PřF MBI Matematická biologie, bioinformatika a modelování
Název anglicky: Computational biology, bioinformatics and modelling
doktorský kombinovaný se specializací
Zahrnut v programu: PřF D-ZPZ_ Životní prostředí a zdraví

Státní doktorská zkouška a obhajoba disertační práce

SPECIALIZACE MATEMATICKÁ BIOLOGIE, BIOINFORMATIKA A MODELOVÁNÍ připravuje studenty, kteří jsou špičkovými vědeckými pracovníky a odborníky s dobrou orientací v širším tématu programu (interakce mezi chemickými látkami, prostředím a zdravím, hodnocení rizik) a současně prokazují hluboké znalosti v rámci své specializace, tj. Inovativní hodnocení individuálních, populačních a environmentálních faktorů ovlivňujících zdraví člověka a ekosystémů, metodologický rozvoj modelů a bionformatických nástrojů pro hodnocení velkých dat.

STÁTNÍ DOKTORSKÁ ZKOUŠKA (SDZ)

Při SDZ, ke které se studenti zpravidla přihlašují po skončení čtvrtého semestru studia je požadován širší přehled a dobrá orientace studenta v oboru. Jsou předepsány požadavky na tři části SDZ, kdy jsou prověřovány: (i) znalosti studenta v širším společném základu programu - výzkum interakcí životního prostředí a zdraví, (ii) podrobné znalosti v rámci specializace a (iii) hluboké znalosti v souvislostech řešeného doktorského projektu.

K SDZ se studenti připravují během studia m.j. absolvováním nejméně 4 odborných celo-semestrálních předmětů. Pro prohloubení praktických zkušeností s cizím jazykem se doporučuje preferenčně absolvovat předměty vyučované v angličtině. Studenti po konzultaci se školitelem, s ohledem na Specializaci, ve které studují, a také předchozí studium a znalosti volí z nabídky přednášek a kurzů nabízených na PřF, MU či na jiných univerzitách.

SDZ se zpravidla koná odděleně a dříve než obhajoba dizertace a student k SDZ vypracuje Teze dizertační práce. Požadavky na „Teze“ - rozsah cca 10-20 stran textu (+ seznam referencí), preferenčně vypracovány v angličtině. Teze obsahují literární rešerši a úvod k řešenému tématu dizertace, představují cíle a metody dizertačního projektu. Stručně lze v tezích popsat aktuální stav realizace dizertace a nastínit doposud dosažené výsledky. Teze se předkládají předsedovi oborové komise 3 pracovní dny před teoretickou SDZ.


DIZERTAČNÍ PRÁCE A OBHAJOBA

V souladu s mezinárodními zvyklostmi je preferovanou formou disertační práce komentovaný soubor originálních prací. Text dizertační práce, která je souborem prací, obsahuje přehledný teoretický úvod do řešené problematiky (v rozsahu cca 10-20 stran bez referencí) a ucelenou stať k vlastním výsledkům (10-20 stran textu bez referencí), která logicky propojí jednotlivé studie a zasadí získané výsledky do kontextu současného poznání. V textu musí doktorand prokázat svůj odborný nadhled a širší orientaci v oboru než jen ve specializovaných tématech jednotlivých článků.

Pro dizertační práci jsou stanoveny následující požadavky: počet originálních prací 3. Z toho minimálně jeden vyšlý nebo do tisku přijatý článek v časopise s impaktem nad mediánem oboru dle ISI WOS, kde je student prvním autorem a minimálně jeden další vyšlý nebo přijatý článek v časopise s IF dle ISI WOS, kde student může být spoluautorem. U dizertační práce, která vyhovuje právě jen minimálním požadavkům, posuzuje hodnotící komise obzvláště pečlivě a kriticky celkovou kvalitu výsledků. Ve výjimečných případech může být minimální požadavek nahrazen menším počtem originálních článků, pokud student samostatně zpracoval rozsáhlý a komplexní výzkum a/nebo výsledky publikoval jako první autor v článcích v nejlepších mezioborových časopisech jako Nature, Science, PNAS apod.

Nejvhodnější formou prezentace je předložení celé dizertační práce v jazyce anglickém. Také obhajoba dizertační práce se zpravidla vede v angličtině a jedním z členů komise a/nebo oponentem je expert z respektovaného zahraničního pracoviště.

Studijní a výzkumné povinnosti

Povinnosti jsou definovány v Individuálním studijním plánu (ISP) každého studenta. Celková očekáváná zátěž odpovídá cca 60 ECTS kreditů za rok (jeden EC je cca 25 hodin, tj. ročně celkem 1500 hodin studijních a výzkumných povinností).

S ohledem na individuální povahu jsou údaje o zátěži (viz dole %) orientační, jsou konkretizovány v ISP, který připravuje student se školitelem a schvaluje oborová rada.

Studenti mají výzkumné a studijní povinnosti (aktivity 1-9), kterými zvyšují své kompetence v pěti oblastech A-E. Největší podíl na zátěži mají povinnosti v oblasti A – věda a výzkum (cca 70%) a B – teoretická příprava (20%). Podíl oblastí C-E je variabilní a doplňuje profil absolventa.

Požadavky specializace jsou vymezeny výzkumným tématem dizertačního projektu a specializovanými přednáškami - tj. kompetenční část B.

V kombinované formě studia, která je nabízena studentům, kteří dokončují dizertaci po standardní době 4 let studia nebo výjimečně externím studentům, jsou specifické dílčí požadavky. Upravena je povinnost návštěvy periodických seminářů (aktivita 5;-alternativou je např. povinnost vystoupit s delší prezentací). U povinností v oblasti pedagogických kompetencí (aktivita 8) je pomoc při výuce nahrazena např. zapojením do organizace vzdělávacích akcí, např. mezinárodních letních školy apod.

AKTIVITY PLNĚNÍ ISP

(A) Vědecko-výzkumné aktivity (cca 70% zátěže studenta)

1. Výzkumný projekt a dizertační projekt, rešerše aktuálního stavu problematiky, metodiky výzkumu, vlastní plánování a realizace vědecké činnosti (50%).
2. Publikační činnost (k obhajobě jsou požadovány 3 články v různém stadiu publikace), psaní textu dizertace, syntéza znalostí, kritické hodnocení novosti, interpretace výsledků (15%)
3. Prezentace výsledků výzkumu na odborných seminářích, konferencích vč. příprav přednášek a posterů (5%)


(B) Odborné předměty a teoretická příprava (20%). Student absolvuje předměty, kterými prohlubuje odborné znalosti ve své specializaci a systematické poznatky o nejnovějším vývoji získává na seminářích programu.

4. Teoretická odborná příprava (15%) - studenti absolvují nejméně 4 odborné celo-semestrální předměty. Vybírají z nabídky kurzů širší oblasti a své specializace

C2003 Environmental Chemistry
Bi2003 Ecotoxicology
E4200 Modelling and Interpretation of Environmetal Data
Bi5444 Analysis of sequencing data
Bi7491 Regresní modelování
Bi8601 Pokročilé statistické metody
Bi7527 Analýza dat v R
Bi7528 Analýza genomických a proteomických
Bi7490 Pokročilé neparametrické metody

5. Semináře doktorského programu (5%) -
E0401 - Advances in Environmental Health Sciences (2 h týdně).


(C) Mezinárodní zkušenosti a konkurenceschopnost

6. Další zlepšování jazykových kompetencí- v odborných předmětech přednášených v AJ, účast na seminářích v angličtině, prezentace výsledků a přípravy článků.
7. Stáž v zahraničí, povinnost mezinárodní spolupráce. Minimální požadavek je 1 měsíc zahraniční stáže, ale upřednostňovány jsou stáže delší (3+ měsíce) podle konkrétního dizertačního tématu.


(D) Pedagogické kompetence

8. Studenti získávají pedagogické zkušenosti podílem na kontaktní výuce (semináře, cvičení) nebo vedením Bc a Mgr studentů. Celkový rozsah je cca 100 hodin v průběhu celého studia.

(E) Další přenositelné zkušenosti

9. Studenti získávají praktické zkušenosti s přípravou a řízením projektů (např. FRMU, mobilitníí granty) a jsou jim podle možností nabízeny další soft skills kurzy.

Návrh témat kvalifikačních prací a témata disertačních prací

Bioinformatics assessment of omics mass spectrometry data to comprehensively evaluate exposure factors
Innovative data analysis and modeling techniques to evaluate human exposure to chemical pollutants
Quantitative proteomics to characterize human intestinal microbiota
Development of image-based phenotypic screening for toxicology
In silico modelling of biophysical properties of biotechnologically interesting proteins
Bioinformatics applications in studies of Haloalkane Dehalogenase
Microfluidics and lab on a chip in environmental research
Characterization and analyses of lipid biomarker data of Alzheimer's disease

Doporučený průchod studijním plánem

Upozornění:

Studijní plán nemá vyplněny žádné předměty.