RÉBLOVÁ, Kamila, Jiří ŠPONER a Filip LANKAŠ. Structure and mechanical properties of the ribosomal L1 stalk three-way junction. Nucleic Acids Research. Oxford, UK: Oxford Press, 2012, roč. 40, č. 13, s. 6290-6303. ISSN 0305-1048. doi:10.1093/nar/gks258.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Structure and mechanical properties of the ribosomal L1 stalk three-way junction
Autoři RÉBLOVÁ, Kamila (203 Česká republika, domácí), Jiří ŠPONER (203 Česká republika, garant, domácí) a Filip LANKAŠ (203 Česká republika).
Vydání Nucleic Acids Research, Oxford, UK, Oxford Press, 2012, 0305-1048.
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Článek v odborném periodiku
Obor 10610 Biophysics
Stát vydavatele Velká Británie
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
WWW URL
Impakt faktor Impact factor: 8.278
Kód RIV RIV/00216224:14740/12:00057882
Organizační jednotka Středoevropský technologický institut
Doi http://dx.doi.org/10.1093/nar/gks258
UT WoS 000306970700047
Klíčová slova anglicky MOLECULAR-DYNAMICS SIMULATIONS; TRANSFER-RNA TRANSLOCATION; A-SITE FINGER; EUKARYOTIC 80S RIBOSOME; BASE-PAIR LEVEL; 70S RIBOSOME; CRYSTAL-STRUCTURE; TERTIARY INTERACTIONS; MESSENGER-RNA; CRYOELECTRON MICROSCOPY
Štítky ok, rivok
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnila: Olga Křížová, učo 56639. Změněno: 6. 4. 2013 17:49.
Anotace
The L1 stalk is a key mobile element of the large ribosomal subunit which interacts with tRNA during translocation. Here, we investigate the structure and mechanical properties of the rRNA H76/H75/H79 three-way junction at the base of the L1 stalk from four different prokaryotic organisms. We propose a coarse-grained elastic model and parameterize it using large-scale atomistic molecular dynamics simulations. Global properties of the junction are well described by a model in which the H76 helix is represented by a straight, isotropically flexible elastic rod, while the junction core is represented by an isotropically flexible spherical hinge. Both the core and the helix contribute substantially to the overall H76 bending fluctuations. The presence of wobble pairs in H76 does not induce any increased flexibility or anisotropy to the helix. The half-closed conformation of the L1 stalk seems to be accessible by thermal fluctuations of the junction itself, without any long-range allosteric effects. Bending fluctuations of H76 with a bulge introduced in it suggest a rationale for the precise position of the bulge in eukaryotes. Our elastic model can be generalized to other RNA junctions found in biological systems or in nanotechnology.
Návaznosti
ED1.1.00/02.0068, projekt VaVNázev: CEITEC - central european institute of technology
GBP305/12/G034, projekt VaVNázev: Centrum biologie RNA
VytisknoutZobrazeno: 26. 6. 2022 00:08