2011, jaro 2012, jaro 2012 - akreditace, jaro 2013, jaro 2014, jaro 2015, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2018, jaro 2019, jaro 2020, jaro 2021, jaro 2022.