CHOVANCOVÁ, Eva, Antonín PAVELKA, Petr BENEŠ, Ondřej STRNAD, Jan BREZOVSKÝ, Barbora KOZLÍKOVÁ, Artur Wiktor GORA, Vilém ŠUSTR, Martin KLVAŇA, Petr MEDEK, Lada BIEDERMANNOVÁ, Jiří SOCHOR a Jiří DAMBORSKÝ. CAVER 3.0: A Tool for the Analysis of Transport Pathways in Dynamic Protein Structures. PLoS Computational Biology. 2012, roč. 8, č. 10, s. "nestránkováno", 12 s. ISSN 1553-7358. doi:10.1371/journal.pcbi.1002708.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název CAVER 3.0: A Tool for the Analysis of Transport Pathways in Dynamic Protein Structures
Název česky CAVER 3.0: nástroj pro analýzu transportních cest v dynamických proteinových strukturách
Autoři CHOVANCOVÁ, Eva (203 Česká republika, domácí), Antonín PAVELKA (203 Česká republika, domácí), Petr BENEŠ (203 Česká republika, domácí), Ondřej STRNAD (203 Česká republika, domácí), Jan BREZOVSKÝ (203 Česká republika, domácí), Barbora KOZLÍKOVÁ (203 Česká republika, domácí), Artur Wiktor GORA (616 Polsko, domácí), Vilém ŠUSTR (203 Česká republika, domácí), Martin KLVAŇA (203 Česká republika, domácí), Petr MEDEK (203 Česká republika, domácí), Lada BIEDERMANNOVÁ (203 Česká republika, domácí), Jiří SOCHOR (203 Česká republika, domácí) a Jiří DAMBORSKÝ (203 Česká republika, garant, domácí).
Vydání PLoS Computational Biology, 2012, 1553-7358.
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Článek v odborném periodiku
Obor 10600 1.6 Biological sciences
Stát vydavatele Spojené státy
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
WWW URL
Impakt faktor Impact factor: 4.867
Kód RIV RIV/00216224:14310/12:00057117
Organizační jednotka Přírodovědecká fakulta
Doi http://dx.doi.org/10.1371/journal.pcbi.1002708
UT WoS 000310568800009
Klíčová slova anglicky software tool; tunnel; channel; structural analysis; protein design; drug design; CAVER; dynamics
Štítky AKR, best, rivok
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnila: Ing. Andrea Mikešková, učo 137293. Změněno: 12. 4. 2013 13:20.
Anotace
Tunnels and channels facilitate the transport of small molecules, ions and water solvent in a large variety of proteins. Characteristics of individual transport pathways, including their geometry, physico-chemical properties and dynamics are instrumental for understanding of structure-function relationships of these proteins, for the design of new inhibitors and construction of improved biocatalysts. CAVER is a software tool widely used for the identification and characterization of transport pathways in static macromolecular structures. Herein we present a new version of CAVER enabling automatic analysis of tunnels and channels in large ensembles of protein conformations. CAVER 3.0 implements new algorithms for the calculation and clustering of pathways. A trajectory from a molecular dynamics simulation serves as the typical input, while detailed characteristics and summary statistics of the time evolution of individual pathways are provided in the outputs. To illustrate the capabilities of CAVER 3.0, the tool was applied for the analysis of molecular dynamics simulation of the microbial enzyme haloalkane dehalogenase DhaA. CAVER 3.0 safely identified and reliably estimated the importance of all previously published DhaA tunnels, including the tunnels closed in DhaA crystal structures. Obtained results clearly demonstrate that analysis of molecular dynamics simulation is essential for the estimation of pathway characteristics and elucidation of the structural basis of the tunnel gating. CAVER 3.0 paves the way for the study of important biochemical phenomena in the area of molecular transport, molecular recognition and enzymatic catalysis. The software is freely available as a multiplatform command-line application at http://www.caver.cz.
Návaznosti
ED0001/01/01, projekt VaVNázev: CETOCOEN
GAP202/10/1435, projekt VaVNázev: Analýza a vizualizace proteinových struktur
Investor: Grantová agentura ČR, Analýza a vizualizace proteinových struktur
GAP503/12/0572, projekt VaVNázev: Konstrukce syntetické metabolické dráhy pro degradaci důležitého environmentálního polutantu proteinovým a metabolickým inženýrstvím
Investor: Grantová agentura ČR, Konstrukce syntetické metabolické dráhy pro degradaci důležitého environmentlního polutantu proteinovým a metabolickým inženýrstvím
IAA401630901, projekt VaVNázev: Evoluce substrátové specifity u enzymů aktivních s xenobiotickými látkami
Investor: Akademie věd ČR, Evoluce substrátové specifity u enzymů aktivních s xenobiotickými látkami
VytisknoutZobrazeno: 19. 3. 2024 06:20