PřF BIOMB Biomedicínská bioinformatika
Název anglicky: Biomedical bioinformatics
navazující prezenční se specializací
Zahrnut v programu: PřF N-MBB Matematická biologie a biomedicína

Součásti SZZ a jejich obsah

Magisterská státní závěrečná zkouška se skládá ze tří částí, v případě prvních dvou se jedná o ústní zkoušku, v případě třetí pak o ústní obhajobu závěrečné práce:
1. Biologie a bioinformatika - specializační část SZZ je zaměřena na ověření znalostí z oblasti molekulární biologie, genetiky, bioinformatiky a pokročilých analytických metod pro hodnocení a interpretaci dat z vysoce výkonných technologií biomedicínských experimentů.
2. Matematika a statistika - tématické okruhy matematické části SZZ jsou zaměřeny na ověření základních i pokročilých znalostí z oblasti matematické statistiky, vícerozměrných metod a matematického modelování.
3. Obhajoba diplomové práce.

Návrh témat kvalifikačních prací a témata obhájených prací

1. Andrea Janotová (2012): Genové interakční sítě a jejich využití v odkrývání heterogenity nádoru kolorekta (https://is.muni.cz/auth/th/269452/prif_m/),
2. Barbora Zwinsová (2014): Heterogenita KRAS mutantních nádorů kolorekta z pohledu genové exprese (https://is.muni.cz/auth/th/356955/prif_m/),
3. Lucie Brožová (2015): Analýza genových interakcí na základě mikročipů a CGH čipů a jejich využití jako prediktorů u pacientů s mnohočetným myelomem (https://is.muni.cz/auth/th/357561/prif_m/),
4. Kamil Jaroň (2015): Simulace smíšené genetické informace pomocí Fisherova spojovacího modelu (https://is.muni.cz/auth/th/376090/prif_m/),
5. Anna Bílková (2016): Podíl falešné pozitivity ve studiích alternativního sestřihu v závislosti na volbě mapovacího algoritmu pro RNAseq dat (https://is.muni.cz/auth/th/394358/prif_m/).

Doporučený průchod studijním plánem

Společná část (60-80 kr.)

Diplomová práce (min 20kr.)

Kód Název Garant Ukončení Rozsah Kreditů Semestr Profilace
PřF:Bi0060Seminář (podle zaměření DP) IV L. Dušekz 0/2/02 4Z
PřF:Bi0061Diplomová práce IV. L. Dušekz 0/10/010 4Z
PřF:Bi7013Diplomová práce I L. Dušekz 0/5/05 1Z
PřF:Bi7014Seminář (podle zaměření DP) I L. Dušekz 0/2/01 1Z
PřF:Bi8014Seminář (podle zaměření DP) II L. Dušekz 0/2/01 2Z
PřF:Bi8017Diplomová práce II L. Dušekz 0/5/05 2Z
PřF:Bi9013Diplomová práce III L. Dušekz 0/10/05 3Z
PřF:Bi9014Seminář (podle zaměření DP) III L. Dušekz 0/2/01 3Z
30 kreditů

Povinné předměty

Kód Název Garant Ukončení Rozsah Kreditů Semestr Profilace
PřF:Bi0034Analýza a klasifikace dat J. Holčíkzk 2/1/03+2 1Z
PřF:Bi0180Magisterská státní závěrečná zkouška z Matematické biologie a biomedicíny L. Dušek- 0/0/0- 4Z
PřF:Bi8678Aplikovaná analýza přežití T. Pavlíkzk 2/0/02+2 1P
PřF:M5120Lineární statistické modely I S. Katinazk 2/2/04+2 1Z
PřF:M6120Lineární statistické modely II S. Katinazk 2/2/04+2 2Z
PřF:M7222Zobecněné lineární modely S. Katinazk 2/2/04+2 3Z
PřF:M7986Statistická inference I S. Katinazk 2/24+2 3P
PřF:M9211Bayesovské metody S. Katinazk 2/2/04+2 4-
39 kreditů

Povinně-volitelné předměty

Pokročilý cizí jazyk

Student si vybírá z nabídky Centra jazykového vzdělávání MU jeden z předmětů v hodnotě 2 kreditů. Je doporučeno absolvovat předmět JA002, pokud již nebyl absolvován v rámci bakalářského studia. V tomto případě se volí jiný cizí jazyk.

Kód Název Garant Ukončení Rozsah Kreditů Semestr Profilace
PřF:JA002Pokročilá odborná angličtina - zkouška E. Čoupkovázk 0/0/02 --
PřF:JF002Pokročilá odborná francouzština - zkouška D. Veškrnovázk 0/0/02 --
PřF:JN002Pokročilá odborná němčina - zkouška P. Chládkovázk 0/0/02 --
PřF:JR002Pokročilá odborná ruština - zkouška M. Ševečkovázk 0/0/02 --
PřF:JS002Pokročilá odborná španělština - zkouška J. Žváčkovázk 0/0/02 --
10 kreditů

Volitelné předměty

Studenti si vybírají z 18 doporučených předmětů tak, aby dosáhli v celkovém součtu 120 kreditů. Dále uvedené předměty slouží jako příklad.

Kód Název Garant Ukončení Rozsah Kreditů Semestr Profilace
PřF:Bi7441Vědecké výpočty v biologii a biomedicíně L. Dušekzk 2/13+2 4-
PřF:C2115Praktický úvod do superpočítání P. Kulhánekk 0/2/02 1-
PřF:C8160Enzymologie I. Kučerazk 2/0/02+2 1-
11 kreditů

Specializační část (40-60 kr.)

Povinné předměty

Kód Název Garant Ukončení Rozsah Kreditů Semestr Profilace
PřF:Bi4014Projekt z Matematické biologie a biomedicíny - biomedicínská bioinformatika E. Budinskáz 0/3/03 1-
PřF:Bi5010Detekce biomarkerů z omics experimentů E. Budinskázk 2/0/02+2 3-
PřF:Bi5020Analýza necílených dat z MS L. Dušekzk 2/0/02+2 4P
PřF:Bi5444Analysis of sequencing data E. Budinskázk 2/1/02+2 3P
PřF:Bi7528Analýza genomických a proteomických dat E. Budinskázk 2/0/02+2 2P
PřF:C2138Pokročilá bioinformatika M. Wimmerovázk 2/0/02+2 2P
PřF:C2139Pokročilá bioinformatika - seminář M. Wimmerováz 0/1/01 2-
PřF:C7188Úvod do molekulární medicíny O. Slabýzk 2/0/02+2 1P
FI:PB162Programování v jazyce Java T. Pitnerzk 2/2/03+2 2-
33 kreditů

Povinně-volitelné předměty

Blok 1

Student absolvuje minimálně 1 předmět z této skupiny:

Kód Název Garant Ukončení Rozsah Kreditů Semestr Profilace
PřF:Bi0036Metagenomika M. Vítězovázk 2/0/02+2 2-
PřF:Bi7250Lékařská genetika a genetické poradenství P. Kuglíkzk 2/0/02+2 2-
PřF:Bi9910Molekulární a buněčná biologie nádorů J. Šmardovázk 2/0/02+2 2-
PřF:E0220Hmotnostní spektrometrie Z. Spáčilzk 2/0/02+2 2-
16 kreditů
Blok 2

Student absolvuje minimálně 1 předmět z této skupiny:

Kód Název Garant Ukončení Rozsah Kreditů Semestr Profilace
PřF:Bi5220Imunologie L. Kubalazk 2/0/02+2 3-
PřF:Bi9325Molekulární genetika člověka P. Kuglíkzk 2/0/02+2 3-
PřF:C7187Experimentální onkologie P. Bouchalzk 2/0/02+2 3-
12 kreditů