Bi7722 Metody analýzy mikroorganizmů II.

Přírodovědecká fakulta
podzim 2011 - akreditace

Údaje z období podzim 2011 - akreditace se nezveřejňují

Rozsah
2/0/0. 2 kr. (příf plus uk plus > 4). Ukončení: zk.
Vyučující
doc. RNDr. Alena Španová, CSc. (přednášející)
doc. Ing. Bohuslav Rittich, CSc. (přednášející)
RNDr. Marie Vojtíšková, CSc. (přednášející)
Garance
doc. RNDr. Alena Španová, CSc.
Ústav experimentální biologie - Biologická sekce - Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: doc. RNDr. Alena Španová, CSc.
Předpoklady
Výuka je určena zájemcům o pokročilé molekulární genetické a diagnostické metody, které se využívají při analýze mikroorganismů . Předpokladem zapsání předmětu je zkouška z předmětu Molekulární biologie (Bi4020), Obecná mikrobiologie (Bi4090).
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Na konci kursu budou studenti seznámeni s využitím pokročilých molekulárně biologicých metod v mikrobiologii. Budou schopni najít vhodný postup při řešení konkrétního problému a interpretovat výsledky.
Osnova
  • Různé éry studia mikrobiálních buněk. Metody kultivační. Metody nekultivační.
  • Techniky rekombinantní DNA a jejich význam při studiu mikroorganismů.
  • Příprava rekombinantních DNA molekul pro diagnostické účely. Sondy NK, jejich charakterizace a použití.
  • Značení a způsoby detekce sond.
  • Způsoby provedení hybridizace. Hybridizace v roztoku a na pevné fázi. Fluorescentní in situ hybridizace.
  • Mikročipy, jejich konstrukce a jejich použití v mikrobiologii.
  • Amplifikační metody v molekulární diagnostice mikroorganismů. Amplifikace cílové sekvence DNA, amplifikace sondy a signálu neseného sondou.
  • PCR v reálném čase. Detekce amplifikačních produktů v reálném čase. TaqMan sondy, hybridizační sondy, vlásenkové sondy a molekulární majáčky.
  • Enzymy používané při manipulaci s nukleovými kyselinami. Restrikční mapy. Detekce polymorfismů v genomech.
  • Molekulárně typizační metody v mikrobiologii. DNA fingerprinty. Analýza proteinů a proteinové fingerprinty.
  • Různé způsoby sekvencování nukleových kyselin a analýza DNA sekvencí.
  • Analýza mikrobiálních komunit – metagenomika.
  • Využití magnetických mikročástic v molekulární diagnostice mikroorganismů.
  • Využití mikroorganismů pro vyhledávání biologicky účinných látek.
  • Validace laboratorních mikrobiologických metod. Akreditace laboratoří.
Literatura
Výukové metody
Při výuce jsou používány prezentace v Powerpointu a na blanách. Při vysvětlování problematiky jsou využívány presentace výsledků vlastní analýzy reálných vzorků.
Metody hodnocení
Předmět je ukončen ústní zkouškou.. U ústní zkoušky dostane student 3 otázky. Celkový výsledek zkoušky je hodnocen zkoušejícími.
Navazující předměty
Další komentáře
Předmět je vyučován každoročně.
Výuka probíhá každý týden.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2002, podzim 2003, podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2012, podzim 2014, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018.