V onkogenezi hepatocelulárního karcinomu se uplatňuje soubor biologických a genetických poškození buňky, zejména kombinace defektu tumor supresorových genů a aktivace onkogenů s významným podílem epigenetických mechanismů. U hepatocelulárního karcinomu dochází ke změnám v expresi miRNA i ke změnám v methylaci většího spektra genů.