DNA barcoding muzeijných vzoriek a NGS: ako to (ne)funguje?

AGHOVÁ, Tatiana, Lubomír PIÁLEK, Dagmar ČÍŽKOVÁ, Radim ŠUMBERA and Josef BRYJA. DNA barcoding muzeijných vzoriek a NGS: ako to (ne)funguje? In Zoologické dny 2014. 2014.

Basic information

• Original name: DNA barcoding muzeijných vzoriek a NGS: ako to (ne)funguje?
• Authors: AGHOVÁ, Tatiana, Lubomír PIÁLEK, Dagmar ČÍŽKOVÁ, Radim ŠUMBERA and Josef BRYJA.
• Edition: Zoologické dny 2014, 2014.

Other information

• Type of outcome: Presentations at conferences
• Confidentiality degree: is not subject to a state or trade secret

Abstract

Muzeijné vzorky, predovšetkým typový materiál a vzorky z ťažko dostupných oblastí, sú hodnotným zdrojom informácii pre rôzne odvetvia zoologického výskumu (napr. taxonómia, biogeografia). DNA izolovaná z muzeijných vzoriek má však nízku kvalitu aj kvantitu. Najčastejším problémom je degradácia DNA a/alebo kontaminácia exogénnou DNA. Na genetickú identifikáciu materiálu z múzeí je použiteľnou metódou DNA barcoding, ktorý je u cicavcov založený na krátkej sekvencii cytochrómu b (136 bp). Vďaka novým možnostiam, ktoré prináša sekvenovanie novej generácie (NGS), môžme získať obrovské množstvo DNA sekvencií za prijateľnú cenu a mieru úsilia. Takzvané paralelné sekvenovanie amplikónov umožňuje osekvenovať každé vlákno DNA separátne (podobne ako pri klonovaní), čo umožňuje odlíšiť identifikovaného jedinca od kontaminácie. V našom projekte sme zozbierali viac ako 200 vzoriek afrických hlodavcov, ktoré sme označili, zmultiplexovali dohromady a následne osekvenovali v jednom behu na platforme 454 GS-Junior. Napriek značným komplikáciam, ktoré vznikli pri kvantifikácii PCR knižnice a emulznej PCR, sme sekvenovaním získali cca 46 tisíc sekvencii, ktoré spracovávame pomocou programu SE|S|AM|E Barcode, ktorý bol špeciálne navrhnutý na tento účel. Cieľom prednášky je poukázať na značné výhody využitia NGS pri spracovaní muzeijného materiálu ako aj upozorniť na komplikácie, ktoré pri analýze môžu vzniknúť.