LEXA, Matej, Tomáš MARTÍNEK a Marie BRÁZDOVÁ. Uneven distribution of potential triplex sequences in the human genome. In silico study using the R/Bioconductor package triplex. In Oscar Pastor, Christine Sinoquet, Guy Plantier, Tanja Schultz, Ana L. N. Fred, Hugo Gamboa. Proceedings of the International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms. Angers, France: SciTePress, 2014. s. 80-88, 9 s. ISBN 978-989-758-012-3. doi:10.5220/0004824100800088.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Uneven distribution of potential triplex sequences in the human genome. In silico study using the R/Bioconductor package triplex.
Autoři LEXA, Matej (703 Slovensko, garant, domácí), Tomáš MARTÍNEK (203 Česko) a Marie BRÁZDOVÁ (203 Česko).
Vydání Angers, France, Proceedings of the International Conference on Bioinformatics Models, Methods and Algorithms, od s. 80-88, 9 s. 2014.
Nakladatel SciTePress
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Stať ve sborníku
Obor 10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Stát vydavatele Francie
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
Forma vydání tištěná verze "print"
WWW URL
Kód RIV RIV/00216224:14330/14:00074890
Organizační jednotka Fakulta informatiky
ISBN 978-989-758-012-3
Doi http://dx.doi.org/10.5220/0004824100800088
Klíčová slova anglicky Human genome; DNA sequence; Non-B-DNA; Triplex; Bioconductor; Repetitive sequences; Mobile DNA; Lexicographically minimal rotation
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 27. 4. 2015 21:44.
Anotace
Eukaryotic genomes are rich in sequences capable of forming non-B DNA structures. These structures are expected to play important roles in natural regulatory processes at levels above those of individual genes, such as whole genome dynamics or chromatin organization, as well as in processes leading to the loss of these functions, such as cancer development. Recently, a number of authors have mapped the occurrence of potential quadruplex sequences in the human genome and found them to be associated with promoters. In this paper, we set out to map the distribution and characteristics of potential triplex-forming sequences in human genome DNA sequences. Using the R/Bioconductor package {\it triplex}, we found these sequences to be excluded from exons, while present mostly in a small number of repetitive sequence classes, especially short sequence tandem repeats (microsatellites), Alu and combined elements, such as SVA. We also introduce a novel way of classifying potential triplex sequences, using a lexicographically minimal rotation of the most frequent k-mer to assign class membership automatically. Members of such classes typically have different propensities to form parallel and antiparallel intramolecular triplexes (H-DNA). We observed an interesting pattern, where the predicted third strands of antiparallel H-DNA were much less likely to contain a deletion against their duplex structural counterpart than were their parallel versions.
Návaznosti
EE2.3.20.0189, projekt VaVNázev: Rozvoj výzkumné excelence v oblasti evoluční cytogenomiky, epigenetiky a buněčné signalizace
Typ Název Vložil/a Vloženo Práva
paper.pdf   Verze souboru Lexa, M. 5. 10. 2014

Vlastnosti

Adresa v ISu
https://is.muni.cz/auth/publication/1139452/paper.pdf
Adresa ze světa
https://is.muni.cz/publication/1139452/paper.pdf
Adresa do Správce
https://is.muni.cz/auth/publication/1139452/paper.pdf?info
Ze světa do Správce
https://is.muni.cz/publication/1139452/paper.pdf?info
Vloženo
Ne 5. 10. 2014 15:56, Ing. Matej Lexa, Ph.D.

Práva

Právo číst
  • kdokoliv v Internetu
Právo vkládat
 
Právo spravovat
  • osoba Ing. Tomáš Martínek, Ph.D., učo 107788
  • osoba Mgr. Marie Brázdová, Ph.D., učo 15579
  • osoba Ing. Matej Lexa, Ph.D., učo 31298
Atributy
 

paper.pdf

Aplikace
Otevřít soubor.
Stáhnout soubor.
Adresa v ISu
https://is.muni.cz/auth/publication/1139452/paper.pdf
Adresa ze světa
http://is.muni.cz/publication/1139452/paper.pdf
Typ souboru
PDF (application/pdf)
Velikost
408,1 KB
Hash md5
231a00555d966f53e7e77131fa9a3112
Vloženo
Ne 5. 10. 2014 15:56

paper.txt

Aplikace
Otevřít soubor.
Stáhnout soubor.
Adresa v ISu
https://is.muni.cz/auth/publication/1139452/paper.txt
Adresa ze světa
http://is.muni.cz/publication/1139452/paper.txt
Typ souboru
holý text (text/plain)
Velikost
36,6 KB
Hash md5
6c363f897398aee3e2b4540790f20e14
Vloženo
Ne 5. 10. 2014 15:57
Vytisknout
Nahlásit neoprávněně vložený soubor Zobrazeno: 12. 7. 2020 16:00