BENDL, Jaroslav, Jan ŠTOURAČ, O. SALANDA, Antonín PAVELKA, E.D. WIEBEN, J. ZENDULKA, Jan BREZOVSKÝ and Jiří DAMBORSKÝ. PredictSNP 1.0 (PredictSNP1.0). 2013.
Other formats:   BibTeX LaTeX RIS
Basic information
Original name PredictSNP 1.0
Name (in English) PredictSNP1.0
Authors BENDL, Jaroslav (203 Czech Republic, belonging to the institution), Jan ŠTOURAČ (203 Czech Republic, belonging to the institution), O. SALANDA (203 Czech Republic), Antonín PAVELKA (203 Czech Republic, belonging to the institution), E.D. WIEBEN (840 United States of America), J. ZENDULKA (203 Czech Republic), Jan BREZOVSKÝ (203 Czech Republic, belonging to the institution) and Jiří DAMBORSKÝ (203 Czech Republic, guarantor, belonging to the institution).
Edition 2013.
Other information
Original language Czech
Type of outcome Software
Field of Study 10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Country of publisher Czech Republic
Confidentiality degree is not subject to a state or trade secret
WWW URL
RIV identification code RIV/00216224:14310/13:00065836
Organization unit Faculty of Science
Keywords in English sw; protein function
Technical parameters Tento nástroj předpovídá efekt aminokyselinových substitucí na funkci proteinů. Zdrojové kódy jádra konsenzuální funkce tvořící klíčovou, nicméně z hlediska velikosti kódu minoritní část projektu, jsou dostupné na adrese: http://ll47.sci.muni.cz:6212/predictsnp/predictsnp-1.0.tar.gz
Tags AKR, rivok
Tags International impact, Reviewed
Changed by Changed by: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr., učo 1441. Changed: 11/4/2014 14:02.
Abstract
Tento nástroj předpovídá efekt aminokyselinových substitucí na funkci proteinů. Jeho predikce jsou založeny na kombinaci výsledků existujících metod (MAPP, PhD-SNP, PolyPhen-1, PolyPhen-2, SIFT a SNAP), přičemž tyto metody v objektivních testech významně překonává. Metodika tvorby konsenzu je popsaná v článku: "Bendl et. al. (2014) PredictSNP: Robust and Accurate Consensus Classifier for Prediction of Disease-Related Mutations. PLoS Computational Biology, 10". Uživatelské rozhraní bástroje ukazuje nejen výsledky integrovaných nástrojů a vyvinutého meta-klasifikátoru, ale také nalezené experimentální anotace těchto mutací z databází PMD a UniProt. Nástroj je zdarma dostupný akademické komunitě na adrese http://loschmidt.chemi.muni.cz/predictsnp.
Abstract (in English)
This tool predicts the effect of amino acid substitutions on the protein function.
Links
IAA401630901, research and development projectName: Evoluce substrátové specifity u enzymů aktivních s xenobiotickými látkami
Investor: Academy of Sciences of the Czech Republic, Evolution of substrate specificity in enzymes acting on xenobiotic compounds
PrintDisplayed: 14/10/2024 00:59