LEXA, Matej, Eduard KEJNOVSKÝ, Pavlína ŠTEFLOVÁ, Helena KONVALINOVÁ, Michaela VORLÍČKOVÁ a Boris VYSKOT. Quadruplex-forming sequences occupy discrete regions inside plant LTR retrotransposons. Nucleic Acids Research, Oxford: Oxford University Press, 2014, roč. 42, č. 2, s. 968-978. ISSN 0305-1048. doi:10.1093/nar/gkt893.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Quadruplex-forming sequences occupy discrete regions inside plant LTR retrotransposons
Autoři LEXA, Matej (703 Slovensko, garant, domácí), Eduard KEJNOVSKÝ (203 Česko), Pavlína ŠTEFLOVÁ (203 Česko, domácí), Helena KONVALINOVÁ (203 Česko, domácí), Michaela VORLÍČKOVÁ (203 Česko, domácí) a Boris VYSKOT (203 Česko).
Vydání Nucleic Acids Research, Oxford, Oxford University Press, 2014, 0305-1048.
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Článek v odborném periodiku
Obor 10608 Biochemistry and molecular biology
Stát vydavatele Velká Británie
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
WWW URL
Impakt faktor Impact factor: 9.112
Kód RIV RIV/00216224:14740/14:00074769
Organizační jednotka Středoevropský technologický institut
Doi http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkt893
UT WoS 000331138100030
Klíčová slova anglicky INTRAMOLECULAR DNA QUADRUPLEXES; VIRUS TYPE-1 RNA; CIRCULAR-DICHROISM; GUANINE QUADRUPLEXES; HUMAN GENOME; IN-VIVO; IDENTIFICATION; STABILITY; BINDING; TRIPLEX
Štítky kontrola MP, OA, ok
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnil: Ing. Matej Lexa, Ph.D., učo 31298. Změněno: 13. 3. 2018 14:15.
Anotace
Retrotransposons with long terminal repeats (LTR) form a significant proportion of eukaryotic genomes, especially in plants. They have gag and pol genes and several regulatory regions necessary for transcription and reverse transcription. We searched for potential quadruplex-forming sequences (PQSs) and potential triplex forming sequences (PTSs) in 18 377 full-length LTR retrotransposons collected from 21 plant species. We found that PQSs were often located in LTRs, both upstream and downstream of promoters from which the whole retrotransposon is transcribed. Upstream-located guanine PQSs were dominant in the minus DNA strand, whereas downstream-located guanine PQSs prevailed in the plus strand, indicating their role both at transcriptional and post-transcriptional levels. Our circular dichroism spectroscopy measurements confirmed that these PQSs readily adopted guanine quadruplex structures - some of them were paralell-stranded, while others were anti-parallel-stranded. The PQS often formed doublets at a mutual distance of up to 400 bp. PTSs were most abundant in 3'UTR (but were also present in 5'UTR). We discuss the potential role of quadruplexes and triplexes as the regulators of various processes participating in LTR retrotransposon life cycle and as potential recombination sites during post-insertional retrotransposon-based genome rearrangements.
Návaznosti
ED1.1.00/02.0068, projekt VaVNázev: CEITEC - central european institute of technology
EE2.3.20.0045, projekt VaVNázev: Podpora profesního růstu a mezinárodní integrace výzkumných týmů v oblasti molekulární medicíny
Typ Název Vložil/a Vloženo Práva
Vorlickova_NAR_2014-Lexa-968-78.pdf   Verze souboru Křížová, O. 31. 1. 2014

Práva

Právo číst
 
Právo vkládat
 
Právo spravovat
  • osoba Mgr. Pavlína Motlová, učo 184552
  • osoba doc. RNDr. Eduard Kejnovský, CSc., učo 204182
  • osoba Mgr. Helena Kašparová, Ph.D., učo 215060
  • osoba Ing. Matej Lexa, Ph.D., učo 31298
  • osoba prof. RNDr. Boris Vyskot, DrSc., učo 37411
  • osoba Olga Křížová, učo 56639
  • osoba prof. RNDr. Michaela Vorlíčková, DrSc., učo 71514
Atributy
 
Vytisknout
Požádat autora o autorský výtisk Zobrazeno: 13. 7. 2020 04:24