Obor Botanika doktorského studijního programu Biologie je zaměřen na studium taxonomie, biosystematiky, ekologie, paleoekologie a biodiverzity rostlin na úrovni druhové, populační, společenstev a ekosystémů. Tématicky zahrnuje všechny systematické skupiny nižších i vyšších rostlin, houby a sinice a také studium interakcí rostlin a živočichů. Ve směru taxonomicko-biosystematickém je kladen hlavní důraz na propojení moderních biosystematických metod včetně genetických analýz a multivariantní statistiky s tradičními metodami taxonomického výzkumu. Ve směru ekologickém jsou preferovanými tématy zejména studie diverzity vegetace a flóry v měřítku krajiny a na velkých prostorových škálách a studie dynamiky vegetace ve vztahu k abiotickým, biotickým i antropickým faktorům. Při tom je využíváno moderních statistických metod a počítačových modelů.

Absolvent je po úspěšném ukončení studia schopen:

• ovládá základní pracovní metody rostlinné taxonomie, biosystematiky, ekologie nebo paleoekologie;
• orientuje se v současných diskuzích v těchto oborech, případně oborech navazujících;
• samostatně definovat odborné problémy, navrhnout postupy k jejich řešení a pomocí adekvátních metod je řešit;
• referovat o výsledcích své práce formou odborných článků v mezinárodních i národních časopisech a také formou referátů nebo posterů na mezinárodních nebo národních odborných fórech.

Absolvent se uplatní zejména v akademických nebo rezortních výzkumných ústavech, vysokých školách přírodovědeckého, pedagogického, zemědělského, lesnického nebo farmaceutického zaměření, ve státních institucích ochrany přírody a krajiny, v přírodovědeckých odděleních muzeí a soukromých firmách nebo nevládních organizacích zaměřených na problematiku ochrany přírody a životního prostředí, a to jak v České republice, tak v zahraničí.

• Bez profesního postavení

Studium se řídí individuálním studijním plánem, který se v případě interní formy studia zpracovává na čtyři roky. Individuální studijní plán stanovuje školitel po předběžné dohodě s doktorandem. Individuální studijní plán typicky obsahuje tyto čtyři části:

1. Kurzy širšího základu společné s dalšími obory doktorského studijního programu Biologie, zaměřené především na obecné metodologické aspekty. Rozsah 2 hodiny týdně po dobu 2 semestrů.

2. Ve vazbě k tématu disertační práce a na doporučení školitele zapisuje doktorand kurzy přednášené na Ústavu botaniky a zoologie i jiných ústavech PřF MU, blokové doktorandské kurzy nabízené v rámci výměny doktorandských kurzů na biologických pracovištích PřF UK v Praze, PřF JčU v Českých Budějovicích nebo PřF UP v Olomouci, kurzy přednášené na Lesnické a dřevařské nebo Agronomické fakultě Mendelovy univerzity v Brně, případně i jiné kurzy. Zvláštním typem kurzů vhodných pro doktorandy jsou Vybrané problémy z ekologie, které probíhají na Ústavu botaniky a zoologie každý semestr a přednášejí v nich o svém vědeckém výzkumu přední zvaní externí odborníci. Rozsah: 2 hod. týdně po dobu 6 semestrů.

3. Všichni doktorandi navštěvují Botanický seminář (2 hod. týdně po dobu 6 semestrů) a podle odborného zaměření také buď Biosystematický seminář nebo Geobotanický seminář (2 hod. týdně po dobu 6 semestrů). Kromě toho navštěvují doktorandi ekologického zaměření Plant Ecology Lab Meeting (v angličtině, 2 hod. týdně po dobu 6 semestrů).

4. Doktorandi pomáhají při zajišťování pregraduální výuky na Ústavu botaniky a zoologie. Rozsah: 2 hod. týdně po dobu 6 semestrů.

Odborná praxe není ve studijním oboru požadována. Je však doporučována odborná stáž na zahraničním akademickém pracovišti.

Pro úspěšné ukončení studia je nutné vykonat státní doktorskou zkoušku a obhájit disertační práci.

Státní doktorská zkouška zahrnuje předměty stanovené oborovou komisí, tj. systém a evoluci rostlin, ekologii rostlin, regionální botaniku a metody botaniky. Rozsah těchto předmětů je stanoven vysokoškolskými kurzy přednášenými na Přírodovědecké fakultě MU v Brně. Zkouška dále zahrnuje předměty speciální, dané zaměřením disertační práce. Smyslem zkoušky není prokázání encyklopedických znalostí doktoranda, ale spíše prokázat dobrou orientaci v současném dění v oboru a schopnost tvůrčím způsobem uplatňovat znalosti botaniky a ekologie k řešení konkrétních problémů.

Doktorská disertační práce obsahuje původní výsledky výzkumu dosažené doktorandem. Je psána v angličtině nebo češtině, případně slovenštině. Může mít formu souboru publikovaných nebo k publikaci připravených článků, nebo formu jediné rozsáhlejší rukopisné práce. První forma je oborovou komisí doporučována a preferována. Disertační práce ve formě souboru článků musí obsahovat úvod, který dílčí články zasadí do společného kontextu, podá základní nástin problematiky, vymezí hlavní cíle disertační práce a souhrnně zhodnotí její výsledky v kontextu současného poznání. Taková práce může výjimečně a po dohodě s předsedou oborové komise zahrnovat ojediněle i články psané v jiných světových jazycích než v angličtině. Práce ve formě rukopisu je členěna na úvod, metodiku, výsledky, diskusi, závěr, seznam literatury a přílohy. Nezbytnou podmínkou pro přijetí disertační práce je, aby alespoň část z jejích významnějších výsledků byla publikována nebo přijata k publikaci ve formě alespoň dvou anglicky psaných článků v mezinárodně uznávaném botanickém nebo ekologickém časopise zařazeném do databáze Thomson - Web of Science. Alespoň u jednoho z těchto dvou článků musí být doktorand prvním autorem. Další nutnou podmínkou je, aby doktorand před přijetím disertační práce k obhajobě referoval o části výsledků v práci obsažených v některém světovém jazyce na mezinárodně uznávaném odborném fóru.