Bi1051 Úvod do matematické biologie a biomedicíny II

Přírodovědecká fakulta
jaro 2021
Rozsah
1/0/0. 1 kr. Ukončení: z.
Vyučující
prof. RNDr. Ladislav Dušek, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Jiří Jarkovský, Ph.D. (přednášející)
RNDr. Tomáš Pavlík, Ph.D. (přednášející)
Mgr. Eva Budinská, Ph.D. (přednášející)
Panagiotis Alexiou, PhD (přednášející)
Mgr. David Bednář, Ph.D. (přednášející)
doc. Mgr. Natália Martínková, Ph.D. (přednášející)
doc. Ing. Vlad Popovici, PhD (přednášející)
Garance
RNDr. Tomáš Pavlík, Ph.D.
RECETOX - Přírodovědecká fakulta
Kontaktní osoba: Mgr. Eva Budinská, Ph.D.
Dodavatelské pracoviště: RECETOX - Přírodovědecká fakulta
Rozvrh
Po 1. 3. až Pá 14. 5. Po 12:00–13:50 F01B1/709
Předpoklady
Nejsou - jde o základní kurz. Předmět navazuje na Úvod do matematické biologie a biomedicíny I.
Omezení zápisu do předmětu
Předmět je nabízen i studentům mimo mateřské obory.
Mateřské obory/plány
Cíle předmětu
Seznámit studenty s náplní oboru matematická biologie a biomedicína se zaměřením na specializaci Biomedicínská bioinformatika. Podrobněji studenty seznámit s vybranými tématy oboru zejména pomocí příkladů a základů jejich teorie.
Výstupy z učení
Student po absolvování předmětu:
- získá základní informace o struktuře studijního programu, o jednotlivých předmětech a jejich návaznostech,
- bude schopen definovat oblast zájmu matematické a výpočetní biologie,
- bude se orientovat v základních pojmech praktické analýzy dat molekulárně-biologických experimentů a jejích potenciálních limitacích,
- orientovat se v tématických oblastech, kterým se matematický biolog může věnovat v rámci své bakalářské práce.
Osnova
  • 1. Seznámení s garantujícím pracovištěm a studijním plánem Biomedicínská bioinformatika.
  • 2. Matematika, biologie, matematická biologie, biomedicína, bioinformatika.
  • 3. Design molekulárně-biologických experimentů, genomika a proteomika, aktuální technologie a zdroje vysokohustotních genomických a proteomických dat.
  • 4. Základní otázky, na které lze odpovědět studiem dat z molekulárně-biologických experimentů.
  • 5. Metody analýzy dat z molekulárně-biologických experimentů v porovnání a objevování skupin, klasifikaci a analýze přežití.
  • 6. Analýza sekvencí DNA.
  • 7. Analýza genomických a proteomických dat.
Literatura
  • DUŠEK, Ladislav, Jiří HŘEBÍČEK a Jiří JARKOVSKÝ. Proceedings of 1st International Summer School on Computational Biology. Brno: Masaryk University Press, 2005. 200 s. Proceedings of 1st International Summer School. ISBN 80-210-3907-8. info
  • BUDINSKA, Eva, Otakar FOJT a Ladislav DUŠEK. Bioinformatics in Genomics and Proteomics Data. 2009. URL info
  • BUDINSKA, Eva a Zbyněk BORTLÍČEK. E-learning in genomic and proteomic data analysis. 2009. URL info
  • Bioinformatics and computational biology solutions using R and bioconductor. Edited by Robert Gentleman. New York: Springer, 2005. xix, 473. ISBN 0387251464. info
Výukové metody
přednášky s aktivní účastí studentů
Metody hodnocení
účast na přednáškách, vypracování eseje na zadané téma související s obsahem studia
Další komentáře
Studijní materiály
Předmět je vyučován každoročně.
Předmět je zařazen také v obdobích podzim 2007 - akreditace, podzim 2010 - akreditace, podzim 2004, podzim 2005, podzim 2006, podzim 2007, podzim 2008, podzim 2009, podzim 2010, podzim 2011, podzim 2011 - akreditace, podzim 2012, podzim 2013, podzim 2015, podzim 2016, podzim 2017, podzim 2018, podzim 2019, jaro 2020, podzim 2020.
  • Statistika zápisu (nejnovější)
  • Permalink: https://is.muni.cz/predmet/sci/jaro2021/Bi1051