BABINSKÝ, Martin, Radovan FIALA, Iva KEJNOVSKÁ, Klára BEDNÁŘOVÁ, Radek MAREK, Janos SAGI, Vladimír SKLENÁŘ a Michaela VORLÍČKOVÁ. Loss of loop adenines alters human telomere d(AG3(TTAG3)3) quadruplex folding. Nucleic Acids Research. UK: Oxford University Press, 2014, roč. 42, č. 22, s. 14031-14041. ISSN 0305-1048. doi:10.1093/nar/gku1245.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Loss of loop adenines alters human telomere d(AG3(TTAG3)3) quadruplex folding
Autoři BABINSKÝ, Martin (703 Slovensko, domácí), Radovan FIALA (203 Česká republika, domácí), Iva KEJNOVSKÁ (203 Česká republika, domácí), Klára BEDNÁŘOVÁ (203 Česká republika, domácí), Radek MAREK (203 Česká republika, domácí), Janos SAGI (840 Spojené státy), Vladimír SKLENÁŘ (203 Česká republika, garant, domácí) a Michaela VORLÍČKOVÁ (203 Česká republika, domácí).
Vydání Nucleic Acids Research, UK, Oxford University Press, 2014, 0305-1048.
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Článek v odborném periodiku
Obor 10600 1.6 Biological sciences
Stát vydavatele Velká Británie
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
WWW DOI: 10.1093/nar/gku1245
Impakt faktor Impact factor: 9.112
Kód RIV RIV/00216224:14740/14:00073361
Organizační jednotka Středoevropský technologický institut
Doi http://dx.doi.org/10.1093/nar/gku1245
UT WoS 000347916900057
Klíčová slova anglicky Quadruplex DNA; abasic lesion; NMR; CD;
Štítky kontrola MP, MP, OA, rivok
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnila: Martina Prášilová, učo 342282. Změněno: 10. 3. 2015 14:23.
Anotace
Abasic (AP) lesions are the most frequent type of damages occurring in cellular DNA. Here we describe the conformational effects of AP sites substituted for 2'-deoxyadenosine in the first (ap7), second (ap13) or third (ap19) loop of the quadruplex formed in K+ by the human telomere DNA 5'-d[AG3(TTAG3)3]. CD spectra and electrophoresis reveal that the presence of AP sites does not hinder the formation of intramolecular quadruplexes. NMR spectra show that the structural heterogeneity is substantially reduced in ap7 and ap19 as compared to that in the wild-type. These two (ap7 and ap19) sequences are shown to adopt the hybrid-1 and hybrid-2 quadruplex topology, respectively, with AP site located in a propeller-like loop. All three studied sequences transform easily into parallel quadruplex in dehydrating ethanol solution. Thus, the AP site in any loop region facilitates the formation of the propeller loop. Substitution of all adenines by AP sites stabilizes the parallel quadruplex even in the absence of ethanol. Whereas guanines are the major determinants of quadruplex stability, the presence or absence of loop adenines substantially influences quadruplex folding. The naturally occurring adenine-lacking sites in the human telomere DNA can change the quadruplex topology in vivo with potentially vital biological consequences.
Návaznosti
ED1.1.00/02.0068, projekt VaVNázev: CEITEC - central european institute of technology
EE2.3.20.0042, projekt VaVNázev: Internacionalizace programu Strukturní biologie s důrazem na rozvoj nových směrů výzkumu
IAA500040903, projekt VaVNázev: Biofyzika a bioinformatika genomových fragmentů DNA velice bohatých na guanin a adenin
Investor: Akademie věd ČR, Biofyzika a bioinformatika genomových fragmentů DNA velice bohatých na guanin a adenin
VytisknoutZobrazeno: 28. 6. 2022 10:40