PřF BFK Biofyzika
Název anglicky: Biophysics
doktorský kombinovaný se specializací
Zahrnut v programu: PřF D-FY_ Fyzika

Státní doktorská zkouška a obhajoba disertační práce

Podmínky pro podání přihlášky ke státní doktorské zkoušce:

Získání nejméně poloviny minimální kreditové hodnoty studia.
Absolvování všech povinných a povinně volitelných předmětů individuálního studijního plánu prvních čtyř semestrů studia (včetně těch, které bezprostředně související s disertační prací (tyto předměty označí v ISP školitel).
Úspěšné splnění jazykových požadavků dle čl. 30 odst. 4, písm. c) SaZŘ: angličtina.
Předložení tezí disertační práce a případného seznamu publikací a konferenčních prezentací jako příloh přihlášky ke státní doktorské zkoušce.

Státní doktorská zkouška prověřuje rozsah a hloubku uchazečových znalostí problematiky obecné (respektive molekulární, buněčné či biomedicínsky orientované) biofyziky související s tématem disertační práce a jeho schopnost přistupovat tvůrčím způsobem k řešení problémů zejména experimentálního charakteru, od jejich biofyzikální formulace až k interpretačním závěrům. V souladu s tím jsou okruhy zkoušky, spadající tematicky do studované oblasti v rámci individuálních plánů, formulovány pro jednotlivého uchazeče tak, aby tvořily skutečnou nadstavbu magisterského studia.

Základní okruhy zkoušky:

1. Molekulární struktura živé hmoty a metody jejího studia na úrovni jednotlivých molekul.
2. Konformační změny biomakromolekul a metody jejich studia.
3. Biofyzika procesů na biologických membránách.
4. Struktura buňky a přehled mikroskopických metod vhodných pro její studium.
5. Interakce neionizujícího záření s živou hmotou.
6. Interakce ionizujícího záření s živou hmotou.
7. Biofyzika biologických systémů a subsystémů dle zaměření disertační práce.

Součástí státní doktorské zkoušky je rovněž prezentace studenta o problematice a stavu zpracování jeho disertační práce obsažená v tezích disertační práce, přednesená v úvodní části státní doktorské zkoušky v časovém rozsahu cca 20 minut a následná rozprava. Konkrétně formulované otázky spadající do okruhů 1. až 7. obdrží uchazeč nejméně 4 týdny dní před termínem zkoušky, dle ustanovení čl. 32 odst. 4 SaZŘ.

Požadavky na doktorskou disertační práci

Práce je zaměřena na vymezení dosud neřešených nebo neuspokojivě řešených problémů v oblasti biofyziky. Předpokládá se, že obsahuje důslednou biofyzikální (tj. fyzikální a biologickou) formulaci těchto problémů a jejich řešení, včetně aplikace v praxi nebo prakticky orientovaném výzkumu. Těžištěm práce je řešení biofyzikální problematiky tématu s původními výsledky na fyzických systémech nebo matematických modelech. Přihláška k obhajobě disertační práce musí být doložena publikačními výstupy odpovídajícími specifikům a standardům oboru a publikačním zvyklostem v dané oblasti. Nepodkročitelnou podmínkou je přiznaný impaktní faktor prvoautorské publikace již vydané nebo přijaté k tisku (s potvrzením od redakce). Je doporučeno, aby časopis, v němž je publikace vydávána, byl řazen do prvního či druhého kvartilu impaktové úrovně v daném oboru.

Studijní a výzkumné povinnosti

Příprava disertační práce probíhá po celou dobu studia a činí minimálně 60% pracovní zátěže. Nejpozději do druhého semestru vytvoří student svůj individuální studijní plán (ISP) a předloží ho ke schválení oborové komisi.
Nejpozději do třetího roku studia, tj. do konce 6. semestru, student:
- absolvuje všechny předměty teoretické přípravy (povinné a zvolené po dohodě se školitelem v ISP), tvoří zhruba 20% pracovní zátěže (bod 4 doporučeného ISP) s výjimkou seminářů
- představí výsledky své práce (přednáška v angličtině) na ústavním semináři (bod 5 ISP)
- prokáže splnění povinností jazykové kompetence (bod 6 ISP)
- absolvuje nejméně měsíční stáž v zahraničí
- splní povinnosti spojené s pedagogickým rozvojem, maximálně 10% pracovní zátěže (bod 8 ISP)

Do konce studia, ideálně do konce standardní doby studia, tj. do konce 8. semestru, student:
- splní povinnost prezentace na zahraniční konferenci (bod 3 ISP)
- publikuje své výsledky v mezinárodním vědeckém časopise, tvoří 10% celkové pracovní zátěže (bod 2 ISP)
- zpracuje disertační práci a předloží žádost o obhajobu disertační práce (body 1 a 2 ISP)

Návrh témat disertačních prací a témata obhájených prací

Studium mikroorganismů pokročilými mikroskopickými a spektroskopickými technikami, Adámková, Kateřina (aktuální téma). Vedoucí: Ing. Vladislav Krzyžánek, Ph.D.

Utilisation of spectral and time-domain prior knowledge in the quantitative analysis of in vivo magnetic resonance spectroscopy signals, Jablonski, Michal (2018). Vedoucí: Ing. Zenon Starčuk, CSc. (https://is.muni.cz/th/q184v/).

Využití technik pokročilé konfokální mikroskopie a FRAP analýzy při studiu struktury a dynamiky chromatinu, Řezníčková-Podloučková, Petra (2017). Vedoucí: doc. RNDr. Eva Bártová, Ph.D. (https://is.muni.cz/th/citk9).

Global proteome analysis of temperature perception in Arabidopsis thaliana and its cross-talk with cytokinin signaling pathway at the proteome response level, Skalák, Jan (2016). Vedoucí: prof. RNDr. Břetislav Brzobohatý, CSc. (https://is.muni.cz/th/xwahp).

Identifikace a charakterizace proteinů regulovaných rostlinnými hormony cytokininy pomocí hmotnostní spektrometrie, Dyčka, Filip (2012). Vedoucí: Ing. Janette Bobáľová, CSc. (https://is.muni.cz/th/kz5f3).

Distribution function approach to kinetic study of ligand-receptor interactions by flow cytometry and confocal laser scanning microscopy, Orlova, Darya Yurevna (2012). Vedoucí: doc. RNDr. Stanislav Kozubek, DrSc. (https://is.muni.cz/th/plpip).

Doporučený průchod studijním plánem

Povinné

Kód Název Garant Ukončení Rozsah Kreditů Semestr Profilace
PřF:F7790Seminář z biofyziky a biofyzikální chemie K. Kubíčekz 2/0/01*8 --
8 kreditů

Volitelné

Kód Název Garant Ukončení Rozsah Kreditů Semestr Profilace
PřF:FB810Problémy molekulových simulací R. Váchaz 2/0/02 1-
PřF:FB820Strukturní elektronová mikroskopie R. Váchazk 2/0/02+2 3-
PřF:FB830Metody strukturní biologie P. Plevkazk 3/2/05+2 3-
PřF:FB840Integrativní strukturní biologie R. Váchazk 2/0/02+2 5-
PřF:FB850Biomolekulární interakce R. Šteflzk 1/0/01+2 4-
PřF:FB860Základní ideje moderní biofyziky K. Kubíčekz 2/0/02 2-
22 kreditů