WIMMEROVÁ, Michaela, Stanislav KOZMON, Ivona NEČASOVÁ, Sushil Kumar MISHRA, Jan KOMÁREK a Jaroslav KOČA. Stacking Interactions between Carbohydrate and Protein Quantified by Combination of Theoretical and Experimental Methods. Plos One. SAN FRANCISCO: PUBLIC LIBRARY SCIENCE, 2012, roč. 7, č. 10, s. "nestránkováno", 9 s. ISSN 1932-6203. doi:10.1371/journal.pone.0046032.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Stacking Interactions between Carbohydrate and Protein Quantified by Combination of Theoretical and Experimental Methods
Autoři WIMMEROVÁ, Michaela (203 Česká republika, garant, domácí), Stanislav KOZMON (703 Slovensko, domácí), Ivona NEČASOVÁ (203 Česká republika, domácí), Sushil Kumar MISHRA (356 Indie, domácí), Jan KOMÁREK (203 Česká republika, domácí) a Jaroslav KOČA (203 Česká republika, domácí).
Vydání Plos One, SAN FRANCISCO, PUBLIC LIBRARY SCIENCE, 2012, 1932-6203.
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Článek v odborném periodiku
Obor 10600 1.6 Biological sciences
Stát vydavatele Spojené státy
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
WWW URL
Impakt faktor Impact factor: 3.730
Kód RIV RIV/00216224:14740/12:00057813
Organizační jednotka Středoevropský technologický institut
Doi http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0046032
UT WoS 000309831500025
Klíčová slova anglicky SMALL MOLECULAR-INTERACTIONS; DENSITY-FUNCTIONAL THEORY; SEPARATE TOTAL ENERGIES; INTERACTIONS AB-INITIO; DOT-PI-INTERACTIONS; O HYDROGEN-BONDS; AROMATIC INTERACTIONS; RALSTONIA-SOLANACEARUM; STRUCTURAL BASIS; EXCHANGE-ENERGY
Štítky ok, rivok
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnila: Olga Křížová, učo 56639. Změněno: 16. 11. 2012 12:03.
Anotace
Carbohydrate - receptor interactions are an integral part of biological events. They play an important role in many cellular processes, such as cell-cell adhesion, cell differentiation and in-cell signaling. Carbohydrates can interact with a receptor by using several types of intermolecular interactions. One of the most important is the interaction of a carbohydrate's apolar part with aromatic amino acid residues, known as dispersion interaction or CH/pi interaction. In the study presented here, we attempted for the first time to quantify how the CH/pi interaction contributes to a more general carbohydrate - protein interaction. We used a combined experimental approach, creating single and double point mutants with high level computational methods, and applied both to Ralstonia solanacearum (RSL) lectin complexes with alpha-L-Me-fucoside. Experimentally measured binding affinities were compared with computed carbohydrate-aromatic amino acid residue interaction energies. Experimental binding affinities for the RSL wild type, phenylalanine and alanine mutants were -8.5, -7.1 and -4.1 kcal.mol(-1), respectively. These affinities agree with the computed dispersion interaction energy between carbohydrate and aromatic amino acid residues for RSL wild type and phenylalanine, with values -8.8, -7.9 kcal.mol(-1), excluding the alanine mutant where the interaction energy was -0.9 kcal.mol(-1). Molecular dynamics simulations show that discrepancy can be caused by creation of a new hydrogen bond between the alpha-L-Me-fucoside and RSL. Observed results suggest that in this and similar cases the carbohydrate-receptor interaction can be driven mainly by a dispersion interaction.
Návaznosti
ED1.1.00/02.0068, projekt VaVNázev: CEITEC - central european institute of technology
GA303/09/1168, projekt VaVNázev: Lektiny z lidských patogenů - struktura, funkce, inženýrství
Investor: Grantová agentura ČR, Standardní projekty
GD301/09/H004, projekt VaVNázev: Molekulární a strukturní biologie vybraných cytostatik. Od mechanistických studií k chemoterapii rakoviny
Investor: Grantová agentura ČR, Doktorské granty
2SGA2747, interní kód MUNázev: Saccharide - protein dispersion interactions involved in the bacterial recognition processes (Akronym: SaProDI)
Investor: Jihomoravský kraj, SoMoPro, Granty pro zahraniční vědce
286154, interní kód MUNázev: SYLICA - Synergies of Life and Material Sciences to Create a New Future (Akronym: SYLICA)
Investor: Evropská unie, 7. rámcový program EU, Kapacity
VytisknoutZobrazeno: 29. 11. 2021 13:46