Bi7528 Analýza genomických a proteomických dat

Přírodovědecká fakulta
podzim 2010
Rozsah
2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Doporučované ukončení: zk. Jiná možná ukončení: k, kz, z.
Vyučující
Mgr. Eva Budinská, Ph.D. (přednášející)
Garance
prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D.
RECETOX - Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. Eva Budinská, Ph.D.
Předpoklady
Bi5040 Biostatistika - základní kurz
Bi5040 Biostatistika – základní kurz, Bi8600 Vícerozměrné statistické metody, DSMBz01 Molekulární biologie a genetika, Bi3060 Obecná genetika Nutným předpokladem je dobrá znalost základní metodologie biostatistiky a základů molekulární biologie a genetiky . Doporučeno je absolvování předmětu Vícerozměrné statické metody (Bi8600).
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je otevřen studentům libovolného oboru.
Předmět si smí zapsat nejvýše 30 stud.
Momentální stav registrace a zápisu: zapsáno: 0/30, pouze zareg.: 0/30, pouze zareg. s předností (mateřské obory): 0/30
Jiné omezení: Doporučení absolvovat Bi8600, DSMBz01, Bi3060
Cíle předmětu
Předmět patří do skupiny pokročilých kurzů analýzy dat a je zaměřen na analýzu dat produkovaných moderními „high density“ genomickými a proteomickými technologiemi jako jsou microarrays, SELDI-TOF, 2D-gelová elektroforéza apod. V úvodu předmětu se studenti seznámí s těmito technikami a také s obecnými principy analýzy jejich dat. Studenti se nejdříve dozví principy předzpracování dat a to analýzy obrazu, normalizace a kontroly kvality dat specificky pro jednotlivé technologie. Dále mu budou představeny specifické metody pro následnou statistickou analýzu dat první úrovně. Tato část se bude věnovat zejména metodám hledání odlišně exprimovaných genů/proteinů. V dalším se student seznámí s metodami druhého stupně analýzy - hledáním nových podskupin a vytvářením klasifikačních pravidel. Nakonec se student naučí propojovat výsledky druhé úrovně analýzy dat s dalšími zdroji dat (klinické parametry, genové ontologie apod.) pro úspěšnou biologickou interpretaci výsledků. Výuka bude doplněna praktickými ukázkami a učebný text s příklady k dispozici v e-learningové podobě.
Osnova
  • 1. Úvod 2. Současné výzvy genomiky a proteomiky 3. Současné technologie studia genomu a proteomu 4. Základní principy analýzy dat vysocevýkonných genomických a proteomických metod 5. Předzpracování dat – analýza obrazu, kontrola kvality, normalizace 6. Analýza dat prvního stupně: Hledání odlišne exprimovaných genů/proteinů 7. Analýza druhého stupně - hledání nových skupin, vytváření klasifikačních pravidel 8. Specifika analýzy dat jednotlivých technologií: 8a. Expresní mikročipy 8b. ArrayCGH 8c. ChIP-chip 8d. Hmotnostní spektrometrie 8e. 2D-gelová elektroforéza 9. Analýza genových drah 10. Meta-analýza 11. Interpretace dat
Literatura
  • Meta-analysis and combining information in genetics and genomics. Edited by Rudy Guerra - Darlene Renee Goldstein. Boca Raton: CRC Press, 2010. xxiii, 335. ISBN 9781584885221. info
  • Data analysis and visualization in genomics and proteomics. Edited by Francisco Azuaje - Joaquín Dopazo. Hoboken, NJ: John Wiley, 2005. xv, 267. ISBN 0470094397. info
Výukové metody
Teoretická příprava s dostupným online e-learningovým materiálem.
Metody hodnocení
Výuka probíhá blokově a předmět je ukončen složením zkoušky formou písemného testu.
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá blokově.
předmět vyučován blokově.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2010 - akreditace, podzim 2009, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2014, jaro 2016, jaro 2017, jaro 2018, jaro 2019, jaro 2020, jaro 2021, jaro 2022.