mask_explorer_1 - Matlab Tool for Dataset Exploration Suitable for fMRI Group Analysis

GAJDOŠ, Martin, Michal MIKL and Radek MAREČEK. mask_explorer_1 - Matlab Tool for Dataset Exploration Suitable for fMRI Group Analysis. 2012.

Basic information

• Original name: mask_explorer_1 - Matlab Tool for Dataset Exploration Suitable for fMRI Group Analysis
• Name in Czech: mask_explorer_1 - Nástroj v Matlabu pro exploraci datasetů při skupinové fMRI analýze
• Authors: GAJDOŠ, Martin (203 Czech Republic, guarantor, belonging to the institution), Michal MIKL (203 Czech Republic, belonging to the institution) and Radek MAREČEK (203 Czech Republic, belonging to the institution).
• Edition: 2012.

Other information

• Original language: English
• Type of outcome: Software
• Field of Study: 30000 3. Medical and Health Sciences
• Country of publisher: Czech Republic
• Confidentiality degree: is not subject to a state or trade secret
• WWW: Adresa stránky se software
• RIV identification code: RIV/00216224:14740/12:00067039
• Organization unit: Central European Institute of Technology
• Keywords (in Czech): fMRI; funkční magnetická rezonance; skupinová analýza; prohlížeč fMRI dat; SPM
• Keywords in English: fMRI; functional magnetic resonance; group analysis; fMRI dataset explorer; SPM
• Technical parameters: Volně dostupný software pro skupinu vědeckých pracovníků v oboru neurovědy, neurologie a neurochirurgie. Toolbox byl vytvořen v programovacím jazyce programu Matlab 7.8.0.347 (R2009a) s toolboxem SPM8. Software je volně šiřitelný za podmínek licence GNU GPL, viz https://www.gnu.org/licenses/old-licenses/gpl-2.0
• Tags: rivok

Abstract

Software mask_explorer_1 is written to explore fMRI datasets and to find inconsistences in fMRI data. mask_explorer_1 is suitable especially for group analyses. Inconsistent data (e.g. in form of missing data from single subject or revealing failed steps in preprocessing of fMRI data of some subjects) can lead to irrelevant conclusions. Software was written in Matlab (version 7.14.0.739 (R2012a)) and uses parts of toolbox SPM8 (version 4290). User can on left side of GUI load data (Load masks or cons) from several subjects (NIFTI). Loaded inputs are used to create parametric map. Its values show number of datasets with valid information. This map (GSBC) and group mask (GCMS) mask_explorer_1 saves. Several pseudocoloring modes, thresholding options and transparency options are available. ‘Load background’ loads background image (NIFTI). ‘Load any overlay’ loads NIFTI file or statistical parametric map (products of SPM8). ‚Add coordinate‘ ‚Clear coordinate‘ and ‚Clear all coordinates‘ set list of coordinates where it is necessary to check the validity of loaded data. Coordinates are in [mm] in MNI space. Names of unsuitable files are displayed in list ‘Unsuitable masks’. Coordinates ‘Point coordinate [voxel]’ are coordinates of voxel of background image, targeted by crosshair.

Abstract (in Czech)

Software mask_explorer_1 je určen pro prohlížení datasetů fMRI dat a hledání nekonzistentnostních dat v těchto datasetech. mask_explorer_1 je vhodný především pro skupinové analýzy dat. Nekonzistentní data (například ve formě chybějící části dat jednoho subjektu či neúspěšného předzpracování dat u některých subjektů) mohou způsobit irelevantní závěry studií, které by na těchto datech byly provedeny. Software byl navržen v programovém prostředí Matlab (verze 7.14.0.739 (R2012a)) a využívá některé funkce volně dostupného softwarového balíku SPM8 (verze 4290). Grafické rozhraní programu umožňuje pomocí ‚Load masks or cons‘ nahrát do levé části data několika subjektů. Z nich vytvoří mapu, jejíž hodnoty udávají počet datasetů, které na dané pozici obsahují validní informaci. Mapu těchto hodnot (GSBC) mask_explorer_1 navíc uloží, spolu se skupinovou maskou nahraných datasetů (GMSK). Lze využívat několik škál pro pseudobarvení, prahování dat či nastavit průhlednost překryvového snímku. Pomocí ‚Load background‘ lze nahrát podkladový snímek (navrženo pro NIFTI formát). Pomocí ‚Load any overlay‘ lze do pravé části okna nahrát soubory v NIFTI formátu či statistické parametrické mapy, které jsou produktem softwarového balíku SPM8. Pomocí tlačítek s ‚Add coordinate‘ ‚Clear coordinate‘ a ‚Clear all coordinates‘ lze nastavit seznam souřadnic, na kterých je potřeba zjišťovat validitu dat. Souřadnice jsou v [mm] v MNI prostoru. Názvy souborů, nevyhovujících zadaným souřadnicím se automaticky vypisují do seznamu ‚Unsuitable masks‘. Souřadnice ‚Point coordinate [mm]‘ jsou souřadnicemi nitkového kříže v MNI prostoru, souřadnice ‚Point coordinate [voxel]‘ jsou souřadnicemi voxelu podkladového snímku, který je zaměřen nitkovým křížem.

Links

• GAP304/11/1318, research and development project: Name: Optimalizace metodiky analýzy a hodnocení simultánního EEG-fMRI u pacientů s farmakorezistentní epilepsií

Investor: Czech Science Foundation