EN

PřF:CG010 Proteomika - Informace o předmětu

CG010 Proteomika

Přírodovědecká fakulta
podzim 2010 - akreditace
Rozsah
2/0. 2 kr. (plus 2 za zk). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. Mgr. Jan Havliš, Dr. (přednášející)
doc. RNDr. Zbyněk Zdráhal, Dr. (přednášející)
doc. RNDr. Jan Hejátko, Ph.D. (přednášející)
doc. RNDr. Jaromír Marek, Ph.D. (přednášející)
Garance
doc. Mgr. Jan Havliš, Dr.
Ústav biochemie - Chemická sekce - Přírodovědecká fakulta
Předpoklady
základy biochemie, analytické a fyzikální chemie
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory
Cíle předmětu
na konci tohoto kurzu bude student schopen: porozumět a vysvětlit pojmy související s proteomikou; použít informace o proteinech a jejich komplexech k chápání role těchto v systémové biologii;
Osnova
  • Jan Hejátko
  • Úvod do proteomiky – definice proteomu (dynamický p.), vztah mezi genomikou a proteomikou, syntéza proteinů a základní hierarchie struktury proteinu, vlastnosti proteinů (velikost a tvar, polarita, náboj, reaktivita)
  • Jan Havliš
  • Expresní proteomika – podmínky a regulace exprese genových produktů (v různých podmínkách i ontogeneticky), identita proteinu: protoprotein, proteinový sestřih (intein, extein), post-translační modifikace, transport, lokalizace proteinů (např. proteiny buněčných membrán, sekretom), degradace, vztah mezi genotypem a fenotypem
  • Jaromír Marek
  • Strukturní proteomika – domény, terciární struktura, skládání proteinů, vztah prostředí a struktury, alosterie, modelování struktury
  • Jan Paleček
  • Funkční proteomika – role proteinů (enzymy, signální molekuly, transportní molekuly, stavební molekuly), vztah mezi strukturou a funkcí (domény, proteinové komplexy), vztah mezi lokalizací a funkcí (interakční mapy), vztah mezi obsahem (a formou) proteinu a funkcí, interakce s nebílkovinnými molekulami
  • Zbyněk Zdráhal
  • Bioinformatika a proteiny – Mw, pI, primární struktura, PTM, domény, terciární struktura, proteinové komplexy, genová ontologie (GO); fylogenetická podobnost, vliv mutací na strukturu a funkci
  • Zbyněk Zdráhal
  • Význam a využití proteomiky – kontextuální analytická proteomika, diagnostická proteomika (biomarkery), proteomika jedné buňky; proteomické aspekty systémové biologie
Literatura
    doporučená literatura
  • TWYMAN, R.M. Principles of proteomics. : BIOS Scientific Publishers, 2008. ISBN 1 85996 273 4. info
  • Proteomics. Edited by Timothy Palzkill. New York: Kluwer Academic Publishers, 2002. viii, 127. ISBN 0-306-46895-6. info
Výukové metody
výuka je založena na ppt prezentacích a jejich výkladu. prezentace budou dostupné jako studijní podklad (černobílý tisknutelný pdf s vysokým rozlišením a omezenými právy). vzhledem k výkladu, jenž prezentaci významně rozšiřuje, a neexistenci vhodných učebnic v českém jazyce pokrývajících některé části přednášky je vhodné přednášku navštěvovat.
Metody hodnocení
zkouška ústní; u studentů se předpokládá pochopení a znalost základních principů a jejich využití. zkouška se sestává ze tří základních otázek, které budou postupně v průběhu zkoušení rozvíjeny, aby student mohl prokázat míru porozumění tématu.
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Nachází se v prerekvizitách jiných předmětů
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018.