PĚTROŠOVÁ, Helena, Petra POSPÍŠILOVÁ, Michal STROUHAL, Darina ČEJKOVÁ, Marie ZOBANÍKOVÁ, Lenka MIKALOVÁ, Erica SODERGREN, George M. WEINSTOCK a David ŠMAJS. Resequencing of Treponema pallidum ssp. pallidum Strains Nichols and SS14: Correction of Sequencing Errors Resulted in Increased Separation of Syphilis Treponeme Subclusters. PloS ONE, San Francisco: Public Library of Science, 2013, roč. 8, č. 9, s. e74319. ISSN 1932-6203. doi:10.1371/journal.pone.0074319.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Resequencing of Treponema pallidum ssp. pallidum Strains Nichols and SS14: Correction of Sequencing Errors Resulted in Increased Separation of Syphilis Treponeme Subclusters
Autoři PĚTROŠOVÁ, Helena (203 Česká republika, domácí), Petra POSPÍŠILOVÁ (203 Česká republika, domácí), Michal STROUHAL (203 Česká republika, domácí), Darina ČEJKOVÁ (203 Česká republika, domácí), Marie ZOBANÍKOVÁ (203 Česká republika, domácí), Lenka MIKALOVÁ (203 Česká republika, domácí), Erica SODERGREN (840 Spojené státy americké), George M. WEINSTOCK (840 Spojené státy americké) a David ŠMAJS (203 Česká republika, garant, domácí).
Vydání PloS ONE, San Francisco, Public Library of Science, 2013, 1932-6203.
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Článek v odborném periodiku
Obor 10600 1.6 Biological sciences
Stát vydavatele Spojené státy americké
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
Impakt faktor Impact factor: 3.534
Kód RIV RIV/00216224:14110/13:00065631
Organizační jednotka Lékařská fakulta
Doi http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0074319
UT WoS 000327538600088
Klíčová slova anglicky Treponema pallidum ssp. pallidum; Syphilis; Whole genome sequencing; Genetic clusters
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnila: Ing. Mgr. Věra Pospíšilíková, učo 9005. Změněno: 30. 1. 2014 10:46.
Anotace
Background:Treponema pallidum ssp. pallidum (TPA), the causative agent of syphilis, is a highly clonal bacterium showing minimal genetic variability in the genome sequence of individual strains. Nevertheless, genetically characterized syphilis strains can be clearly divided into two groups, Nichols-like strains and SS14-like strains. TPA Nichols and SS14 strains were completely sequenced in 1998 and 2008, respectively. Since publication of their complete genome sequences, a number of sequencing errors in each genome have been reported. Therefore, we have resequenced TPA Nichols and SS14 strains using next-generation sequencing techniques.Methodology/Principal Findings:The genomes of TPA strains Nichols and SS14 were resequenced using the 454 and Illumina sequencing methods that have a combined average coverage higher than 90x. In the TPA strain Nichols genome, 134 errors were identified (25 substitutions and 109 indels), and 102 of them affected protein sequences. In the TPA SS14 genome, a total of 191 errors were identified (85 substitutions and 106 indels) and 136 of them affected protein sequences. A set of new intrastrain heterogenic regions in the TPA SS14 genome were identified including the tprD gene, where both tprD and tprD2 alleles were found. The resequenced genomes of both TPA Nichols and SS14 strains clustered more closely with related strains (i.e. strains belonging to same syphilis treponeme subcluster). At the same time, groups of Nichols-like and SS14-like strains were found to be more distantly related.Conclusion/Significance:We identified errors in 11.5% of all annotated genes and, after correction, we found a significant impact on the predicted proteomes of both Nichols and SS14 strains. Corrections of these errors resulted in protein elongations, truncations, fusions and indels in more than 11% of all annotated proteins. Moreover, it became more evident that syphilis is caused by treponemes belonging to two separate genetic subclusters.
Návaznosti
EE2.3.30.0009, projekt VaVNázev: Zaměstnáním čerstvých absolventů doktorského studia k vědecké excelenci
GAP302/12/0574, projekt VaVNázev: Celogenomové sekvencování v analýze genomů a transkriptomů patogenních bakterií rodu Treponema
Investor: Grantová agentura ČR, Standardní projekty
NT11159, projekt VaVNázev: Mapování výskytu makrolidové rezistence původce syfilis v ČR a molekulární typizace jednotlivých syfilitických kmenů
Investor: Ministerstvo zdravotnictví ČR, Resortní program výzkumu a vývoje - MZ III. na léta 2010 - 2015 (IGA)
Typ Název Vložil/a Vloženo Práva
1126319 /1 Böhmová, S. 16. 10. 2013

Vlastnosti

Název
1126319
Aplikace
Obnovit.
Adresa v ISu
https://is.muni.cz/auth/repo/1126319/
Adresa ze světa
https://is.muni.cz/repo/1126319/
Adresa do Správce
https://is.muni.cz/auth/repo/1126319/?info
Ze světa do Správce
https://is.muni.cz/repo/1126319/?info
Vloženo
St 16. 10. 2013 11:25, Soňa Böhmová

Práva

Právo číst
  • kdokoliv v Internetu
Právo vkládat
 
Právo spravovat
  • osoba Ing. Mgr. Věra Pospíšilíková, učo 9005
Atributy
 
resequencing_of_Treponema.pdf   Verze souboru Böhmová, S. 16. 10. 2013

Práva

Právo číst
 
Právo vkládat
 
Právo spravovat
  • osoba Ing. Mgr. Věra Pospíšilíková, učo 9005
Atributy
 
Vytisknout
Požádat autora o autorský výtisk Zobrazeno: 14. 12. 2019 08:48