Bi7528 Analýza genomických a proteomických dat

Přírodovědecká fakulta
podzim 2010 - akreditace
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k, kz, z.
Vyučující
Mgr. Eva Budinská, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D.
RECETOX - Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. Eva Budinská, Ph.D.
Předpoklady
Bi5040 Biostatistika - základní kurz
Bi5040 Biostatistika – základní kurz, Bi8600 Vícerozměrné statistické metody, DSMBz01 Molekulární biologie a genetika, Bi3060 Obecná genetika Nutným předpokladem je dobrá znalost základní metodologie biostatistiky a základů molekulární biologie a genetiky . Doporučeno je absolvování předmětu Vícerozměrné statické metody (Bi8600).
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
Předmět si smí zapsat nejvýše 30 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/30, pouze zareg.: 0/30, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/30
Jiné omezení: Doporučení absolvovat Bi8600, DSMBz01, Bi3060
Cíle předmětu
Předmět patří do skupiny pokročilých kurzů analýzy dat a je zaměřen na analýzu dat produkovaných moderními „high density“ genomickými a proteomickými technologiemi jako jsou microarrays, SELDI-TOF, 2D-gelová elektroforéza apod. V úvodu předmětu se studenti seznámí s těmito technikami a také s obecnými principy analýzy jejich dat. Studenti se nejdříve dozví principy analýzy dat první úrovně a to analýzy obrazu, normalizace a kontroly kvality dat specificky pro jednotlivé technologie a dále mu budou představeny specifické metody pro následnou statistickou analýzu dat druhé úrovně. Tato část se bude věnovat zejména metodám hledání odlišně exprimovaných genů/proteinů, nalezení nových podskupin a vytváření klasifikačních pravidel. V další části se student naučí propojovat výsledky druhé úrovně analýzy dat s dalšími zdroji dat (klinické parametry, gene-ontology apod.) pro úspěšnou biologickou interpretaci výsledků. Výuka bude doplněna praktickými ukázkami a cvičeními na reálných datových souborech z veřejně přístupných databází na internetu.
Metody hodnocení
Výuka probíhá blokově a předmět je ukončen složením zkoušky formou písemného testu.
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.
předmět vyučován blokově.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2018, jaro 2019, jaro 2020, jaro 2021, jaro 2022.