BOUCHAL, Pavel, Monika DVOŘÁKOVÁ, Alexander SCHERL, Spiros D. GARBIS, Rudolf NENUTIL a Bořivoj VOJTĚŠEK. Intact protein profiling in breast cancer biomarker discovery: Protein identification issue and the solutions based on 3D protein separation, bottom-up and top-down mass spectrometry. Proteomics. Weinheim: Wiley-VCH, 2013, roč. 13, č. 7, s. 1053-1058. ISSN 1615-9853. doi:10.1002/pmic.201200121.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Intact protein profiling in breast cancer biomarker discovery: Protein identification issue and the solutions based on 3D protein separation, bottom-up and top-down mass spectrometry
Autoři BOUCHAL, Pavel (203 Česká republika, garant, domácí), Monika DVOŘÁKOVÁ (203 Česká republika, domácí), Alexander SCHERL (756 Švýcarsko), Spiros D. GARBIS (300 Řecko), Rudolf NENUTIL (203 Česká republika) a Bořivoj VOJTĚŠEK (203 Česká republika).
Vydání Proteomics, Weinheim, Wiley-VCH, 2013, 1615-9853.
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Článek v odborném periodiku
Obor 10600 1.6 Biological sciences
Stát vydavatele Německo
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
WWW Full text
Impakt faktor Impact factor: 3.973
Kód RIV RIV/00216224:14310/13:00066527
Organizační jednotka Přírodovědecká fakulta
Doi http://dx.doi.org/10.1002/pmic.201200121
UT WoS 000317290000001
Klíčová slova anglicky Breast cancer; FT MS; MALDI TOF MS; SELDI TOF MS; Technology
Štítky AKR, rivok
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnil: doc. Mgr. Pavel Bouchal, Ph.D., učo 8757. Změněno: 19. 11. 2013 11:53.
Anotace
Proteomics profiling of intact proteins based on MALDI-TOF MS and derived platforms has been used in cancer biomarker discovery studies. This approach suffers from a number of limitations such as low resolution, low sensitivity, and that no knowledge is available on the identity of the respective proteins in the discovery mode. Nevertheless, it remains the most high-throughput, untargeted mode of clinical proteomics studies to date. Here we compare key protein separation and MS techniques available for protein biomarker identification in this type of studies and define reasons of uncertainty in protein peak identity. As a result of critical data analysis, we consider 3D protein separation and identification workflows as optimal procedures. Subsequently, we present a new protocol based on 3D LC-MS/MS with top-down at high resolution that enabled the identification of HNRNP A2/B1 intact peptide as correlating with the estrogen receptor expression in breast cancer tissues. Additional development of this general concept toward next generation, top-down based protein profiling at high resolution is discussed.
Návaznosti
GAP304/10/0868, projekt VaVNázev: Studium molekulárních mechanismů časného metastazování do lymfatických uzlin u karcinomu prsu nízkého stupně malignity pomocí proteomických technik
Investor: Grantová agentura ČR, Studium molekulárních mechanismů časného metastazování do lymfatických uzlin u karcinomu prsu nízkého stupně malignity pomocí proteomických technik
VytisknoutZobrazeno: 16. 5. 2022 14:34