BITTOVÁ, Miroslava, Jan HAVLIŠ, Hana FUKSOVÁ, Blanka VRBKOVÁ and Libuše TRNKOVÁ. Toward reading the sequence of short oligonucleotides from their retention factors obtained by means of hydrophilic interaction chromatography and ion-interaction reversed-phase liquid chromatography. Journal of Separation Science. WILEY-VCH Verlag GmbH & Co., 2012, vol. 35, No 22, p. 3227–3234. ISSN 1615-9306. doi:10.1002/jssc.201200482.
Other formats:   BibTeX LaTeX RIS
Basic information
Original name Toward reading the sequence of short oligonucleotides from their retention factors obtained by means of hydrophilic interaction chromatography and ion-interaction reversed-phase liquid chromatography
Authors BITTOVÁ, Miroslava (203 Czech Republic, belonging to the institution), Jan HAVLIŠ (203 Czech Republic, guarantor, belonging to the institution), Hana FUKSOVÁ (203 Czech Republic, belonging to the institution), Blanka VRBKOVÁ (203 Czech Republic, belonging to the institution) and Libuše TRNKOVÁ (203 Czech Republic, belonging to the institution).
Edition Journal of Separation Science, WILEY-VCH Verlag GmbH & Co. 2012, 1615-9306.
Other information
Original language English
Type of outcome Article in a journal
Field of Study 10406 Analytical chemistry
Country of publisher Germany
Confidentiality degree is not subject to a state or trade secret
WWW URL
Impact factor Impact factor: 2.591
RIV identification code RIV/00216224:14310/12:00062072
Organization unit Faculty of Science
Doi http://dx.doi.org/10.1002/jssc.201200482
UT WoS 000311415200023
Keywords (in Czech) Hydrofilní interakční chromatografie; iontově-interakční kapalinová chromatografie na reverzní fázi; sekvence oligonukleotidů; penta-nukleotidy; retenční chování
Keywords in English Hydrophilic interaction chromatography; Ion-interaction reversed-phase liquid chromatography; Oligonucleotide sequencing; Penta-nucleotide; Retention behavior
Tags AKR, podil
Tags International impact, Reviewed
Changed by Changed by: Olga Křížová, učo 56639. Changed: 16/5/2014 16:38.
Abstract
Retention characteristics of selected synthetic 5-terminal phosphate absent penta-nucleotides containing adenine, guanine, and thymine were studied in relation to their sequence by hydrophilic interaction chromatography and ion-interaction reversed-phase liquid chromatography. We have found a simple linear additive model to describe the retention order in both separation modes in regard to their sequence. Our results show that the penta-nucleotide sequence, and thus its spatial arrangement induced by the surrounding environment, is highly related to the retention properties, so it may be hypothetically used to read the sequence from the retention properties acquired under particular separation conditions.
Abstract (in Czech)
Pomocí hydrofilní interakční chromatografie a iontově-interakční chromatografie na reverzní fázi byly sledovány retenční charakteristiky vybraných syntetických 5-penta nukleotidů, s chybějícím koncovým fosfátem na tomto konci, obsahující adenin, guanin a thymin, vzhledem k jejich sekvenci. Našli jsme jednoduchý lineární aditivní model, který popisuje retenční pořadí v obou separačních módech z hlediska jejich sekvence. Naše výsledky ukazují, že penta-nukleotidová sekvence, a tím i jeho prostorové uspořádání vyvolané okolním prostředím, velmi souvisí s retenčními vlastnostmi, a proto mohou být hypoteticky použity k čtení sekvence z retenčních vlastností získaných podle konkrétních separačních podmínek.
Links
ED1.1.00/02.0068, research and development projectName: CEITEC - central european institute of technology
MUNI/A/0992/2009, interní kód MUName: Vývoj metodologie a instrumentace analytické chemie pro studium složení a vlastností přírodních a syntetických materiálů (Acronym: MIA)
Investor: Masaryk University, Category A
PrintDisplayed: 5/10/2022 07:52