GRODECKÁ, Lucie, Pavla LOCKEROVÁ, Barbora RAVČUKOVÁ, Emanuele BURATTI, Francisco E. BARALLE, Ladislav DUŠEK a Tomáš FREIBERGER. Exon First Nucleotide Mutations in Splicing: Evaluation of In Silico Prediction Tools. PLoS One. SAN FRANCISCO: PUBLIC LIBRARY SCIENCE, 2014, roč. 9, č. 2, s. "nestránkováno", 13 s. ISSN 1932-6203. doi:10.1371/journal.pone.0089570.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Exon First Nucleotide Mutations in Splicing: Evaluation of In Silico Prediction Tools
Autoři GRODECKÁ, Lucie (203 Česká republika, domácí), Pavla LOCKEROVÁ (203 Česká republika), Barbora RAVČUKOVÁ (203 Česká republika), Emanuele BURATTI (380 Itálie), Francisco E. BARALLE (380 Itálie), Ladislav DUŠEK (203 Česká republika, domácí) a Tomáš FREIBERGER (203 Česká republika, garant, domácí).
Vydání PLoS One, SAN FRANCISCO, PUBLIC LIBRARY SCIENCE, 2014, 1932-6203.
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Článek v odborném periodiku
Obor 30000 3. Medical and Health Sciences
Stát vydavatele Velká Británie
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
WWW URL
Impakt faktor Impact factor: 3.234
Kód RIV RIV/00216224:14740/14:00075261
Organizační jednotka Středoevropský technologický institut
Doi http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0089570
UT WoS 000331717900122
Klíčová slova anglicky POLYPYRIMIDINE TRACT RECOGNITION; HUMAN-DISEASE GENES; CONFORMATIONAL SELECTION; COMPUTATIONAL TOOLS; SEQUENCE MOTIFS; FACTOR U2AF(35); MSH2 MISSENSE; SITE; ENHANCERS; U2AF(65)
Štítky EL OK, kontrola MP, OA, ok, podil, rivok
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnila: Martina Prášilová, učo 342282. Změněno: 18. 12. 2014 09:52.
Anotace
Mutations in the first nucleotide of exons (E+1) mostly affect pre-mRNA splicing when found in AG-dependent 39 splice sites, whereas AG-independent splice sites are more resistant. The AG-dependency, however, may be difficult to assess just from primary sequence data as it depends on the quality of the polypyrimidine tract. For this reason, in silico prediction tools are commonly used to score 39 splice sites. In this study, we have assessed the ability of sequence features and in silico prediction tools to discriminate between the splicing-affecting and non-affecting E+1 variants. For this purpose, we newly tested 16 substitutions in vitro and derived other variants from literature. Surprisingly, we found that in the presence of the substituting nucleotide, the quality of the polypyrimidine tract alone was not conclusive about its splicing fate. Rather, it was the identity of the substituting nucleotide that markedly influenced it. Among the computational tools tested, the best performance was achieved using the Maximum Entropy Model and Position-Specific Scoring Matrix. As a result of this study, we have now established preliminary discriminative cut-off values showing sensitivity up to 95% and specificity up to 90%. This is expected to improve our ability to detect splicing-affecting variants in a clinical genetic setting.
Návaznosti
ED1.1.00/02.0068, projekt VaVNázev: CEITEC - central european institute of technology
EE2.3.20.0045, projekt VaVNázev: Podpora profesního růstu a mezinárodní integrace výzkumných týmů v oblasti molekulární medicíny
VytisknoutZobrazeno: 23. 5. 2022 08:28