PřF GEPR Genomika a proteomika
Název anglicky: Genomics and Proteomics
doktorský prezenční
Zahrnut v programu: PřF D-GEPR_ Genomika a proteomika

Státní doktorská zkouška a obhajoba disertační práce

Student musí absolvovat státní doktorské závěrečné zkoušky jejichž předmětem je prověření odborných znalostí v oboru genomika a proteomika a v souvisejících disciplínách, zejm. v molekulární a buněčné biologii, strukturní biologii, bioinformatice a v oblasti experimentálních přístupů používaných v oboru. Témata předem specifikuje školitel a schvaluje OR (nebo předseda OR). Student by měl v rozpravě prokázat především dostatečný všeobecný rozhled v oboru a dále hlubší znalosti v oblastech souvisejících s řešeným tématem, včetně přehledu o recentních významných publikacích v rámci své specializace.

Nutnou podmínkou obhajoby disertační práce je, aby alespoň část výsledků již byla uveřejněná nebo přijatá ke zveřejnění v časopise z databáze Web of Science (WoS) s impaktním faktorem nad mediánem oboru a aby byl student prvním autorem publikace. Pokud má časopis nižší IF (pod mediánem), pak je nutné mít minimálně 2 články.

Vlastní obhajoba disertační práce probíhá formou prezentace tezí práce a následnou diskusí s oponenty, členy zkušební komise a odbornou veřejností. Student musí prokázat schopnost samostatné tvořivé vědecké práce, umět prezentovat výsledky vlastního výzkumu a umět je kriticky hodnotit.

Studijní a výzkumné povinnosti

Výzkumné aktivity:
Příprava disertační práce – probíhá po celou dobu studia a tvoří min. 60 % pracovní zátěže
Studium odborné literatury vztahující se k oblasti výzkumu
Publikační činnost – sestává z minimálně jednoho prvo-autorského článků v impaktovaném časopise (nad mediánem oboru), tvoří 10 % pracovní zátěže
Obhajoba tezí disertační práce
Účast na konferenci – nutno prokázat aktivní účast na min. jedné mezinárodní konferenci
Zahraniční stáž – nutno absolvovat v délce 1 měsíce (v součtu za dobu studia)

Vzdělávací aktivity:
Odborné předměty - vhodně doplňující znalosti studenta v oblasti genomiky a proteomiky (viz nabídka studijního plánu - celkem max. 20 % pracovní zátěže)
Oborový seminář genomiky a proteomiky
Pedagogická činnost – doktorand se může podílet na vedení bakalářských a diplomových (jako konzultant) prací, může přispívat do pravidelné výuky atd., a to v rozsahu max. 150 hodin za studium (do 10 % pracovní zátěže)
Soft skills - např. Akademické psaní
Odborná angličtina

Návrh témat kvalifikačních prací a témata disertačních prací

Příklady (10 vybraných) úspěšně obhájených disertací:

Pavlištová: Effect of chromatin assembly on genome stability (https://is.muni.cz/auth/th/wx0ba/)

Kateřina Zábrady: Analysis of MAGE (Melanoma AntiGEn) proteins and their interaction partners (https://is.muni.cz/auth/th/ap968/)

Eliška Janoušková: Dynamics of Telomeric Proteins (https://is.muni.cz/auth/th/pm7q7/)

Kateřina Šedová: Characterisation of Protein Modifications by Mass Spectrometry (https://is.muni.cz/auth/th/eypvg/)

Zuzana Vrzalová: Complex molecular diagnostics of congenital adrenal hyperplasia (https://is.muni.cz/auth/th/x4k2c/)

Karin Jaške: Crossroads of genetics and epigenetics: nucleosome assembly and chromosome integrity (https://is.muni.cz/auth/th/laaa5/)

Markéta Žďárská: Differential proteomics and phosphoproteomics of hormonal regulations in plants (https://is.muni.cz/auth/th/dhio8/)

Michal Zimmermann: Protein-DNA interactions involved in regulation of telomere maintenance (https://is.muni.cz/auth/th/fsxl1/)

Marc Guerineau: Analysis of SMC5-6 complex subunits and their functional homologs (https://is.muni.cz/auth/th/uccar/)

Eva Majerová: Epigenetic mechanisms in the regulation of telomere maintenance (https://is.muni.cz/auth/th/eyt2h/)


Doporučený průchod studijním plánem

Povinné

Kód Název Garant Ukončení Rozsah Kreditů Semestr Profilace
PřF:C9950Seminář oddělení FGP J. Fajkusz 0/22 --
2 kredity

Povinně volitelné

Kód Název Garant Ukončení Rozsah Kreditů Semestr Profilace
PřF:CG020Genomika J. Hejátkozk 2/0/02+2 --
PřF:C7301Základy genomiky - cvičení J. Hejátkok 0/0/33 --
PřF:C9025Evoluční a srovnávací genomika rostlin J. Fajkuszk 2/02+2 --
PřF:C9035Evoluční a srovnávací cytogenetika rostlin - cvičení J. Fajkusk 0/2/02 --
PřF:C9041Struktura a funkce eukaryotických chromozomů J. Fajkuszk 2/0/02+2 --
PřF:C9042Analýza struktury chromatinu - praktikum J. Fajkusz 0/0/22 --
PřF:C2131Úvod do bioinformatiky M. Wimmerovázk 2/0/02+2 --
PřF:C2132Úvod do bioinformatiky - seminář M. Wimmerováz 0/1/01 --
PřF:C2135Bioinformatika v praxi M. Wimmerovák 0/2/02+1 --
PřF:C2138Pokročilá bioinformatika M. Wimmerovázk 2/0/02+2 --
PřF:C2139Pokročilá bioinformatika - seminář M. Wimmerováz 0/1/01 --
PřF:C8202Základy proteomiky J. Fajkuszk 1/0/01+2 --
PřF:C8302Základy proteomiky - cvičení J. Hejátkok 0/0/33 --
PřF:C9530Strukturní biochemie L. Žídekzk 2/0/02+2 --
PřF:C9531Strukturní biochemie - seminář L. Žídekz 0/2/02 --
PřF:CG010Proteomika J. Havlišzk 2/0/02+2 --
PřF:CG080Metody v genomice J. Fajkuszk 2/0/02+2 --
PřF:CG090Metody v proteomice Z. Zdráhalzk 2/0/02+2 --
PřF:CG030Struktura a funkce proteinových komplexů J. Palečekzk 2/02+2 --
PřF:CG031Cvičení z modelování proteinových komplexů J. Palečekz 0/2/02 --
PřF:C7250Charakterizace proteinů hmotnostní spektrometrií J. Fajkusk 1/0/01+1 --
PřF:C7350Charakterizace proteinů hmotnostní spektrometrií - cvičení J. Fajkusz 0/1/01 --
65 kreditů

Volitelné

Kód Název Garant Ukončení Rozsah Kreditů Semestr Profilace
PřF:C3900Molekulární mechanismy buněčného stárnutí P. Procházková Schrumpfovázk 2/0/02+2 --
PřF:C6210Biotechnologie M. Mandlzk 2/0/02+2 --
PřF:C7073Bioanalytika I - Biomakromolekuly J. Havlišzk 2/0/02+2 --
PřF:C7250Charakterizace proteinů hmotnostní spektrometrií J. Fajkusk 1/0/01+1 --
PřF:C7490Molekulární diagnostika vrozených poruch J. Fajkuszk 1/0/01+2 --
PřF:C9085Protein-RNA interactions R. Šteflzk 1/0/01+2 --
PřF:C9285Praxe vědy a výzkumu - publikace a projekty J. Fajkusk 2/0/02 --
PřF:JA003Výběrová angličtina pro přírodovědce H. Němcovák 0/2/0 + online.3 --
PřF:C7230Fluorescenční metody ve vědách o životě - cesta od molekuly k buňce J. Fajkuszk 2/0/02+2 --
PřF:C7235Fluorescenční metody ve vědách o životě - cvičení J. Fajkusk 0/2/02+1 --
PřF:C8980Příprava a charakterizace proteinů I - Exprese a purifikace L. Žídekzk 2/0/02+2 --
PřF:C9045Biologie kvasinek J. Palečekzk 2/0/02+2 --
PřF:C8857Protein Preparation and Characterization III - Protein-Mediated Interaction L. Krejčízk 1/0/01+2 --
PřF:C9142Biologie kvasinek - cvičení J. Palečekz 0/2/02 --
PřF:Bi8350Evoluční genomika E. Kejnovskýzk 2/0/02+2 --
PřF:C7072Bioanalytika II - Analytické metody v klinické praxi J. Havlišzk 2/0/02+2 --
PřF:F8310Molekulové interakce a jejich úloha v biologii a chemii V. Brabeck 2/03+1 --
PřF:S1001Chemical properties, structure and interactions of nucleic acids M. Fojtazk 3/03+2 --
PřF:S2008Developmental and cellular biology of plants J. Frimlzk 4/0/04+2 --
PřF:S2011Hormones in plant development J. Fajkuszk 2/0/02+2 --
PřF:S4001International performance L. Štěpánekzk 2/02+2 --
PřF:S4002Law, ethics and philosophy of science J. Havlišzk 2/0/02+2 --
PřF:S2009Mendel Centre Seminars in the Bio-omics J. Havlišz 0/2/02 --
PřF:S5020Life Science PI Seminars V. Sklenářz 2/0/0- --
PřF:XD010MU Life Sciences Seminar V. Bryjaz 0/2/02 --
84 kreditů